TMFunction

2017/01/23

Web Site: （運用終了） http://tmbeta-genome.cbrc.jp/TMFunction/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/tmfunction/

α-ヘリックス及びβ-バレル型膜タンパク質に含まれる機能的残基のデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. TMFunctionデータ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「TMFunction」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 TMFunctionデータ

データ名 TMFunctionデータ
データ内容の説明

TMFunctionは、α-ヘリックス及びβ-バレル型膜タンパク質に含まれる機能的残基のデータベースです。各タンパク質の名称と由来はUniProtで同定していますが、PDBとも関連づけられるものは、そのIDを示しています。このデータベースには様々な実験手法やパラメータ（例えば、"affinity", "dissociation constant", "IC50", "activity"など）が含まれています。また、タンパク質中の各残基（またはその変異）には、計算または実験によって得られた数値が付与されています。このデータベースで用いた実験データは、ジャーナルの調査及びPubMedのキーワード検索によって得られた文献から収集したものです。さらに完全な参照情報（ジャーナルの引用とPubMed ID）も、このデータベースには含まれています。
データファイル tmfunction.zip (48.5 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Entry エントリ番号
Residue(mutation) 変異のある残基の名称
Residue 残基の名称
Functionally important 機能的に重要か否か
Function of the protein タンパク質の機能
Location 残基の位置するタンパク質の部位
Protein Name(abbreviation) タンパク質名（略称）
Source(scientific name) タンパク質の由来（学名）
Source(english name) タンパク質の由来（一般名）
Authors 文献の著者
Journal Reference 雑誌名/掲載年月/号
PMID 文献のPubMed ID
Experiments 実験名
Experimental data この項目の値に「Parameter」を付けたものが、実験による測定値を表す
Parameter 実験パラメータ
Methods/conditions 実験手法・条件
PDB ID タンパク質立体構造のPDB ID
ASA 溶媒露出表面積
Sec. Str タンパク質の二次構造
  • G: 3-10ヘリックス
  • H: ヘリックス
  • L: ループ
Uniprot ID アミノ酸配列のUniProt ID
Type タンパク質のタイプ
Remarks 所見
Keywords キーワード
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2017/01/23

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”TMFunction © グロミハ マイケル (インド工科大学マドラス校) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

利用許諾に関する連絡先：
Dr. M. MICHAEL GROMIHA
Associate Professor
Department of Biotechnology
IIT Madras
Chennai - 600 036
Tel: +91-44-2257-4138(O)
E-mail: gromiha[at]iitm[dot]ac[dot]in

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2017/01/23 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2007/7 TMFunction (http://tmbeta-genome.cbrc.jp/TMFunction/)で公開開始
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5. 参考文献

Gromiha MM, Yabuki Y, Suresh MX, Thangakani AM, Suwa M, Fukui K.
TMFunction: database for functional residues in membrane proteins.
Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue)
PMID: 18842639

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6. 連絡先

「TMFunction」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

Dr. M. MICHAEL GROMIHA
Associate Professor
Department of Biotechnology
IIT Madras
Chennai - 600 036
Tel: +91-44-2257-4138(O)
E-mail: gromiha[at]iitm[dot]ac[dot]in

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