SSBD

2016/07/25

Web Site: http://ssbd.qbic.riken.jp/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/ssbd/

顕微鏡を活用した計測や数理モデリングで得られる時空間情報を数値として有する定量データのデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. BDML Datasets
  3. BDML Metadata
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「SSBD」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 BDML Datasets

データ名 BDML Datasets
データ内容の説明 データセットのサマリーと由来するリソース
データファイル ssbd_bdml_dataset.zip (2.0KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Organism 生物種名
Datatype 動態の種類
Basedon 定量データが何から得られたか(顕微鏡計測またはコンピュータシミュレーション)
Contributor 定量データの作成者
Number of BDML-files BDMLファイル数
Contact Information 問い合わせ先
Summary of methods 定量データの作成法の概要
PubMed ID 定量データの元となる文献のPubMed ID
License BDMLファイルのライセンス
Data Scale (XYZ,T) XYZ座標と時間のスケールと単位
Dataset Description データセットの説明
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2.3 BDML Metadata

データ名 BDML Metadata
データ内容の説明 BDML形式の定量データに対するメタ情報
データファイル ssbd_bdml_metadata.zip (467KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Title BDMLファイルのタイトル
Description BDMLファイルに記述された定量データの詳細情報
Organism 生物種名
Datatype 動態の種類
Local ID BDMLファイルを特定するための独自ID
Basedon 何から得られた定量データか:顕微鏡計測またはコンピュータシミュレーション
Contributor 定量データの作成者
Contact Information 問い合わせ先
Summary of methods 定量データの作成法の概要
PubMed ID 定量データの元となる文献のPubMed ID
License BDMLファイルのライセンス
Schema BDML形式のバージョン
BDML ID BDMLファイルのID
Data Scale (XYZ,T) XYZ座標と時間のスケールおよび単位
Source 顕微鏡計測の場合は動画像のURL、コンピュータシミュレーションの場合は数理モデルを記述したファイルのURL
BDML file BDMLファイルをダウンロードするためのURL
PDPML file PDPMLファイルをダウンロードするためのURL
SSBD web page SSBDデータベースでの該当ページのURL
SSBD-OMERO web page SSBDデータベースで動画像を確認できるURL
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2016//06/24

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”SSBD © 大浪 修一 (理化学研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0(もしくは、それ以降のバージョン)、またはCC表示-継承互換ライセンス(リストはこちら)の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

〒650-0047 神戸市中央区港島南町2-2-3
理化学研究所 生命システム研究センター
大浪 修一
Tel : 03-3599-8067
E-mail: sonami[at]riken[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2016/07/25 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2013/09/03 SSBD (http://ssbd.qbic.riken.jp/) で公開開始
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5. 参考文献

-
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6. 連絡先

「SSBD」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒650-0047 神戸市中央区港島南町2-2-3
理化学研究所 生命システム研究センター
大浪 修一
Tel : 03-3599-8067
E-mail: sonami[at]riken[dot]jp

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