SEVENS

2014/06/10

Web Site: SEVENS
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/sevens/

藻類のタンパク質と二次代謝反応の情報を集めたデータベース

README 目次

1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
3. 本データベースの利用許諾
4. 更新履歴
5. 参考文献
6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

1. README
2. Alternative products
3. 生物種
4. Exon
5. Gene
6. G-protein
7. Ligand
8. NCBI nr-aa BLAST
9. PDB
10. Pseudo gene
11. Amino acid frequency
12. Swiss-Prot BLAST
13. Swiss-Prot Ligand
14. Unigene BLAST

2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名	README
データ内容	「SEVENS」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名	README.html（日本語）

2.2 Alternative products

データ名	Alternative products
データ内容の説明	Swiss-Protに登録されているalternative products（同一遺伝子由来だがalternative splicingなどにより配列が異なるたんぱく質）の情報を格納しています
データファイル	sevens_alterna.zip (1.86KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
ID	遺伝子名
Number	連番
Swiss-Prot ID	Swiss-Prot ID
Synonym	シノニム
Isoform ID	Isoform ID

2.3 生物種

データ名	生物種
データ内容の説明	SEVENSで取り扱っている生物の種名とGPCR数などを格納しています。
データファイル	sevens_db.zip (2.16KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
SP_Code	生物種コード
Genome	ゲノムデータベース名
GPCR No.	GPCR数
Large Families	（Level Aの）メンバの多いファミリーの名前

2.4 Exon

データ名	Exon
データ内容の説明	遺伝子のExonに関する座標と塩基配列を格納しています。
データファイル	sevens_exon.zip (30.0MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
ID	遺伝子名
Number	連番
Leftend	エクソンの左末端
Rightend	エクソンの右末端
Sequence	塩基配列

2.5 Gene

データ名	Gene
データ内容の説明	SEVENSで解析した遺伝子に関するアノテーション情報を格納しています。
データファイル	sevens_gene.zip (22.8MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
ID	遺伝子名
Pseudo	pseudogeneか否か（空欄：gene pseudo：pseudogene）
Novel	新規であるか否か
Chromosome	染色体番号
Level	レベル（A~D）※下表参照
Family	ファミリー（分からない場合　"UNKNOWN"）
Alternativeproducts	Swiss-protにalternative productsの記載がない場合は空欄、ある場合はシノニム（シノニムがなければNONEと表記）
Swiss-Prot BLAST top hit	対Swiss-Protのトップヒット
Swiss-Prot BLAST top hit (E-value)	対Swiss-ProtのトップヒットのE-value
Swiss-Prot BLAST top hit (Identity)	対Swiss-ProtのトップヒットのIdentity
NCBI nr-aa BLAST top hit	対nrのトップヒット
NCBI nr-aa BLAST top hit (E-value)	対nrのトップヒットのE-value
NCBI nr-aa BLAST top hit (Identity)	対nrのトップヒットのIdentity
NCBI Unigene BLAST top hit	対Unigeneのトップヒット
NCBI Unigene BLAST top hit (E-value)	対UnigeneのトップヒットのE-value
NCBI Unigene BLAST top hit (Identity)	対UnigeneのトップヒットのIdentity
Expression	Unigene ID
Ligand	リガンド（複数知られている場合は１種のみ表示）
G-protein coupling	G蛋白質とのカップリング（0がカップリングしない、1がカップリングする）　左から順に、Gi/o、Gq/11、Gs、G12/13
Sequence	アミノ酸配列
Leftend	遺伝子の左末端
Rightend	遺伝子の右末端

※検出に用いられた閾値レベル

	Level A (Best specificity)	Level B	Level C	Level D (Best sensitivity)
Sequence search with BLASTP	E < 10-80	E < 10-30	E < 10-30	E < 10-30
Domain assignment with Pfam	E < 10-10	E < 1.0	E < 1.0	E < 1.0
Motif assignment with PROSITE	Not used	Match	Match	Match
TMH Prediction	Not used	TMwindows(7) AND SOSUI(7)	TMwindows(7) AND SOSUI(6-8)	TMwindows(7) OR SOSUI(7)
Sensitivity	99.4%	99.8%	99.9%	99.9%
Specificity	96.6%	70.0%	48.4%	20.0%

2.6 G-protein

データ名	G-protein
データ内容の説明	G-proteinのカップリングの有無に関する情報が格納されています。
データファイル	sevens_gprotein.zip (705B)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
ID	遺伝子名
Coupling	G蛋白質とのカップリング（0がカップリングしない、1がカップリングする）　左から順に、Gi/o、Gq/11、Gs、G12/13

2.7 Ligand

データ名	Ligand
データ内容の説明	GPCRに対するリガンドに関する分子量などの情報を格納しています。
データファイル	sevens_ligand.zip (3.09KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
ID	遺伝子名
Number	連番
Ligand	リガンド
Molecular Weight	リガンド分子量

2.8 NCBI nr-aa BLAST

データ名	NCBI nr-aa BLAST
データ内容の説明	NCBI non-redundant配列（nr.aa）との相同性検索の結果を格納してます。
データファイル	sevens_nr.zip (26.8MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
ID	遺伝子名
Number	連番
Leftend	遺伝子の左末端
Rightend	遺伝子の右末端
Name	名称
GI	gi番号
E-Value	E-value
Identity	identity

2.9 PDB

データ名	PDB
データ内容の説明	PDBと対応する遺伝子リストを格納しています。
データファイル	sevens_pdb.zip (16.0KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
ID	遺伝子名
Number	連番
Leftend	遺伝子の左末端
Rightend	遺伝子の右末端
Pdb list	PDBリスト
Information list	インフォメーションリスト

2.10 Pseudo gene

データ名	Pseudo gene
データ内容の説明	解析の結果、Pseudo geneと判定された遺伝子の情報（フレームシフトなど）を格納しています。
データファイル	sevens_pseudo.zip (168KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

ID	遺伝子名
Number	連番
Position	フレームシフト/ストップコドンのある残基位置
Kind	種類　（INS/STOP/DEL）

2.11 Amino acid frequency

データ名	Amino acid frequency
データ内容の説明	タンパク質中のアミノ酸出現頻度と、疎水性値を格納しています。
データファイル	sevens_seqft.zip (2.24MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

ID	遺伝子名
Mean hydrophobicity	平均疎水性値（Kyte-Doolittleの疎水性値の総和/配列長）
Amino acid appear frequently	アミノ酸出現頻度（左から順にGPCAVILMFYWHRKNQEDSTX）

2.12 Swiss-Prot BLAST

データ名	Swiss-Prot BLAST
データ内容の説明	Swiss-Protとの相同性検索結果を格納しています。
データファイル	sevens_swissprot.zip (10.4MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

ID	遺伝子名
Number	連番
Leftend	遺伝子の左末端
Rightend	遺伝子の右末端
Name	名称
E-Value	E-Value
Identity	identity

2.13 Swiss-Prot Ligand

データ名	Swiss-Prot Ligand
データ内容の説明	Swiss-protとの相同性検索結果からligandに関して抽出したデータ
データファイル	sevens_swligand.zip (7.71KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

ID	遺伝子名
Number	連番
Swiss-Prot ID	Swiss-Prot ID
Ligand	リガンド

2.14 Unigene BLAST

データ名	Unigene BLAST
データ内容の説明	UniGeneとの相同性検索結果を格納しています。
データファイル	sevens_unigene.zip (12.5MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

ID	遺伝子名
Number	連番
Leftend	遺伝子の左末端
Rightend	遺伝子の右末端
Name	名称
GI	gi番号
E-Value	E-Value
Identity	identity

3. 本データベースの利用許諾

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”SEVENS © 諏訪牧子 (青山学院大学 理工学部、産業技術総合研究所・生命情報工学研究センター) licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
〒252-5258
神奈川県相模原市中央区淵野辺　5-10-1　Ｊ607号室
青山学院大学 理工学部化学・生命科学科　諏訪牧子
E-mail: suwa[at]chem[dot]aoyama[dot]ac[dot]jp

4. 更新履歴

更新日	更新内容
2014/06/10	生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2002/03/29	SEVENS (http://sevens.cbrc.jp/)で公開開始

5. 参考文献

Ono Y, Fujibuchi W, Suwa M.
Automatic gene collection system for genome-scale overview of G-protein coupled receptors in eukaryotes.
Gene/2005 Dec 30/364:63-73.
PMID:16126348

Suwa M, Ono Y.
Computational overview of GPCR gene universe to support reverse chemical genomics study.
Methods Mol Biol/2009/577:41-54.
PMID:19718507

6. 連絡先

「SEVENS」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒252-5258
神奈川県相模原市中央区淵野辺　5-10-1　Ｊ607号室
青山学院大学 理工学部化学・生命科学科　諏訪牧子
E-mail: suwa[at]chem[dot]aoyama[dot]ac[dot]jp