SAHG

2016/05/09

Web Site: http://bird.cbrc.jp/sahg
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/sahg/

ヒトゲノム由来の全タンパク質配列の立体構造モデルを予測し、結果を視覚的に表示したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. タンパク質基本情報
  3. ドメインモデリング
  4. 複合体モデリング
  5. 配列アライメント
  6. モデル構造のサムネイル画像
  7. ドメインモデル構造
  8. 複合体モデル構造
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「SAHG」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 タンパク質基本情報

データ名 タンパク質基本情報
データ内容の説明 アミノ酸配列やRefSeq IDなど、モデリング対象タンパク質の基本情報
データファイル sahg_protein.zip (8.1 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
RefSeqID RefSeq ID
domainSize リンクしているドメインモデリングの数
Link to Domain (簡易検索ページのみ)同一RefSeqIDのドメインモデリングへのリンク
Link to Complex (簡易検索ページのみ)同一RefSeqIDの複合体モデリングへのリンク
GeneID タンパク質をコードする遺伝子Entrez Gene ID
Definition RefSeqに記述されているタンパク質名称
chromosome タンパク質をコードする遺伝子が存在する染色体番号
Location タンパク質をコードする遺伝子の遺伝子座
Sequence アミノ酸配列
EC number EC番号
EzCatDB EzCatDB ID
HPRD HPRD ID
Swiss-Prot (簡易検索ページのみ)UniProtKB/Swiss-Protへのリンク
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2.3 ドメインモデリング

データ名 ドメインモデリング
データ内容の説明 ドメイン構造(予測)、鋳型情報、タンパク質相互作用(予測)
データファイル sahg_domain.zip (3.4 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
RefSeqID RefSeq ID
Link to Protein (簡易検索ページのみ)同一RefSeqIDのタンパク質基本情報へのリンク
chromosome タンパク質をコードする遺伝子が存在する染色体番号
domainIdx 同一タンパク質におけるドメイン番号(連番)
apoholoNum 1: アポ構造のみモデリング。2:ホロ構造のみモデリング。 3:アポ体、ホロ体ともモデリング。
aafrom ドメインの先頭アミノ酸残基
aato ドメインの末尾アミノ酸残基
Domain description ドメインの機能(鋳型タンパク質情報から予測)
apo Template アポ構造の鋳型
apo model PDB アポ構造の構造モデルのファイル
holo Template ホロ構造の鋳型
holo model PDB ホロ構造の構造モデルのファイルへのリンク
Detected by 鋳型検索手法
Ligand Binding Residues リガンド結合残基(予測)
Interface Residues タンパク質-タンパク質相互作用部位、
Catalytic Residues 触媒残基(酵素の場合)
Ligand リガンドの種類(PDBのchemical ID)
morphing 0:モーフィングデータ無し。1: モーフィングデータあり(アポ、ホロ両方のモデルがある場合)。
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2.4 複合体モデリング

データ名 複合体モデリング
データ内容の説明 各タンパク質の(複数のサブユニットからなる)複合体とそのモデリング情報(予測)
データファイル sahg_complex.zip (147 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
RefSeqID RefSeq ID
Link to Protein (簡易検索ページのみ)同一RefSeqIDのタンパク質基本情報へのリンク
regionFrom 複合体予測された領域の先頭アミノ酸残基
regionTo 複合体予測された領域の末尾アミノ酸残基
model PDB (簡易検索ページのみ)モデル構造(PDB形式)へのリンク
Oligomer 複合体の種類(ホモ/ヘテロオリゴマー)
Model 同一タンパク質におけるモデル番号(連番)
Template 複合体の鋳型
Partner ID 複合体を形成する他のタンパク質のRefSeq ID
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2.5 配列アライメント

データ名 配列アライメント
データ内容の説明 モデリング対象配列と鋳型配列とのアライメント
データファイル sahg_alignment.zip (12.0 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
RefSeqID RefSeq ID
Domain_type ドメイン構造のタイプ(apoまたはholo)
Template 鋳型タンパク質名
Query_from ターゲットタンパク質のアラインされた領域の先頭残基番号
Query_to ターゲットタンパク質のアラインされた領域の末尾残基番号
Query_alignment ターゲットタンパク質のアライメント配列
Template_from 鋳型タンパク質のアラインされた領域の先頭残基番号
Template_to 鋳型タンパク質のアラインされた領域の末尾残基番号
Template_alignment 鋳型タンパク質のアライメント配列
Alignment_line アライメントのライン
Identity(%) 配列一致度
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2.6 モデル構造のサムネイル画像

データ名 モデル構造のサムネイル画像
データ内容の説明 予測されたモデル構造のサムネイル画像。モーフィングの場合はFlashファイル一式
データファイル model_structure_thumbnail.zip (404 MB)

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2.7 ドメインモデル構造

データ名 ドメインモデル構造
データ内容の説明 各ドメインの予測されたモデル構造(PDB形式)
データファイル domain_model_structure.zip (1.6 GB)

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2.8 複合体モデル構造

データ名 複合体モデル構造
データ内容の説明 各複合体の予測されたモデル構造(PDB形式)
データファイル complex_model_structure.zip (1.1 GB)

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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2016/05/09

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”SAHG © 本野 千恵 (産業技術総合研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0(もしくは、それ以降のバージョン)、またはCC表示-継承互換ライセンス(リストはこちら)の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先:
本野 千恵
Tel : 03-3599-8067
E-mail: c-motono[at]aist[dot]go[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2016/05/09 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2009/10 SAHG (http://bird.cbrc.jp/sahg) で公開開始
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5. 参考文献

Chie Motono, Junichi Nakata, Ryotaro Koike, Kana Shimizu, Matsuyuki Shirota, Takayuki Amemiya, Kentaro Tomii, Nozomi Nagano, Naofumi Sakaya, Kiyotaka Misoo, Miwa Sato, Akinori Kidera, Hidekazu Hiroaki, Tsuyoshi Shirai, Kengo Kinoshita, Tamotsu Noguchi, Motonori Ota
SAHG, a comprehensive database of predicted structures of all human proteins
Nucleic Acids Research, 2011, Vol. 39,
PMID: 21051360

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6. 連絡先

「SAHG」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

本野 千恵
Tel : 03-3599-8067
E-mail: c-motono[at]aist[dot]go[dot]jp

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