SAHG
2016/05/09Web Site: http://bird.cbrc.jp/sahg
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/sahg/
ヒトゲノム由来の全タンパク質配列の立体構造モデルを予測し、結果を視覚的に表示したデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「SAHG」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 タンパク質基本情報
| データ名 | タンパク質基本情報 |
| データ内容の説明 | アミノ酸配列やRefSeq IDなど、モデリング対象タンパク質の基本情報 |
| データファイル | sahg_protein.zip (8.1 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| RefSeqID | RefSeq ID |
| domainSize | リンクしているドメインモデリングの数 |
| Link to Domain | （簡易検索ページのみ）同一RefSeqIDのドメインモデリングへのリンク |
| Link to Complex | （簡易検索ページのみ）同一RefSeqIDの複合体モデリングへのリンク |
| GeneID | タンパク質をコードする遺伝子Entrez Gene ID |
| Definition | RefSeqに記述されているタンパク質名称 |
| chromosome | タンパク質をコードする遺伝子が存在する染色体番号 |
| Location | タンパク質をコードする遺伝子の遺伝子座 |
| Sequence | アミノ酸配列 |
| EC number | EC番号 |
| EzCatDB | EzCatDB ID |
| HPRD | HPRD ID |
| Swiss-Prot | （簡易検索ページのみ）UniProtKB/Swiss-Protへのリンク |
2.3 ドメインモデリング
| データ名 | ドメインモデリング |
| データ内容の説明 | ドメイン構造（予測）、鋳型情報、タンパク質相互作用（予測） |
| データファイル | sahg_domain.zip (3.4 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| RefSeqID | RefSeq ID |
| Link to Protein | （簡易検索ページのみ）同一RefSeqIDのタンパク質基本情報へのリンク |
| chromosome | タンパク質をコードする遺伝子が存在する染色体番号 |
| domainIdx | 同一タンパク質におけるドメイン番号（連番） |
| apoholoNum | 1: アポ構造のみモデリング。2:ホロ構造のみモデリング。 3:アポ体、ホロ体ともモデリング。 |
| aafrom | ドメインの先頭アミノ酸残基 |
| aato | ドメインの末尾アミノ酸残基 |
| Domain description | ドメインの機能（鋳型タンパク質情報から予測） |
| apo Template | アポ構造の鋳型 |
| apo model PDB | アポ構造の構造モデルのファイル |
| holo Template | ホロ構造の鋳型 |
| holo model PDB | ホロ構造の構造モデルのファイルへのリンク |
| Detected by | 鋳型検索手法 |
| Ligand Binding Residues | リガンド結合残基（予測） |
| Interface Residues | タンパク質-タンパク質相互作用部位、 |
| Catalytic Residues | 触媒残基（酵素の場合） |
| Ligand | リガンドの種類（PDBのchemical ID) |
| morphing | 0:モーフィングデータ無し。1: モーフィングデータあり（アポ、ホロ両方のモデルがある場合）。 |
2.4 複合体モデリング
| データ名 | 複合体モデリング |
| データ内容の説明 | 各タンパク質の（複数のサブユニットからなる）複合体とそのモデリング情報（予測） |
| データファイル | sahg_complex.zip (147 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| RefSeqID | RefSeq ID |
| Link to Protein | （簡易検索ページのみ）同一RefSeqIDのタンパク質基本情報へのリンク |
| regionFrom | 複合体予測された領域の先頭アミノ酸残基 |
| regionTo | 複合体予測された領域の末尾アミノ酸残基 |
| model PDB | （簡易検索ページのみ）モデル構造（PDB形式）へのリンク |
| Oligomer | 複合体の種類（ホモ／ヘテロオリゴマー） |
| Model | 同一タンパク質におけるモデル番号（連番） |
| Template | 複合体の鋳型 |
| Partner ID | 複合体を形成する他のタンパク質のRefSeq ID |
2.5 配列アライメント
| データ名 | 配列アライメント |
| データ内容の説明 | モデリング対象配列と鋳型配列とのアライメント |
| データファイル | sahg_alignment.zip (12.0 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| RefSeqID | RefSeq ID |
| Domain_type | ドメイン構造のタイプ（apoまたはholo） |
| Template | 鋳型タンパク質名 |
| Query_from | ターゲットタンパク質のアラインされた領域の先頭残基番号 |
| Query_to | ターゲットタンパク質のアラインされた領域の末尾残基番号 |
| Query_alignment | ターゲットタンパク質のアライメント配列 |
| Template_from | 鋳型タンパク質のアラインされた領域の先頭残基番号 |
| Template_to | 鋳型タンパク質のアラインされた領域の末尾残基番号 |
| Template_alignment | 鋳型タンパク質のアライメント配列 |
| Alignment_line | アライメントのライン |
| Identity(%) | 配列一致度 |
2.6 モデル構造のサムネイル画像
| データ名 | モデル構造のサムネイル画像 |
| データ内容の説明 | 予測されたモデル構造のサムネイル画像。モーフィングの場合はFlashファイル一式 |
| データファイル | model_structure_thumbnail.zip (404 MB) |
2.7 ドメインモデル構造
| データ名 | ドメインモデル構造 |
| データ内容の説明 | 各ドメインの予測されたモデル構造（PDB形式） |
| データファイル | domain_model_structure.zip (1.6 GB) |
2.8 複合体モデル構造
| データ名 | 複合体モデル構造 |
| データ内容の説明 | 各複合体の予測されたモデル構造（PDB形式） |
| データファイル | complex_model_structure.zip (1.1 GB) |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2016/05/09
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”SAHG © 本野 千恵 (産業技術総合研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。
本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
本野 千恵
Tel : 03-3599-8067
E-mail: c-motono[at]aist[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2016/05/09 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2009/10 | SAHG (http://bird.cbrc.jp/sahg) で公開開始 |
5. 参考文献
Chie Motono, Junichi Nakata, Ryotaro Koike, Kana Shimizu, Matsuyuki Shirota, Takayuki Amemiya, Kentaro Tomii, Nozomi Nagano, Naofumi Sakaya, Kiyotaka Misoo, Miwa Sato, Akinori Kidera, Hidekazu Hiroaki, Tsuyoshi Shirai, Kengo Kinoshita, Tamotsu Noguchi, Motonori OtaSAHG, a comprehensive database of predicted structures of all human proteins
Nucleic Acids Research, 2011, Vol. 39,
PMID: 21051360
6. 連絡先
「SAHG」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
本野 千恵
Tel : 03-3599-8067
E-mail: c-motono[at]aist[dot]go[dot]jp