RPD
2016/02/02Web Site: http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/rpd/
イネの各種器官や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「RPD」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 ゲル情報
| データ名 | ゲル情報 |
| データ内容の説明 | イネの各種器官や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行って得た、2次元電気泳動画像の一覧です。 |
| データファイル | rpd_main.zip (1 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Tissue ID | 2次元ゲル電気泳動のID |
| Tissue type | 以下の種別 tissue: 生育時期・器官 organelle: 細胞内小器官 |
| Tissue | 採取した器官、または細胞小器官名 |
| Gel image | ゲル画像の画像ファイル名 |
| Spot No gel image | スポット番号付きゲル画像の画像ファイル名 |
2.3 スポット情報
| データ名 | スポット情報 |
| データ内容の説明 | 2次元ゲル電気泳動を行って得たスポットの一覧です。各スポットについて、分子量・等電点・発現量等の情報、および決定したアミノ酸配列に対する相同検索結果情報等をまとめました。 |
| データファイル | rpd_spot.zip (326 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Spot ID | スポットID |
| Spot No. | スポット番号 |
| tissue ID | 2次元ゲル電気泳動のID |
| pI | タンパク質の等電点 |
| MW | タンパク質の分子量 |
| organism | 材料の生物種名 |
| tissue | 採取した組織、または細胞小器官名 |
| expression | 発現量 |
| spot gel image | 当該スポットのゲル拡大画像 |
| Mass Spectrometry Accession No. | Mascot解析による相同なタンパク質のアクセション番号 |
| Mass Spectrometry Homologous Protein | Mascot解析による相同なタンパク質のdefinition |
| Mass Spectrometry Score (%) | Mascotスコア |
| Protein Sequencer Accession No. | プロテインシーケンサによる相同なタンパク質のアクセション番号（複数件） |
| Protein Sequencer Homologous Protein | プロテインシーケンサによる相同なタンパク質のdefinition（複数件） |
| cDNA Accession No. | 相同なcDNAのアクセション番号（複数件） |
2.4 シーケンサ情報
| データ名 | シーケンサ情報 |
| データ内容の説明 | 気相プロティンシーケンサーで決定したアミノ酸配列について、Blast検索により相同検索した結果の一覧です。 |
| データファイル | rpd_sequencer.zip (23 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Spot ID | スポットID |
| Amino sequence | アミノ酸配列 |
| Homologous Protein Accession No. | 相同なタンパク質のアクセション番号 |
| Homologous Protein definition | 相同なタンパク質のdefinition |
| Homologous search identities (%) | 相同性検索のidentifies |
2.5 cDNA情報
| データ名 | cDNA情報 |
| データ内容の説明 | KOMEのcDNAクローンに対して相同検索を行った結果の一覧です。 |
| データファイル | rpd_cdna.zip (15 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Spot ID | スポットID |
| Accession NO | 相同なcDNAのアクセション番号 |
| Clone name | 相同なcDNAのクローン名 |
| Score | スコア |
| Coverage | カバレッジ |
2.6 画像ファイル
| データ名 | 画像ファイル |
| データ内容の説明 | ゲル画像、および関連する画像ファイルです。 |
| データファイル | rpd_gel_image.zip (38.5 MB) |
2.7 プロトコル
| データ名 | プロトコル |
| データ内容の説明 | プロテオーム解析に関する様々な手法のプロトコルです。 |
| データファイル | rpd_protocol_jp.zip (535 KB) rpd_protocol_en.zip (329 KB) |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2016/02/02
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”イネプロテオームデータベース © 小松 節子 (農研機構 作物研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。
本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒305-8634 茨城県つくば市観音台2-1-18
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
作物研究所
小松 節子
E-mail: skomatsu[at]affrc[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2016/02/02 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2003/01/07 | Rice Proteome Database (http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/)で公開開始 |
5. 参考文献
Komatsu S.Rice proteome database: a step toward functional analysis of the rice genome.
Plant Mol Biol. 2005 Sep;59(1):179-90.
PMID: 16217611
Komatsu S, Konishi H, Shen S, Yang G.
Rice proteomics: a step toward functional analysis of the rice genome.
Mol Cell Proteomics. 2003 Jan;2(1):2-10.
PMID: 12601077
Komatsu S, Kojima K, Suzuki K, Ozaki K, Higo K.
Rice Proteome Database based on two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis: its status in 2003.
Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32(Database issue):D388-92.
PMID: 14681440
Tanaka N, Fujita M, Handa H, Murayama S, Uemura M, Kawamura Y, Mitsui T, Mikami S, Tozawa Y, Yoshinaga T, Komatsu S.
Proteomics of the rice cell: systematic identification of the protein populations in subcellular compartments.
Mol Genet Genomics. 2004 Jun;271(5):566-76. Epub 2004 Apr 7.
PMID: 15069638
Tanaka N, Konishi H, Khan MM, Komatsu S.
Proteome analysis of rice tissues by two-dimensional electrophoresis: an approach to the investigation of gibberellin regulated proteins.
Mol Genet Genomics. 2004 Jan;270(6):485-96. Epub 2003 Nov 21.
PMID: 14634867
Komatsu S, Yano H.
Update and challenges on proteomics in rice.
Proteomics. 2006 Jul;6(14):4057-68.
PMID: 16786487
6. 連絡先
「RPD」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
データベース作成者連絡先：
〒305-8634 茨城県つくば市観音台2-1-18
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
作物研究所
小松 節子
E-mail: skomatsu[at]affrc[dot]go[dot]jp