RMOS
2015/10/27Web Site: -
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/rmos/
イネのマイクロアレイプロジェクトで作成されたマイクロアレイとその関連情報
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
- README
- RMOSコンテンツ
- アレイパターンとクローン配置
- カスタムアレイとコマーシャルアレイの比較表
- Rice1265 Array: PCR check
- Rice8987 Array: PCR check
- Rice8987 Array: ゲル画像
- Rice8987 g_array: cDNA情報
- 8987Array-Chromosome
- Rice8987Corresponding Table (f_g_primer)
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「RMOS」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 RMOSコンテンツ
| データ名 | RMOSコンテンツ |
| データ内容の説明 | RMOSサイト全体の静的ファイル ・総合情報 ・マイクロアレイシステム利用のガイドライン ・マイクロアレイセンタープロトコル ・マイクロアレイ/クローンリスト ・検索 ・研究データ ・学会・論文リスト |
| データファイル | rmos_contents.zip (22.2 MB) |
2.3 アレイパターンとクローン配置
| データ名 | アレイパターンとクローン配置 |
| データ内容の説明 | アレイパターンとクローン配置の静的ファイル |
| データファイル | rmos_array1265_clone_list.zip (27.3 KB) rmos_f_array8987_clone_list.zip (321 KB) rmos_g_array8987_clone_list.zip (827 KB) rmos_22kArray_difflist.zip (823 KB) |
2.4 カスタムアレイとコマーシャルアレイの比較表
| データ名 | カスタムアレイとコマーシャルアレイの比較表 |
| データ内容の説明 | イネ完全長cDNAクローンについて22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ上へのスポットの有無 |
| データファイル | rmos_22karray_difflist.csv.zip (103 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Accession | DDBJアクセッション番号 |
| Custom_CM_alllist | 22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイのいずれかの上に存在するクローン 22,723件 |
| Custom_CM_diff | 22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ間で、有無が異なるクローン 2,013件 |
| Custom_list | 22Kカスタムアレイ (Rice Oligo Microarray ver. 1) のクローン 21,938件 |
| Custom_CM_add | データ更新に伴うMappingによりTUが増加したクローン 785件 (22Kカスタムアレイへ追加) |
| Custom_CM_delete | 22Kカスタムアレイ上から削除したクローン 1,228件 ・データ解析より： 340件 ・10種類のハイブリ実験結果とデータ解析により： 888件 |
| Custom_CM_common | 22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ間で共通したクローン 20,710件 |
| CM_list | 22K コマーシャルアレイ （Rice Oligo DNA Microarray Agilent Technologies G4138A）のクローン 21,495件 |
| HitAccession | クローンの配列を使用してBlastでヒットした配列のDDBJアクセッション番号 |
| Blast Type | BLASTN / BLASTX |
| Definition | HitAccessionに付記されたアノテーション |
2.5 Rice1265 Array: PCR check
| データ名 | Rice1265 Array: PCR check |
| データ内容の説明 | Rice1265マイクロアレイ（Full insert version）/（3'UTR version）に使用されたクローンについてPCR check結果をまとめたリスト |
| データファイル | rmos_1265pcrcheck.csv.zip (11.7 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Element No. (Glass) | エレメント番号 (アレイgrass上の位置情報：「アレイパターンとクローン配置」参照) |
| Clone id | クローンID |
| 96 Plate | PCRチェックを行う際に使用した96 Plateの番号 |
| Position | PCRチェックを行う際に使用した96 Plate内での位置 |
| PCR products check (3'UTR) |
PCR産物のチェック結果（3'UTR） |
| PCR products check (Full) |
PCR産物のチェック結果（Full inserts） |
| Accession id 1 | DDBJアクセッション番号 1 |
| Accession id 2 | DDBJアクセッション番号 2 |
2.6 Rice8987 Array: PCR check
| データ名 | Rice8987 Array: PCR check |
| データ内容の説明 | Rice8987マイクロアレイ（f_array/Full insert version）に使用されたクローンについてPCR check結果等をまとめたリスト |
| データファイル | rmos_8987pcrcheck.csv.zip (96.3 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Element No. (Glass) | エレメント番号 (アレイgrass上の位置情報：「アレイパターンとクローン配置」参照) |
| Clone name | クローン名 |
| Dplate | PCRチェックを行う際に使用したDestination Plate名 |
| Dplate Pos. | PCRチェックを行う際に使用したDestination Plate上の位置 |
| PCR products check (Full inserts) | PCR産物のチェック結果（Full inserts） |
| Accession (5') | DDBJ アクセッション番号（5'末端） |
| Accession (3') | DDBJ アクセッション番号（3'末端） |
2.7 Rice8987 Array: ゲル画像
| データ名 | Rice8987 Array: ゲル画像 |
| データ内容の説明 | Rice8987 Array（f_array/Full insert version）に使用された8987個のcDNAクローンの電気泳動ゲル画像 |
| データファイル | rmos_eidou_pict.zip (1.25 MB) |
2.8 Rice8987 g_array: cDNA情報
| データ名 | Rice8987 g_array: cDNA情報 |
| データ内容の説明 | Rice8987 Array（g_array/Full insert version）作成時のcDNA情報 ＊2002年7月1日以降のマイクロアレイは全てこのアレイ（g_array）が使用されています。これまでに使用していたRice8987 Array（Full insert version）とスポットされているcDNAは同一ですが、ガラス上での並びが異なります。 |
| データファイル | rmos_rice9000array_g.csv.zip (453 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Element No. (Glass) | エレメント番号 (アレイgrass上の位置情報：「アレイパターンとクローン配置」参照) |
| Spot No. | スポット番号 |
| Clone name | クローン名 |
| Putative Gene Identification | クローン配列から推定されたGene Identification |
| Destination Plate (96) | PCRチェックを行う際に使用した96穴Destination Plate番号 |
| Dplate Pos. | PCRチェックを行う際に使用した96穴Destination Plate上での位置 |
| Source Plate Name | Source Plate名 *現在データ無し |
| Clone Pos in STAFFDWP | STAFFDWP（STAFFでの保管に使用されていたDeep Well Plate）でのクローン位置 *現在データ無し |
| Accession No. (A) | DDBJアクセッション番号（Aがついたクローン名のもの） |
| Accession No. (Z) | DDBJアクセッション番号（Zがついたクローン名のもの） |
| Primer No. | プライマー番号 *現在データ無し |
| to Full Spot No. | フルスポット番号へ |
| 384Plate | マイクロアレイ作成時にcDNAのスポッティングに用いた384穴Plateの番号 |
| 384Plate Pos. | マイクロアレイ作成時にcDNAのスポッティングに用いた384穴Plate上の位置 |
2.9 8987Array-Chromosome
| データ名 | 8987Array-Chromosome |
| データ内容の説明 | Rice8987 Array（f_array）のクローンの染色体上の位置情報リスト |
| データファイル | rmos_8987array_chromosome.csv.zip (96.5 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| f_array_element | f_array エレメント番号 (アレイgrass上の位置情報：「アレイパターンとクローン配置」参照) |
| Accession1 | DDBJアクセッション番号 1 |
| Accession2 | DDBJアクセッション番号 2 |
| Clone name | クローン名 |
| DDBJ name | DDBJのDefinitionに記載された名 |
| Multi | クローン配列に類似性が高いゲノム配列が複数あるものについて、クローン配列と類似性の高いものからA, B・・の順に記載 |
| Mapping |
D : クローン配列を直接ゲノムへマッピング |
| Chr. | クローン配列と類似性の高いゲノム配列の存在する染色体番号 |
| Clone name (group) | グループの代表クローン名 |
| Multi (group) | グループの代表クローン配列に類似性が高いゲノム配列が複数あるものについて、代表クローン配列と類似性の高いものからA, B・・の順に記載 |
| Chr. (group) | グループの代表クローン配列と類似性の高いゲノム配列の存在する染色体番号 |
2.10 Rice8987Corresponding Table (f_g_primer)
| データ名 | Rice8987Corresponding Table (f_g_primer) |
| データ内容の説明 | Rice8987 Array の作成に用いたprimer（f_g_primer）情報のリスト |
| データファイル | rmos_f_g_primer_table.csv.zip (636 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| g_Element No. | Rice8987 g_array上のElement番号 (位置番号) ；「アレイパターンとクローン配置」のfield内、各セルの左上の番号 |
| f_Element No. | Rice8987 f_array上のElement番号 (位置番号) ；「アレイパターンとクローン配置」のfield内、各セルの左上の番号 |
| 3UTR Element No. | Rice8987 Array (3'UTR version)上のElement番号 (位置番号) ＊「アレイパターンとクローン配置」には情報がありません。 |
| Clone name | クローン名 |
| Accession 01 | DDBJアクセッション番号 01 |
| Accession 02 | DDBJアクセッション番号 02 |
| Putative Identification | クローンの配列情報から推定される (類似) 遺伝子のアノテーション情報 |
| Destination Plate (96) | PCRチェックを行う際に使用した96穴Destination Plateの番号 |
| Dplate Pos. | PCRチェックを行う際に使用した96穴Destination Plate上での位置 |
| Full insert M /no check | PCR産物のチェック結果（Full inserts : M13 RV primer とM4 primer(TAKARA)を使用) ・空欄：結果は予測バンド位置と一致 ・no : no band ・m : multiband |
| Mapped 3'UTR Primer seq (Upper) | マップされた3'UTRプライマー配列（Upper） |
| Mapped 3'UTR Primer seq (Lower) | マップされた3'UTRプライマー配列（Lower） |
| Unmapped 3'UTR Primer seq (Upper) | マップされていない3'UTRプライマー配列（Upper） |
| Unmapped 3'UTR Primer seq (Lower) | マップされていない3'UTRプライマー配列（Lower） |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2015/10/27
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- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
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- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所 作物ゲノム研究ユニット
菊池 尚志
E-mail: skikuchi[at]nias[dot]affrc[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2015/10/27 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2015/09/17 | オリジナルサイト (http://cdna01.dna.affrc.go.jp/RMOS/) での公開を終了 |
| 2001/01/12 | RMOS (http://cdna01.dna.affrc.go.jp/RMOS/) で公開開始 |
5. 参考文献
S.Kikuchi J. Yazaki N. Kishimoto M. ishikawa D. EndoChapter 2 Comprehensive Analysis of Rice Gene Expression Using the Microarray System: What We have Learned from the Microarray Project
Rice Improvement in the Genomics Era, edited by Swapan K. Datta, CRC Press NY, 2009, pp.15-58, ISBN 978-1-56022-952-0
6. 連絡先
「RMOS」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所 作物ゲノム研究ユニット
菊池 尚志
E-mail: skikuchi[at]nias[dot]affrc[dot]go[dot]jp