RGP physicalmap

2015/07/07

Web Site: http://rgp.dna.affrc.go.jp/E/publicdata/physicalmap/physicalmap.html
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/rgp-physicalmap/

RGPのDNAマーカーで選抜されたイネYACクローンの物理マッピング

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. YACコンティグ情報
  3. YACクローン情報
  4. YACクローンの挿入断片サイズ
トップに戻る

2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「RGP physicalmap」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
トップに戻る

2.2 YACコンティグ情報

データ名 YACコンティグ情報
データ内容の説明 イネ染色体のYACコンティグ情報
データファイル rgp_physicalmap_yac_contigs.zip (1 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Chrom. No. 染色体番号
Region リージョン番号
Physical map image イネ物理地図のファイル名
First marker 最初のDNAマーカー
Distance of first marker (cM) 最初のDNAマーカーの染色体腕端からの遺伝的距離（cM）
Last marker 最後のDNAマーカー
Distance of last marker (cM) 最後のDNAマーカーの染色体腕端からの遺伝的距離（cM）
トップに戻る

2.3 YACクローン情報

データ名 YACクローン情報
データ内容の説明 DNAマーカーで選抜されたYACクローン情報
データファイル rgp_physicalmap_yac_clones.zip (18.7 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Chrom. No. 染色体番号
Region リージョン番号
Physical map image イネ物理地図のファイル名
Order 連鎖順序
Marker マーカー名
Distance (cM) 順序が１つ前のマーカーからの遺伝的距離（cM）
YAC clone1 YACクローン 1
※以下、YACクローン名のあとの「c」の文字は、キメラを表す。
YAC clone2 YACクローン 2
YAC clone3 YACクローン 3
YAC clone4 YACクローン 4
YAC clone5 YACクローン 5
YAC clone6 YACクローン 6
YAC clone7 YACクローン 7
YAC clone8 YACクローン 8
YAC clone9 YACクローン 9
YAC clone10 YACクローン 10
YAC clone11 YACクローン 11
YAC clone12 YACクローン 12
YAC clone13 YACクローン 13
YAC clone14 YACクローン 14
YAC clone15 YACクローン 15
YAC clone16 YACクローン 16
YAC clone17 YACクローン 17
YAC clone18 YACクローン 18
YAC clone19 YACクローン 19
YAC clone20 YACクローン 20
YAC clone21 YACクローン 21
YAC clone22 YACクローン 22
YAC clone23 YACクローン 23
YAC clone24 YACクローン 24
YAC clone25 YACクローン 25
YAC clone26 YACクローン 26
YAC clone27 YACクローン 27
YAC clone28 YACクローン 28
YAC clone29 YACクローン 29
YAC clone30 YACクローン 30
トップに戻る

2.4 YACクローンの挿入断片サイズ

データ名 YACクローンの挿入断片サイズ
データ内容の説明 イネ物理地図におけるYACクローン毎の挿入断片サイズの一覧表
データファイル rgp_physicalmap_insert_size.zip (3.4 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
YAC No. YACクローン番号
YAC insert size (kb) YACクローン毎の挿入断片サイズ (kb)
トップに戻る

3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2015/07/07

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Rice Genome Mapping and Sequencing Data from RGP, STAFF/NIAR, Japan © 農業生物資源研究所 licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
松本隆
E-mail: mat[at]affrc[dot]go[dot]jp
片寄裕一
E-mail: katayose[at]affrc[dot]go[dot]jp

トップに戻る

4. 更新履歴

更新日 更新内容
2015/07/07 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2013/04/01 Rice Genome Mapping and Sequencing Data from RGP, STAFF/NIAR, Japan (http://rgp.dna.affrc.go.jp/E/publicdata/physicalmap/physicalmap.html) に移転
1997/07/09 Rice Genome Mapping and Sequencing Data from RGP, STAFF/NIAR, Japan (http://rgp.dna.affrc.go.jp/publicdata/physicalmap/physicalmap.html )で公開開始
トップに戻る

5. 参考文献

Yosuke Umehara, Akiko Inagaki, Hiroshi Tanoue, Yuji Yasukochi, Yoshiaki Nagamura, Shoko Saji, Yoshiaki Otsuki, Tatsuhito Fujimura, Nori Kurata, Yuzo Minobe
Construction and characterization of a rice YAC library for physical mapping
Molecular Breeding (1995) 1(1): 79-89.

N. Kurata, Y. Nagamura, K. Yamamoto, Y. Harushima, N. Sue, J. Wu, B.A. Antonio, A. Shomura, T. Shimizu, S-Y. Lin, T. Inoue, A. Fukuda, T. Shimano, Y. Kuboki, T. Toyama, Y. Miyamoto, T. Kirihara, K. Hayasaka, A. Miyao, L. Monna, H.S. Zhong, Y. Tamura, Z-X,
A 300 kilobase interval genetic map of rice including 883 expressed sequences
Nature Genetics (1994) 8: 365-372.
PMID:7894488

Zi-Xuan Wang, Atsuko Idonuma, Yosuke Umehara, Wim Van Houten, Ikuo Ashikawa, Yuzo Minobe, Nori Kurata and Takuji Sasaki
Physical Mapping of Rice Chromosome 1 with Yeast Artificial Chromosomes (YACs)
DNA Research (1996) 3(5): 291-296.
PMID:9039498

Yosuke Umehara, Nori Kurata, Ikuo Ashikawa and Takuji Sasaki
Yeast Artificial Chromosome Clones of Rice Chromosome 2 Ordered Using DNA Markers
DNA Research (1997) 4(2): 127-131.
PMID:9205839

Hiroshi Tanoue, Takanori Shimokawa, Jianzhong Wu, Norio Sue, Yosuke Umehara, Ikuo Ashikawa, Nori Kurata and Takuji Sasaki
Ordered YAC Clone Contigs Assigned to Rice Chromosomes 3 and 11
DNA Research (1997) 4(2): 133-140.
PMID:9205840

Kazuhiro Koike, Katsuhiko Yoshino, Norio Sue, Yosuke Umehara, Ikuo Ashikawa, Nori Kurata and Takuji Sasaki
Physical Mapping of Rice Chromosomes 4 and 7 Using YAC Clones
DNA Research (1997) 4(1): 27-33.
PMID:9179493

Shoko Saji, Yosuke Umehara, Nori Kurata, Ikuo Ashikawa and Takuji Sasaki
Construction of YAC Contigs on Rice Chromosome 5
DNA Research (1996) 3(5): 297-302.
PMID:9039499

Y Umehara, H Tanoue, N Kurata, I Ashikawa, Y Minobe, and T Sasaki
An ordered yeast artificial chromosome library covering over half of rice chromosome 6
Genome Research (1996) 6(10): 935-942.
PMID:8908512

Baltazar A. Antonio, Makiko Emoto, Jianzhong Wu, Ikuo Ashikawa, Yosuke Umehara, Nori Kurata and Takuji Sasaki
Physical mapping of rice chromosomes 8 and 9 with YAC clones
DNA Research (1996) 3(6): 393-400.
PMID:9097041

Takanori Shimokawa, Nori Kurata, Jianzhong Wu, Yosuke Umehara, Ikuo Ashikawa and Takuji Sasaki
Assignment of YAC Clones Spanning Rice Chromosomes 10 and 12
DNA Research (1996) 3(6): 401-406.
PMID:9097042
トップに戻る

6. 連絡先

「RGP physicalmap」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人　農業生物資源研究所
松本隆
E-mail: mat[at]affrc[dot]go[dot]jp
片寄裕一
E-mail: katayose[at]affrc[dot]go[dot]jp

トップに戻る