RGP gmap2000
2015/03/10Web Site: http://rgp.dna.affrc.go.jp/E/publicdata/geneticmap2000/index.html
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/rgp-gmap2000/
イネの高密度連鎖地図（2000年版）作成に使用されたRFLPマーカーのデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「RGP gmap2000」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 高密度連鎖地図情報
| データ名 | 高密度連鎖地図情報 |
| データ内容の説明 | イネRFLP(制限酵素断片長多型)高密度連鎖地図情報。 |
| データファイル | rgp_gmap2000_main.zip (30.0 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Chrom. No. | 染色体番号 |
| Floating marker | フローティングマーカー。 「F」は遺伝子座分離データが異なる位置のデータといかなる組換えも示さなかったことを表す。 「F」が表示されている場合、最小位置はPositionカラム、最大位置はMaxカラムで表示される。 |
| Position | 短腕末端からの遺伝子座の遺伝的距離。 Floating markerカラムが「F」の場合は最小位置を示す。 |
| Max | Floating markerカラムが「F」の場合は最大位置を示す。 |
| Marker name | マーカー名：マーカー名をlocus nameとして使用しており、「DNAマーカー詳細情報」の「Real name」と同じ |
| Accession 5'_1 | プローブとして使用した挿入断片である 5'末端のDDBJシーケンスアクセッション番号 |
| Accession 5'_2 |
5'末端に２個のアクセッション番号がある場合の、もう一つのDDBJアクセッション番号 |
| Accession 3' | 3'末端のDDBJシーケンスアクセッション番号 |
2.3 DNAマーカー詳細情報
| データ名 | DNAマーカー詳細情報 |
| データ内容の説明 | イネ連鎖地図作成に使用したDNAマーカーの詳細情報。 |
| データファイル | rgp_gmap2000_marker.zip (46.7 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Chrom. No. | 染色体番号 |
| Locus name | ローカス名 |
| Real name | 複数箇所の多型が検出された場合に、本来の配列情報に一致するマーカーのローカス名を「Real name」とした。 「高密度連鎖地図情報」の「Marker name」に同じ。 |
| Restriction enzyme | NipponbareとKasalath間の多型を検出する制限酵素名 |
| Nipponbare band size (kb) | Nipponbareのサザンバンドサイズ |
| Kasalath band size (kb) | Kasalathのサザンバンドサイズ |
| Probe size (kb) | プローブのサイズ |
| Vector | クローニングベクター |
| Cloning site | クローニング部位 |
| Special primers or restriction enzymes for NotI-linking clone | NotI-linkingマーカーのための特別なプライマーや制限酵素 |
| Primer sequence 1 | マーカーのプライマー配列1 |
| Primer sequence 2 | マーカーのプライマー配列2 |
| PCR protocol | マーカーのPCRプロトコル |
| Image file name | 親サザン画像ファイル名 |
3. 本データベースの利用許諾
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、
”RGP: The Latest High-Density Rice Genetic Map, Including 3267 Markers © 農業生物資源研究所 licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、
利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
こちらです。
具体的な許諾条項は
こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
松本隆
E-mail: mat[at]affrc[dot]go[dot]jp
片寄裕一
E-mail: katayose[at]affrc[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2015/03/10 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2013/04/01 | RGP: The Latest High-Density Rice Genetic Map, Including 3267 Markers (http://rgp.dna.affrc.go.jp/E/publicdata/geneticmap2000/index.html) に移転 |
| 2000/11/30 | RGP: The Latest High-Density Rice Genetic Map, Including 3267 Markers (http://rgp.dna.affrc.go.jp/publicdata/geneticmap2000/index.html) で公開開始 |
5. 参考文献
-6. 連絡先
「RGP gmap2000」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
松本隆
E-mail: mat[at]affrc[dot]go[dot]jp
片寄裕一
E-mail: katayose[at]affrc[dot]go[dot]jp