RGP estmap2001
2015/04/02Web Site: http://rgp.dna.affrc.go.jp/E/publicdata/estmap2001/index.html
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/rgp-estmap2001/
YACベースのイネ転写産物地図作成に使用されたEST部位情報のデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「RGP estmap2001」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 イネESTマッピング結果の統計情報
| データ名 | イネESTマッピング結果の統計情報 |
| データ内容の説明 | 各染色体ごとのイネESTマッピング結果の概要。 地図は、6421のユニークな配列から設計された6591個のEST部位を有する364個のYACコンティグを含む、2782個のYACクローンで構成され、イネのゲノムの80.8%をカバーしています。 |
| データファイル | rgp_estmap2001_main.zip (597 B) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Chrom. No. | 染色体番号 (UN: Chromosome unknown) |
| YAC Clones | YACクローンの数 |
| YAC Contigs | YACコンティグの数 |
| Total Length of YAC Contigs (Mb) | YACコンティグの全長 (Mb) |
| Coverage (%) | カバー率 「YACコンティグの全長(Mb)/（染色体の遺伝子長(cM) X 430(Mb)/1,530.4(cM)） X 100」で算出。 |
| EST Sites | EST部位の数 |
| Ave EST Density (EST/100 kb) | 平均EST密度 (EST/100 kb)。 「EST数/YACコンティグの全長」で算出。 |
| Contig Image File | 染色体分布図の画像ファイル名 |
2.3 イネESTマッピング結果の詳細情報
| データ名 | イネESTマッピング結果の詳細情報 |
| データ内容の説明 | 特異的クローンのESTプライマーを使用したPCRベースのYACスクリーニングの詳細結果。 |
| データファイル | rgp_estmap2001_detail.zip (242 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Anchor | YACのランディングに使用される遺伝子マーカー |
| Chrom. No. | 染色体番号 |
| Position (cM) | 前のマーカーとの遺伝的距離 (cM) |
| EST Clone | ESTクローン (部位) 名 |
| DDBJ Acc FW | ESTクローン (正方向配列) のDDBJアクセション番号 |
| DDBJ Acc RV | ESTクローン (逆方向配列) のDDBJアクセション番号 |
| Positive YACs | ポジティブYAC名 |
| PCR Primer | PCRプライマー名 |
| Amplified Band Size | 増幅PCRバンドサイズ (kb) |
| Ann T | アニーリング温度 (℃) |
| 5'-Primer Sequence | プライマー配列 (5'プライマー、20塩基) |
| 3'-Primer Sequence | プライマー配列 (3'プライマー、20塩基) |
| Map Image File | イネ転写産物地図の画像ファイル名 |
2.4 イネ転写産物地図
| データ名 | イネ転写産物地図 |
| データ内容の説明 | 6591のEST部位を含むYACベースのイネ転写産物地図画像。 |
| データファイル | rgp_estmap2001_map_image.zip (4.9 MB) |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2015/04/02
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、
”RGP : A YAC-Based Rice Transcript Map Containing 6591 EST Sites © 農業生物資源研究所 licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、
利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
こちらです。
具体的な許諾条項は
こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
松本隆
E-mail: mat[at]affrc[dot]go[dot]jp
片寄裕一
E-mail: katayose[at]affrc[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2015/04/02 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2013/04/01 | RGP : A YAC-Based Rice Transcript Map Containing 6591 EST Sites (http://rgp.dna.affrc.go.jp/E/publicdata/estmap2001/index.html) に移転 |
| 2002/02/16 | RGP : A YAC-Based Rice Transcript Map Containing 6591 EST Sites (http://rgp.dna.affrc.go.jp/publicdata/estmap2001/index.html) で公開開始 |
5. 参考文献
Wu J, Maehara T, Shimokawa T, Yamamoto S, Harada C, Takazaki Y, Ono N, Mukai Y, Koike K, Yazaki J, Fujii F, Shomura A, Ando T, Kono I, Waki K, Yamamoto K, Yano M, Matsumoto T, Sasaki T.A comprehensive rice transcript map containing 6591 expressed sequence tag sites.
The Plant Cell / 2002 Mar / 14(3):525-535
PMID:11910001
6. 連絡先
「RGP estmap2001」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
松本隆
E-mail: mat[at]affrc[dot]go[dot]jp
片寄裕一
E-mail: katayose[at]affrc[dot]go[dot]jp