RGP caps
2015/05/12Web Site: http://rgp.dna.affrc.go.jp/E/publicdata/caps/index.html
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/rgp-caps/
イネの多型検出のために開発されたDNAマーカー（STSマーカーおよびCAPSマーカー）のデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「RGP caps」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 染色体毎のマーカー情報
| データ名 | 染色体毎のマーカー情報 |
| データ内容の説明 | 染色体毎のSTSマーカー、CAPSマーカー情報 |
| データファイル | rgp_caps_main.zip (18.5 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Chrom. No. | 染色体番号 |
| Position in a YAC physical map (cM) | YAC（酵母人工染色体）物理地図上の位置（遺伝的距離、cM） |
| Marker name | マーカー名 |
| Type of marker | マーカーのタイプ。 日本晴とKasalath間の多型は「STS」「CAPS」「dCAPS」のいずれかによる。 「NP」は、日本晴とKasalath間で多型が検出できなかったことを示す。 |
| Enzyme | マーカータイプが「CAPS」または「dCAPS」の場合に、日本晴とKasalathとの間で多型を検出する制限酵素。「STS」マーカーでは、制限酵素切断は不要。 |
| Amplified band size (bp) | 日本晴の増幅バンドのサイズ (bp) |
| 5' primer sequence | 5'プライマー配列 |
| 3' primer sequence | 3'プライマー配列 |
| Mapping population | マッピング集団 |
| Position | 各マーカーの染色体上の位置は、以前に報告された連鎖地図上 (Harushima et al. 1998 Genetices 148: 479-494, Lin et al.1998 Theor Appl Genet 96: 997-1003)の、同時分離するRFLPマーカーか、隣接するRFLPマーカーの間隔のどちらかによって示されている。 |
| Comment | コメント |
| Image file name 1 | ゲル電気泳動画像ファイル名 1 |
| Image file name 2 | ゲル電気泳動画像ファイル名 2 |
| Image file name 3 | ゲル電気泳動画像ファイル名 3 |
| Image file name 4 | ゲル電気泳動画像ファイル名 4 |
2.4 ゲル電気泳動画像
| データ名 | ゲル電気泳動画像 |
| データ内容の説明 | マーカー毎のゲル電気泳動画像と詳細情報 |
| データファイル | rgp_caps_electrophoresis_image.zip (28.7 MB) |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2015/05/12
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、
”RGP: 332 PCR-based genetic markers on rice chromosomes © 農業生物資源研究所 licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、
利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
こちらです。
具体的な許諾条項は
こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
松本隆
E-mail: mat[at]affrc[dot]go[dot]jp
片寄裕一
E-mail: katayose[at]affrc[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2015/05/12 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2013/04/01 | RGP: 332 PCR-based genetic markers on rice chromosomes (http://rgp.dna.affrc.go.jp/E/publicdata/caps/index.html) に移転 |
| 2002/02/10 | RGP: 332 PCR-based genetic markers on rice chromosomes (http://rgp.dna.affrc.go.jp/publicdata/caps/index.html) で公開開始 |
5. 参考文献
-6. 連絡先
「RGP caps」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
松本隆
E-mail: mat[at]affrc[dot]go[dot]jp
片寄裕一
E-mail: katayose[at]affrc[dot]go[dot]jp