RefEx

2020/03/31

Web Site: https://refex.dbcls.jp/index.php?lang=ja
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/refex/


4種類の測定方法による各組織における遺伝子発現状況の数値データのデータベース。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. データ間関係マトリックス
  3. 遺伝子発現データ
  4. 組織特異的発現データ
  5. ID対応表
  6. 組織10/40分類表
  7. サンプルアノテーション情報
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「RefEx」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 データ間関係マトリックス

データ名 データ間関係マトリックス
データ内容の説明

異なる種類のデータの間の関係を表すテーブル。
データファイル refex_data_relationship_matrix.zip (1 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
生物種 実験対象の生物種名。
実験手法 発現データ取得に用いた実験手法。
ID種別 IDの種類。
遺伝子発現データ（組織10分類） 10分類の組織における発現データ。
遺伝子発現データ（組織10分類）DOI 10分類の組織における発現データのDOI。
遺伝子発現データ（組織40分類） 40分類の組織における発現データ。
遺伝子発現データ（組織40分類）DOI 40分類の組織における発現データのDOI。
遺伝子発現データ（FANTOM5 CAGE） FANTOM5で集められたCAGEデータ。
遺伝子発現データ（FANTOM5 CAGE）DOI FANTOM5で集められたCAGEデータのDOI。
組織分類表 各組織の分類表。
組織分類表DOI 各組織の分類表のDOI。
サンプルアノテーション サンプルアノテーション情報。
サンプルアノテーションDOI サンプルアノテーション情報のDOI。
組織特異的発現解析結果（ROKU） ROKU法による組織特異的発現解析の結果。
組織特異的発現解析結果（ROKU）DOI ROKU法による組織特異的発現解析の結果のDOI。
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2.3 遺伝子発現データ

データ名 遺伝子発現データ
データ内容の説明

EST, GeneChip, CAGE, RNA-seqの4種類の手法で測定された遺伝子発現データ。データ名は、原則として実験手法と組織分類等により以下のように決められている。
RefEx_expression_(実験手法)(組織分類数)_(生物種)
例：RefEx_expression_EST10_human など

ただし、CAGE法によるデータの一部は、以下のような名前になっている。
RefEx_expression_CAGE_all_(生物種)
例：RefEx_expression_CAGE_all_human など
データファイル refex_expression01_cage10_human_prjdb1099.zip (908 KB)
refex_expression02_cage40_human_prjdb1099.zip (2.5 MB)
refex_expression03_cage_all_human_prjdb1099.zip (40.5 MB)
refex_expression04_cage_all_mouse_prjdb1100.zip (21.2 MB)
refex_expression05_est10_human.zip (597 KB)
refex_expression06_est10_mouse.zip (592 KB)
refex_expression07_est10_rat.zip (421 KB)
refex_expression08_est40_human.zip (1.2 MB)
refex_expression09_est40_mouse.zip (1.1 MB)
refex_expression10_est40_rat.zip (550 KB)
refex_expression11_genechip10_human_gse7307.zip (1.1 MB)
refex_expression12_genechip10_mouse_gse10246.zip (898 KB)
refex_expression13_genechip10_rat_gse952.zip (143 KB)
refex_expression14_genechip40_human_gse7307.zip (10.6 MB)
refex_expression15_genechip40_mouse_gse10246.zip (2.8 MB)
refex_expression16_genechip40_rat_gse952.zip (326 KB)
refex_expression17_rnaseq10_human_prjeb2445.zip (1.9 MB)
refex_expression18_rnaseq10_mouse_prjna30467.zip (307 KB)
refex_expression19_rnaseq40_human_prjeb2445.zip (3.2 MB)
refex_expression20_rnaseq40_mouse_prjna30467.zip (344 KB)
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2.4 組織特異的発現データ

データ名 組織特異的発現データ
データ内容の説明

ROKU法によって計算した、組織特異的発現のデータ。
データファイル refex_tissue_specific01_genechip_human_gse7307.zip (560 KB)
refex_tissue_specific02_genechip_mouse_gse10246.zip (485 KB)
refex_tissue_specific03_genechip_rat_gse952.zip (97 KB)
refex_tissue_specific04_rnaseq_human_prjeb2445.zip (462 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ID GeneChipのデータを用いた場合は、Affymetrix社のProbe set ID。RNA-Seqのデータを用いた場合は、NCBIのRefSeqにおけるID。
score エントロピーのスコア。低いほど組織特異性が高い。
v（RefExにおける組織分類ID）_(組織名) 各組織について、1：特異的高発現、-1：特異的低発現、0：その他
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2.5 ID対応表

データ名 ID対応表
データ内容の説明

遺伝子IDの対応表。
データファイル refex_id_relation_human.zip (388 KB)
refex_id_relation_mouse.zip (406 KB)
refex_id_relation_rat.zip (167 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
NCBI_GeneID NCBI Entrez Gene ID
NCBI_UnigeneID NCBI Unigene ID
NCBI_RefSeqID NCBI RefSeq ID
Affymetrix_probesetID Affymetrix probeset ID
organism 生物種名
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2.6 組織10/40分類表

データ名 組織10/40分類表
データ内容の説明

RefExで用いている組織分類の一覧。
サンプルIDの項目については、GeneChipのデータではGSM_#が、RNA-SeqデータではSINGLE, PAIREDが記載されている。
データファイル refex_10_40_classifications01_genechip_human_gse7307.zip (3 KB)
refex_10_40_classifications02_genechip_mouse_gse10246.zip (1 KB)
refex_10_40_classifications03_genechip_rat_gse952.zip (1 KB)
refex_10_40_classifications04_rnaseq_human_prjeb2445.zip (1 KB)
refex_10_40_classifications05_rnaseq_mouse_prjna30467.zip (1 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Description (RefEx refined) 組織の名前
10 groups 組織10分類における各組織のID
40 groups 組織40分類における各組織のID
GSM_# 各組織のデータの算出に用いたサンプルのID。複数あるものはすべて記載している。
SINGLE シングルエンドRNA-Seqのデータ
PAIRED ペアエンドRNA-Seqのデータ
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2.7 サンプルアノテーション情報

データ名 サンプルアノテーション情報
データ内容の説明

各プロジェクトが提供しているサンプルアノテーション情報。
CAGEデータとGeneChipデータとで項目が異なる。
データファイル refex_sample_ann01_cage_human_prjdb1099 (27 KB)
refex_sample_ann02_cage_mouse_prjdb1100 (11 KB)
refex_sample_ann03_genechip_mouse_gse10246 (3 KB)
refex_sample_ann04_genechip_rat_gse952 (2 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
CAGEによるデータ
FANTOM5 Original Order FANTOM5における順序
Alphabetical Uniq Order by developmental, primary cells アルファベット順による順序
RefEx Tissue Class10 組織を10分類したときの各組織のID
RefEx Tissue Class40 組織を40分類したときの各組織のID
Cell Class 細胞の実験的性質に関する分類
Tissue Class 組織の実験的性質に関する分類
Description (RefEx refined) RefExでのサンプルの補足情報
FANTOM5 URL FANTOM5のサンプル情報ページへのURL
Description (FANTOM5) FANTOM5でのサンプルの補足情報
GeneChipによるデータ
Accession サンプルのGEO accesson
Title サンプルの名称
Sample Type サンプルの種別
Taxonomy 生物種名
Channels マイクロアレイで用いた蛍光色素の種類数
Platform 実験プラットフォームのGEO accession
Series サンプルの属するシリーズのGEO accession
Supplementary Types 入手可能な生データのファイル形式
Supplementary Links 生データファイルへのURL
SRA Accession SRA accession
Contact データについての連絡先
Release Date データの公開日
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2020/03/31

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”RefEx c DBCLS licensed under CC表示4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

https://dbcls.rois.ac.jp/contact

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2020/03/31 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2014/04/01 RefEx(https://refex.dbcls.jp/index.php?lang=ja)で公開開始
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5. 参考文献

Ono H, Ogasawara O, Okubo K, Bono H
RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes
Scientific data/Aug 2017/vol. 4 170105
PMID: 28850115

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6. 連絡先

「RefEx」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

https://dbcls.rois.ac.jp/contact

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