RED II INAHO
2016/01/14Web Site: http://red.dna.affrc.go.jp/INAHO/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/redii-inaho/
60-merのオリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いてイネの遺伝子発現を分析したデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「RED II INAHO」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 プローブデータ
| データ名 | プローブデータ |
| データ内容の説明 | プローブの情報 |
| データファイル | redii_inaho_probe.zip (3.1 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Probe no | プローブ番号 |
| Probe ID | プローブID |
| TU ID | TU（Transcriptional Unit）のID |
| Microarray | Microarrayの名前 ・RED : RMOSデータベースで使用されるRice 9k Array ・ARRAY22K : KOMEデータベースで使用されるRice 22k Array |
| Accession | 遺伝子アクセッション番号 |
| 5'end Accession | 遺伝子アクセッション番号（プローブ 5'末端） |
| 3'end Accession | 遺伝子アクセッション番号（プローブ 3'末端） |
| Gene name | 遺伝子名 |
| Probe name | プローブ名 |
| Annotation | プローブのアノテーション |
| 5'probe sequence | プローブ配列（5'末端） |
| 3'probe sequence | プローブ配列（3'末端） |
2.3 実験情報
| データ名 | 実験情報 |
| データ内容の説明 | サンプル組み合わせを含む実験の概要 |
| データファイル | redii_inaho_experiment.zip (22.7 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Experiment no | 実験番号 |
| Experiment ID | Research ID, Round, Control IDデータのGroup no, Target IDデータのGroup noを '_' でつなげた文字列 |
| Microarray | Microarrayの名前 ・RED : RMOSデータベースで使用されるRice 9k Array ・ARRAY22K : KOMEデータベースで使用されるRice 22k Array |
| Control ID | コントロール・データredii_inaho_sampleテーブルの「Sample ID」に対応 |
| Target ID | ターゲット・データredii_inaho_sampleテーブルの「Sample ID」に対応 |
| Control dye | コントロール色素 |
| Target dye | ターゲット色素 |
| Experimenter | ユーザ名 |
| Institute | 組織 |
| Experimental category1 | 実験カテゴリー 1 |
| Experimental category2 | 実験カテゴリー 2 |
| Experimental category3 | 実験カテゴリー 3 |
| Experimental category4 | 実験カテゴリー 4 |
| Keyword | 実験キーワード |
| Method | メソッド |
| Experiment Date 1 | 実験日 1 |
| Glass ID 1 | アレイglassのID 1 |
| Glass Production Date 1 | アレイglassの製作日 1 |
| Spotter No 1 | スポット番号 1 |
| Pen Set ID 1 | PenセットID 1 |
| Glass Batch ID 1 | アレイglassのバッチ 1 |
| Experiment Date 2 | 実験日 2 |
| Glass ID 2 | アレイglassのID 2 |
| Glass Production Date 2 | アレイglassの製作日 2 |
| Spotter No 2 | スポット番号 2 |
| Pen Set ID 2 | PenセットID 2 |
| Glass Batch ID 2 | アレイglassのバッチ 2 |
2.4 サンプル情報
| データ名 | サンプル情報 |
| データ内容の説明 | コントロール検体またはターゲット検体として使用されたサンプルの情報 |
| データファイル | redii_inaho_sample.zip (11.4 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Sample ID | サンプルID |
| Microarray | Microarrayの名前 ・RED : RMOSデータベースで使用されるRice 9k Array ・ARRAY22K : KOMEデータベースで使用されるRice 22k Array |
| Experiment ID | オリジナルの実験IDResearch ID, Round, Group noを '_' でつなげた文字列 |
| Organism | 生物種 |
| Subspecies | 亜種 |
| Cultivar | 栽培品種 |
| Developmental Stage | 発生段階 |
| Tissue | 組織 |
| Mutant | 変異体 |
| Transgenic | トランスジェニック |
2.5 発現データ
| データ名 | 発現データ |
| データ内容の説明 | 実験で得られた正規化発現データ |
| データファイル | redii_inaho_expression.zip (101 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Microarray | Microarrayの名前 ・RED : RMOSデータベースで使用されるRice 9k Array ・ARRAY22K : KOMEデータベースで使用されるRice 22k Array |
| Experiment no | 実験番号 |
| Spot ID | スポットID |
| Probe no | プローブ番号 |
| Probe name | プローブ名 |
| Expression value | 発現値（log比率） |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2016/01/14
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Rice Expression Database II INAHO © 菊池 尚志(農業生物資源研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。
本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所 作物ゲノム研究ユニット 菊池 尚志
E-mail: skikuchi[at]nias[dot]affrc[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2016/01/14 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2009/04/01 | Rice Expression Database II INAHO (http://red.dna.affrc.go.jp/INAHO/) で公開開始 |
5. 参考文献
-6. 連絡先
「RED II INAHO」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所 作物ゲノム研究ユニット
菊池 尚志
E-mail: skikuchi[at]nias[dot]affrc[dot]go[dot]jp