RA target genes in the Ciona embryo

2010/04/23

WebSite: RA target genes in the Ciona embryo
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/ra_target_gene

カタユウレイボヤ EST 解析に用いた卵割期・尾芽胚・幼生のライブラリーから、重複のない 9287 クローンの cDNA を載せたマイクロアレイを作製した。このアレイを用いて、 ホヤ胚におけるレチノイン酸標的遺伝子のスクリーニングを行い多くの新規遺伝子を含む標的遺伝子候補を同定し、 それらについて in situ による発現解析を行った。 本データベースはこれらの結果をまとめたデータベースである

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. マイクロアレイとin situ hybridizationによる発現解析
  3. Whole mount in situ hybridization法 による発現解析結果の顕微鏡画像
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「RA target genes in the Ciona embryo」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 マイクロアレイとin situ hybridizationによる発現解析

データ名 マイクロアレイとin situ hybridizationによる発現解析
データ内容の説明 4回のマイクロアレイ実験から得られたデータと、マイクロアレイ実験によりスクリーニングされたレチノイン酸標的遺伝子のWhole mount in situ hybridization法による発現解析結果。 マイクロアレイ実験結果については、TogoDB版(簡易検索)では、要約のみを掲載する。 各アレイの蛍光強度などのデータの詳細については、ダウンロードデータのExcelファイルにまとめられている。
データファイル 概要版: ra_target_gene.zip (177KB)
オリジナルファイル(Excel形式): RA.zip (3.67MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Order リストの通し番号 (Geometrical avg.の数値の高い順)
Block マイクロアレイ上のブロック番号
Column マイクロアレイ上のブロック内での列番号
Row マイクロアレイ上のブロック内での行番号
Cluster ID (Link to Ghost DB) クラスターID (Ghost Databaseに由来、リンク)
EST sequence similarities (BLASTX results) 当該EST配列のBLASTX検索の結果、相同性のあった遺伝子の名称
Clone ID for microarray (From Ghost DB) クローンID (Ghost Databaseに由来)
Average RA:DMSO (Geometrical avg.) 4回のマイクロアレイ実験から得られたRA:DMSO (RA処理とDMSO処理のプローブそれぞれから得られた蛍光強度の比)の幾何平均
Average RA:DMSO (Arithmetic avg.) 4回のマイクロアレイ実験から得られたRA:DMSOの算術平均
Reproducibility of RA:DMSO マイクロアレイ実験の再現性のレベルを以下のA、B、Cで表現している。
A: 4回すべてのマイクロアレイ実験において、RA:DMSO>1.00となる
B: 3回のマイクロアレイ実験において、RA:DMSO>1.00となる
C: 2回のマイクロアレイ実験において、RA:DMSO>1.00となる
Cluster ID/Clone ID for ISH 以下のin situのデータ解析に用いたクローンが属すCluster ID又はClone ID
ISH -DMSO DMSO (dimethylsulfoxide)で処理した場合のWhole mount in situ hybridization法による発現解析結果の顕微鏡画像ファイル名。TogoDB版では、画像が表示される。
ISH -RA RA (retinoic acid)で処理した場合のWhole mount in situ hybridization法による発現解析結果の顕微鏡画像ファイル名。TogoDB版では、画像が表示される。

2.3  Whole mount in situ hybridization法 による発現解析結果の顕微鏡画像

データ名 Whole mount in situ hybridization法 による発現解析結果の顕微鏡画像
データ内容の説明 マイクロアレイ実験によってスクリーニングされたレチノイン酸標的遺伝子のWhole mount in situ hybridization法 による発現解析結果の顕微鏡画像
データファイル ra_target_gene_insitu.zip (29.6MB)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2010/04/23

本データベースは、以下で定める標準利用許諾及び追加利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。 追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。

3.1 標準利用許諾

Creative Commons License

本データベースの標準利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”RA target genes in the Ciona embryo, Copyright© 2010 藤原 滋樹(高知大学) licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。

3.2 追加利用許諾

1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。

2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。

3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

〒780-8520
高知県 高知市曙町2-5-1
高知大学 理学部 応用理学科 細胞分子工学研究室
E-Mail: tatataa[at]kochi-u[dot]ac[dot]jp

3.3 本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2010/04/23 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2003/03 RA target genes in the Ciona embryo(http://www.cc.kochi-u.ac.jp/~tatataa/RA/RA-targets.html)で公開開始
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5. 参考文献

Ishibashi T, Nakazawa M, Ono H, Satoh N, Gojobori T, Fujiwara S.
Microarray analysis of embryonic retinoic acid target genes in the ascidian Ciona intestinalis.
Dev Growth Differ. 2003 Jun;45(3):249-59.
PMID: 12828686

6.連絡先

「RA target genes in the Ciona embryo」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒780-8520
高知県 高知市曙町2-5-1
高知大学 理学部 応用理学科 細胞分子工学研究室
E-Mail: tatataa[at]kochi-u[dot]ac[dot]jp

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