Q-TARO
2013/12/17Web Site: http://qtaro.abr.affrc.go.jp/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/qtaro/
文献から集めたイネのQTL情報のデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「Q-TARO」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 QTL情報
| データ名 | QTL情報 |
| データ内容の説明 | 代表的QTL情報です。代表的QTLは、463件の論文に由来する1051件のQTL情報から構成されています（2008年3月31日現在）。 |
| データファイル | qtaro_sjis.zip (89 KB) qtaro_utf8.zip (89 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| id | QTLのID番号 |
| QTL/Gene | QTLの名称 |
| Major category | 量的形質の主要カテゴリ |
| Category of object character | 形質のカテゴリ |
| Character | 形質 |
| Marker | マーカーの種別 |
| No. of marker for position determination | 位置決定に用いたマーカーの数 |
| Chr | 染色体の番号 |
| Genome start | ゲノム上のQTLの開始位置 |
| Genome end | ゲノム上のQTLの終了位置 |
| Mapping method | マッピング方法 |
| Population | 植物の母集団 |
| No. of plants | 植物の数 |
| LOD | ロッドスコア |
| Parent A | 親品種A |
| Parent B | 親品種B |
| Direction (Parent) | 方向 |
| a) Physical | 物理マッピングのマーカー |
| b) Fine1; interval | 微細マッピングの隣接マーカーA |
| b) Fine2; interval | 微細マッピングの隣接マーカーB |
| b) Fine3; co-segregated | 微細マッピングの近接マーカー |
| c) Interval1; interval | 区間マッピングの隣接マーカーA |
| c) Interval2; interval | 区間マッピングの隣接マーカーB |
| c) Interval3; co-segregated | 区間マッピングの近接マーカー |
| d) Co-segregated | 近接マーカー |
| Explained variance | 説明分散 |
| Additive effect | 相加効果 |
| Year | 由来する文献の年次 |
| Reference source | 文献検索方法 以下の3種の方法で検索している。 ・Jsa (Jstage) ・Pha (PubMed, HighWire) ・RGN (Rice Genetics Newsletter) |
| Reference no. | 由来する文献情報の整理番号 (Reference sourceごとに1から振った値) |
| Reference | 書誌 |
| Reference location | 文献のURL |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2013/12/13
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Q-TARO © 米丸 淳一 (農業生物資源研究所) licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台２－１－２
国立研究開発法人 農業生物資源研究所 イネゲノム育種研究ユニット
米丸 淳一
E-mail: yonemaru[at]affrc[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2013/12/13 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2013/12/17 | 統括サイトのURLを変更 |
| 2009/11/15 | Q-TARO (http://qtaro.abr.affrc.go.jp/) で公開開始 |
5. 参考文献
Jun-ichi Yonemaru, Toshio Yamamoto, Shuichi Fukuoka, Yusaku Uga, Kiyosumi Hori, Masahiro YanoQ-TARO: QTL Annotation Rice Online Database
Rice, September 2010, Volume 3, Issue 2-3, pp 194-203
6. 連絡先
「Q-TARO」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
米丸 淳一
E-mail: yonemaru[at]affrc[dot]go[dot]jp