PSCDB

2016/11/30

Web Site: http://idp1.force.cs.is.nagoya-u.ac.jp/pscdb/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/pscdb/

タンパク質の立体構造変化とリガンド結合の関係を表したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. PSCIDリスト
  3. タンパク質立体構造変化データ
  4. タンパク質立体構造画像
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「PSCDB」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 PSCIDリスト

データ名 PSCIDリスト
データ内容の説明

PSCIDと、各エントリの共通項目のリスト
データファイル pscdb_pscid_list.zip (24.4 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
PSCID データのID
Classification 6桁の数字からなる分類番号。各数字の意味は、左から以下の通りである。
  • 1. リガンド結合と共役したドメイン運動のコンポーネント数
  • 2. リガンド結合と独立なドメイン運動のコンポーネント数
  • 3. リガンド結合と共役したローカル運動のコンポーネント数
  • 4. リガンド結合と独立なローカル運動のコンポーネント数
  • 5. リガンドが埋没したドメイン数
  • 6. 表面にリガンド分子が結合したドメイン数
Protein name タンパク質名
FreeID リガンドと結合していない立体構造(PDB ID)
BoundID リガンド結合した立体構造(PDB ID)
Ligands リガンド名(PDB)
EC EC番号（酵素番号）
Distance 酵素活性部位(Catalytic Site Atlas(CSA))とリガンド結合部位の距離
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2.3 タンパク質立体構造変化データ

データ名 タンパク質立体構造変化データ
データ内容の説明

タンパク質の立体構造変化とリガンド結合の関係を表したデータ
データファイル pscdb.zip (45.6 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
PSCID データのID
Classification 6桁の数字からなる分類番号。各数字の意味は、左から以下の通りである。
  • 1. リガンド結合と共役したドメイン運動のコンポーネント数
  • 2. リガンド結合と独立なドメイン運動のコンポーネント数
  • 3. リガンド結合と共役したローカル運動のコンポーネント数
  • 4. リガンド結合と独立なローカル運動のコンポーネント数
  • 5. リガンドが埋没したドメイン数
  • 6. 表面にリガンド分子が結合したドメイン数
Protein name タンパク質名
FreeID リガンドと結合していない立体構造(PDB ID)
BoundID リガンド結合した立体構造(PDB ID)
Ligands リガンド名(PDB)
EC EC番号（酵素番号）
Distance 酵素活性部位(Catalytic Site Atlas(CSA))とリガンド結合部位の距離
Component No 運動のコンポーネント番号
Type of motion 運動の種類
Ligand binding リガンド結合の種類
Type of coupled motion リガンド結合と共役した運動の種類
Order-disorder transition ディスオーダー領域の有無（"Yes"または空白）
RMSD ドメイン運動の平均二乗平方根変位量
Mean displacement ローカル運動の平均変位量
C.C. 線形応答理論によって予測された変位ベクトルと、結晶構造で実際に観測された変位ベクトルとの相関係数
Crystal packing 結晶場の影響により誘起された運動の有無（"Coupled"または空白）
Fixed segment 固定した運動部位
Moving segment 可動する運動部位
Disorder ディスオーダー残基数
Helix/coil ヘリックス／コイル転移する残基数
Open state 結晶場の影響による開閉運動の区分
H-bonds/ligand リガンド埋没運動に分類されたタンパク質とリガンドの水素結合の数
H-bonds/water リガンド埋没運動に分類されたタンパク質と水分子の水素結合の数
H-bonds/protein リガンド埋没運動に分類されたタンパク質の水素結合の数
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2.4 タンパク質立体構造画像

データ名 タンパク質立体構造画像
データ内容の説明

PyMOLを使って作成したタンパク質立体構造の画像データ
データファイル pscdb_image.zip (96.4 MB)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2016/11/30

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”PSCDB © 雨宮 崇之 (産業技術総合研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
産業技術総合研究所　創薬分子プロファイリング研究センター
雨宮 崇之
E-mail: pscdb-admin[at]force[dot]cs[dot]is[dot]nagoya-u[dot]ac[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2016/11/30 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2011/11/13 PSCDB (http://idp1.force.cs.is.nagoya-u.ac.jp/pscdb/)で公開開始
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5. 参考文献

T. Amemiya, R. Koike, A. Kidera, and M. Ota.
PSCDB: a database for protein structural change upon ligand binding.
2012, Nucleic Acids Res., 40, D554-D558.
PMID: 22080505

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6. 連絡先

「PSCDB」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

産業技術総合研究所　創薬分子プロファイリング研究センター
雨宮 崇之
E-mail: pscdb-admin[at]force[dot]cs[dot]is[dot]nagoya-u[dot]ac[dot]jp

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