PLACE

2016/08/22

Web Site: PLACE
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/place/

高等植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域の塩基配列モチーフを論文から収集し、解説等を付加したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. Main
  3. Reference
  4. Raw Data (ASCII format)
  5. Raw Data (Signal scan format)
  6. Raw Data (FASTA format)
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「PLACE」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 Main

データ名 Main
データ内容の説明 塩基配列情報。一つの塩基配列情報 (Main) に対して、一つ以上の文献情報 (Reference) が存在する。
データファイル place_main.zip (48.9 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Identifier 識別子
Accession number アクセッション番号
Date (operation) author 日付 (操作) 作成者
Description 説明 (制御、遺伝子、トランス作用因子など)
Keywords キーワード
Species 生物種
Sequence シスエレメントの配列

シスエレメントの配列には、A、G、C、T を表すために以下の記号を使用している (Mar. 31, 1997) 。

B: C, G or T
D: A, G or T
H: A, C or T
K: G or T
M: A or C
N: A, C, G or T
R: A or G
S: C or G
V: A, C or G
W: A or T
Y: C or T

2.3 Reference

データ名 Reference
データ内容の説明 文献情報。一つの塩基配列情報 (Main) に対して、一つ以上の文献情報 (Reference) が存在する。
データファイル place_reference.zip (52.5 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Identifier 識別子
Authors 作成者
Title タイトル
Literature data 文献データ
Criteria 分類基準 (DNase I フットプリント法 / 化学修飾 / ゲル遅延アッセイ / 相同性 / その他)
PubMed PubMed ID
GenBank DDBJ/EMBL/GenBank アクセッション番号

2.4 Raw Data (ASCII format)

データ名 Raw Data (ASCII format)
データ内容の説明 各シスエレメントの簡単な説明が含まれている、EMBL-likeフォーマットの文書。
データファイル place.seq.zip (110 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
ID 識別子
AC アクセッション番号
DT 日付 (操作) 作成者
DE 説明 (制御、遺伝子、トランス作用因子など)
KW キーワード
OS 生物種
RA 作成者
RT タイトル
RL 文献データ
RC 分類基準 (DNase I フットプリント法 / 化学修飾 / ゲル遅延アッセイ / 相同性 / その他)
RD 外部データベース (MEDLINE番号、または、DDBJ/EMBL/GenBank アクセッション番号)
SQ シスエレメントの配列

シスエレメントの配列には、A、G、C、T を表すために以下の記号を使用している (Mar. 31, 1997) 。

B: C, G or T
D: A, G or T
H: A, C or T
K: G or T
M: A or C
N: A, C, G or T
R: A or G
S: C or G
V: A, C or G
W: A or T
Y: C or T
XX データ種別の区切り

2.5 Raw Data (Signal scan format)

データ名 Raw Data (Signal scan format)
データ内容の説明 各シスエレメントの簡単な説明が含まれている、Signal scanフォーマットのデータ。
データファイル place.dat.zip (7.4 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Old data ID 旧データでの識別子 (r01.1以前 : 識別子、r02.0以降 : "unknown")
ID 識別子(r01.1以前 : 名前、r02.0以降 : 識別子)
Sequence シスエレメントの配列

シスエレメントの配列には、A、G、C、T を表すために以下の記号を使用している (Mar. 31, 1997) 。

B: C, G or T
D: A, G or T
H: A, C or T
K: G or T
M: A or C
N: A, C, G or T
R: A or G
S: C or G
V: A, C or G
W: A or T
Y: C or T
Sequence length シスエレメントの配列長
Accession number アクセッション番号

2.6 Raw Data (FASTA format)

データ名 Raw Data (FASTA format)
データ内容の説明 各シスエレメントの簡単な説明が含まれている、FASTAフォーマットのデータ。
データファイル place.fasta.zip (36.3 KB)

データファイルの内容は以下の通りです。

シスエレメントの配列には、A、G、C、T を表すために以下の記号を使用している (Mar. 31, 1997) 。

B: C, G or T
D: A, G or T
H: A, C or T
K: G or T
M: A or C
N: A, C, G or T
R: A or G
S: C or G
V: A, C or G
W: A or T
Y: C or T
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2016/08/22

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”PLACE © 農業生物資源研究所 licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台２－１－２
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
E-mail: bi[at]ml[dot]affrc[dot]go[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2016/08/22 連絡先を変更
2014/07/17 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
1997/03/31 PLACE (http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/)で公開開始
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5. 参考文献

Kenichi Higo*, Yoshihiro Ugawa and Masao Iwamoto
PLACE: A database on plant cis-acting regulatory DNA elements (A preliminary report)
第5回国際植物分子生物学会, 1997, Abst. #891

肥後健一、鵜川義弘、岩本政雄
植物遺伝子の発現制御シスエレメント モチーフのデータベース（PLACE）構築
第20回日本分子生物学会 講演要旨集, 1997, pp.666 / 生物資源研究成果情報, 1999.07.31, No.8, Page7-8

Kenichi Higo*, Yoshihiro Ugawa, Masao Iwamoto and Hiromi Higo
PLACE: a database of plant cis-acting regulatory DNA elements
Nucleic Acids Research, 1998, Vol.26, No.1 :358-359
PMID: 9399873

Kenichi Higo*, Yoshihiro Ugawa, Masao Iwamoto and Tomoko Korenaga
Plant cis-acting regulatory DNA elements (PLACE) database: 1999
Nucleic Acids Research, 1999, Vol.27, No.1 :297-300
PMID: 9847208

6. 連絡先

「PLACE」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台２－１－２
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
E-mail: bi[at]ml[dot]affrc[dot]go[dot]jp

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