Plabrain DB

2010/12/16

FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/plabrain-db

プラナリアの神経回路形成に関わる遺伝子群の単一細胞での発現情報と、Whole-mount in situ hybridizationおよび組織免疫染色による画像データを収録したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. FACS-based single-cell PCRデータ
  3. PCRデータをマップしたFACSプロファイル画像
  4. in situ hybridizationと組織免疫染色の顕微鏡画像リスト
  5. in situ hybridizationと組織免疫染色の顕微鏡画像ファイル
トップに戻る

2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Plabrain DB」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
トップに戻る

2.2 FACS-based single-cell PCRデータ

データ名 FACS-based single-cell PCRデータ
データ内容の説明 FACS-based single-cell PCRを用いた細胞ごとの遺伝子発現パターン。 各遺伝子を発現している細胞を表す"+"のパターンから、同じ神経系で発現していることが知られる遺伝子であっても、単一ニューロンでは発現パターンに違いがあることが分かる。 データには同情報をFACSプロファイル上にマップした結果の画像ファイル名も含まれる。 画像ファイル自体は 「PCRデータをマップしたFACSプロファイル画像」のデータファイルから一括ダウンロードが可能である。
データファイル planaria_fbsc_pcr.zip (1KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Gene name (Link to Image list) 遺伝子名。簡易検索では画像リストへの内部リンク。
Single-cell PCR data (+ describes cells expressing the gene.) 全神経発現マーカーEF1と各遺伝子を発現する細胞を"+"で示す。
Mapping on FACS profile FACS プロファイル画像のファイル名。DNA量 (縦軸 Hoechst33342)と細胞サイズ (横軸 CalceinAM)によりcell sortingをしたFACSプロファイルに、PCRデータをマップしている("+"の細胞を青色のドットで表している)。簡易検索では"FACS Profile"ボタンを押すと、画像が表示される。
トップに戻る

2.3 PCRデータをマップしたFACSプロファイル画像

データ名 PCRデータをマップしたFACSプロファイル画像
データ内容の説明 DNA量 (縦軸 Hoechst33342)と細胞サイズ (横軸 CalceinAM)によりcell sortingをしたFACSプロファイルに、FACS-based single-cell PCRデータをマップした画像ファイル。 各遺伝子を発現する細胞を青色のドットで表している。 個々の画像は「FACS-based single-cell PCRデータ」の簡易検索の"FACS Profile"ボタンから閲覧できる。
データファイル planaria_facs_profile.zip (107KB)

2.4 in situ hybridizationと組織免疫染色の顕微鏡画像リスト

データ名 in situ hybridizationと組織免疫染色の顕微鏡画像リスト
データ内容の説明 プラナリア成体のWhole-mount in situ hybridizationによる遺伝子の発現部位の画像、および頭部の再生段階ごとの組織免疫染色による蛋白質の局在画像の一覧。 画像ファイル自体は「in situ hybridizationと組織免疫染色の顕微鏡画像ファイル」のデータファイルから一括ダウンロードが可能である。
データファイル planaria_fbsc_pcr.zip (1KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Gene name (Link to Image list) 遺伝子名
Accession アクセション番号。簡易検索ではGenBankへのリンク。
Adult (ISH) 成体のin situ hybridizationの顕微鏡画像ファイル名。 簡易検索では画像が表示される。
Adult (Ab) 成体の組織免疫染色の顕微鏡画像ファイル名。 簡易検索では画像が表示される。
Regeneration 1 day (Ab) 頭部切除後1日目の組織免疫染色の顕微鏡画像ファイル名。 簡易検索では画像が表示される。
Regeneration 3 days (Ab) 頭部切除後3日目の組織免疫染色の顕微鏡画像ファイル名。 簡易検索では画像が表示される。
Regeneration 5 days (Ab) 頭部切除後5日目の組織免疫染色の顕微鏡画像ファイル名。 簡易検索では画像が表示される。
Regeneration 7 days (Ab) 頭部切除後7日目の組織免疫染色の顕微鏡画像ファイル名。 簡易検索では画像が表示される。

2.5 in situ hybridizationと組織免疫染色の顕微鏡画像ファイル

データ名 in situ hybridizationと組織免疫染色の顕微鏡画像ファイル
データ内容の説明 プラナリア成体のWhole-mount in situ hybridizationによる遺伝子の発現部位の画像、および頭部の再生段階ごとの組織免疫染色による蛋白質の局在画像のファイル。 個々の画像は「in situ hybridizationと組織免疫染色の顕微鏡画像リスト」の簡易検索から閲覧できる。 画像ファイル名は、以下の規則でつけられている。
<in situ hybridization画像の場合>
(遺伝子名)-insitu.jpg
<組織免疫染色の画像の場合>
成体の画像では、(遺伝子名)-Ab.jpg
再生段階別の画像では、(遺伝子名) regeneration (頭部切除後の日数).jpg
データファイル planaria_image.zip (2.74MB)
トップに戻る

3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2010/12/16

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの標準利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Plabrain DB © 2010 阿形清和 (京都大学) licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
    〒606-8502
    京都市左京区北白川追分町
    京都大学大学院理学研究科 生物科学専攻 生物物理学教室 分子発生学講座
    阿形 清和
    agata[at]mdb[dot]biophys[dot]kyoto-u[dot]ac[dot]jp

データベース寄託者からのお願い

  1. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中での本データベースの引用をお願いします。 引用の際は本データベース名称と URL (http://dbarchive.lifesciencedb.jp/jp/plabrain-db/desc.html)を記載してください。
  2. 本データベースの利用事例を把握するため、本データベースの再配布ならびに本データベースを利用して作成した二次的著作物の配布にあたっては、 事前に以下のデータベース作成者に連絡をお願いします。
    〒606-8502
    京都市左京区北白川追分町
    京都大学大学院理学研究科 生物科学専攻 生物物理学教室 分子発生学講座
    阿形 清和
    agata[at]mdb[dot]biophys[dot]kyoto-u[dot]ac[dot]jp
  3. 本データベースへのリンクについて

    本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

    トップに戻る

    4. 更新履歴

    更新日 更新内容
    2010/12/16 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
    トップに戻る

    5. 参考文献

    Tetsutaro Hayashi, Norito Shibata, Ryo Okumura, Tomomi Kudome, Osamu Nishimura, Hiroshi Tarui and Kiyokazu Agata
    Single-cell gene profiling utilizing FACS and its “index sorting” function for stem cell research
    Dev Growth Differ., 52, 131-144 (2010)
    PMID: 20078655

    Kaneyasu Nishimura, Yoshihisa Kitamura, Takashi Taniguchi and Kiyokazu Agata
    Analysis of motor function modulated by cholinergic neurons in planarian Dugesia japonica
    Neuroscience, 168, 18-30 (2010)
    PMID: 20338223

    Hiroyuki Takeda, Kaneyasu Nishimura and Kiyokazu Agata
    Planarians change their body size by maintaining a constant ratio of different cell types using stem cell system
    Zoolog. Sci., 26, 805-813.
    PMID: 19968467

    Kaneyasu Nishimura, Yoshihisa Kitamura, Takeshi Inoue, Yoshihiko Umesono, Kanji Yoshimoto, Takashi Taniguchi and Kiyokazu Agata
    Characterization of tyramine beta-hydroxylase in planarian Dugesia japonica: Cloning and expression
    Dev Growth Differ., 52, 131-144 (2010)
    PMID: 20078655

    Kaneyasu Nishimura, Yoshihisa Kitamura, Takeshi Inoue, Yoshihiko Umesono, Kanji Yoshimoto, Kosei Takeuchi, Takashi Taniguchi and Kiyokazu Agata
    Identification and distribution of tryptophan hydroxylase (TPH)-positive neurons in the planarian Dugesia japonica
    Neurosci. Res., 59, 101-106 (2007)
    PMID: 17624455

    Kaneyasu Nishimura, Yoshihisa Kitamura, Takeshi Inoue, Yoshihiko Umesono, Shozo Sano, Kanji Yoshimoto, Masatoshi Inden, Kazuyuki Takata, Takashi Taniguchi, Shun Shimohama and Kiyokazu Agata
    Reconstruction of dopaminergic neural network and recovery of behavioral function in planarian regenerates
    Dev. Neurobiol., 67, 1059-1078 (2007)
    PMID: 17565705

    6.連絡先

    「Plabrain DB」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

    〒606-8502
    京都市左京区北白川追分町
    京都大学大学院理学研究科 生物科学専攻 生物物理学教室 分子発生学講座
    阿形 清和
    agata[at]mdb[dot]biophys[dot]kyoto-u[dot]ac[dot]jp

    トップに戻る