PGE

2011/03/22

Web Site: PGE
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/pge

マウスの初期発生で発現している約25000個のcDNAの塩基配列（部分）を決定し、胚の体軸形成に関与すると考えられる遺伝子や約4000の新規遺伝子を見い出した。その際、得られたEST配列と初期発生段階である未受精卵、受精卵、２細胞期、４細胞期、8細胞期、16細胞期、32および64細胞期（blastocyst）の発現をデータベースとしている。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. IDINFO
  3. MARKER
  4. ACC2ID
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「PGE」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 IDINFO

データ名 IDINFO
データ内容の説明 基本テーブル
データファイル pge_idinfo.zip (3.5MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
SEQ_ID

○

○

 独自に付与した配列ID。テーブル名AA2IDのSEQ_ID
CLUSTER_ID

○

 cluster ID of EST sequences。テーブル名MARKERのCLUSTER_ID
DEV_STAGE 初期胚の発生段階
CLONE_ID clone ID
ACCESSION

○

 国際塩基配列データバンクのaccession_id。テーブル名ACC2IDのACCESSION
DESCRIPTION 説明、国際塩基配列データバンクのDEFINITION
SEQ_LENGTH 塩基配列の長さ、塩基数
BASE_N 塩基として判別できなかった塩基数
SEQUENCE 塩基配列

2.3 MARKER

データ名 MARKER
データ内容の説明 染色体別の発現プロファイル
データファイル pge_marker.zip (6KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
Chromosome number 　 　 chromosome number
MARKER_ID 　 　 marker ID
CLUSTER_ID ○ ○ cluster ID of EST sequences。テーブル名IDINFOのCLUSTER_ID
expression_profile of unfertilized egg 　 　 expression_profile of unfertilized egg
expression_profile of fertilized egg 　 　 expression_profile of fertilized egg
expression_profile of 2-cell embryo 　 　 expression_profile of 2-cell embryo
expression_profile of 4-cell embryo 　 　 expression_profile of 4-cell embryo
expression_profile of 8-cell embryo 　 　 expression_profile of 8-cell embryo
expression_profile of 16-cell embryo 　 　 expression_profile of 16-cell embryo (Morula)
expression_profile of 32-64-cell embryo 　 　 expression_profile of 32-64-cell embryo (Blastocyst)
total of expression_profile 　 　 total of expression_profile

2.4 ACC2ID

データ名 ACC2ID
データ内容の説明 独自に付与した配列IDと国際塩基配列データバンクに登録した際に付与された配列IDとの対応表
データファイル pge_acc2id.zip (76KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
ACCESSION 国際塩基配列データバンクのaccession_id。テーブル名IDINFOのACCESSION。
SEQ_ID 独自に付与した配列ID。テーブル名IDINFOのSEQ_ID。
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2011/03/22

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”PGE © 土居洋文, (独)科学技術振興機構 licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
E-mail : jst-bird[at]jst[dot]go[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2011/03/22 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2000 PGE(http://www.bioa.jst.go.jp/)で公開開始
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5. 参考文献

Ko MS, Kitchen JR, Wang X, Threat TA, Wang X, Hasegawa A, Sun T, Grahovac MJ, Kargul GJ, Lim MK, Cui Y, Sano Y, Tanaka T, Liang Y, Mason S, Paonessa PD, Sauls AD, DePalma GE, Sharara R, Rowe LB, Eppig J, Morrell C, Doi H.
Large-scale cDNA analysis reveals phased gene expression patterns during preimplantation mouse development
Development. 2000 Apr;127(8):1737-49
PMID: 10725249

6.連絡先

「PGE」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

E-mail : jst-bird[at]jst[dot]go[dot]jp

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