PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法

2017/10/27

Web Site: http://pgdbj.jp/pages/index.html?dir=;page=mk;ln=ja
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/pgdbj-dna-marker-linkage-map/

モデル生物と作物を含む植物種について、基本情報、マーカー、QTL、DBリンク、ゲノム解析手法の情報を整理したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. 登録生物種リスト
  3. マーカーリスト
  4. QTLリスト
  5. 植物DBリンク
  6. ゲノム解析手法
トップに戻る

2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
トップに戻る

2.2 登録生物種リスト

データ名 登録生物種リスト
データ内容の説明

各生物種についての基本情報を収集し、整備した一覧です。 基本的な説明や、DNAマーカー、QTL、関連するデータベース集とゲノム解析手法についての情報が、一覧の中にまとめられています。
データファイル pgdbj_dna_marker_linkage_map_plant_species_list.zip (57.4 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Scientific name 学名
Scientific name authority Authorityを含めた学名
Japanese name 和名
Taxonomy ID NCBI Taxonomy ID
Phylum division 門名(日)
Family 科名(英)
Family(Japanese) 科名(和)
Genus 属名 (英)
Genus(Japanese) 属名 (日)
Species 種名 (英)
Variety 変種名 (英)
Common name 一般名 (英)
Common name(Japanese) 一般名 (日)
Synonym 別名
Links (DFCI) DFCI Gene Indexへのリンク情報
Resource info リソース情報
Reference 参考文献
Sequencing method シークエンシング手法
Reads count リード数
Assembly method アセンブル手法
Sequencing depth シークエンシング深度
Gene annotation method 遺伝子アノテーション手法
Contig count コンティグ数
Scaffold count N50以上のスキャフォールド数
Gene count 推定遺伝子数
Chromosome count 染色体数
Covered region ゲノムカバーサイズ
Genome size ゲノムサイズ
ORF count ORF数
GC content GC含有率
Contact この生物種のゲノムに関する問い合わせ先
Country 問い合わせ先のある国
Links (GOLD) JGI GOLDへのリンク情報
Links (NCBI Genome) NCBI Genomeへのリンク情報
Description 説明
Description(Japanese) 説明（日）
Links (Marker list) マーカーリストへのリンク（簡易検索のみ）
Links (QTL list) QTLリストへのリンク（簡易検索のみ）
Links (KNApSAcK Core) KNApSAcK Coreへのリンク（簡易検索のみ）
Links (Skewered KNApSAcK) Skewered KNApSAcKへのリンク（簡易検索のみ）
Links (Mass Base) Mass Baseのリンク（簡易検索のみ）
トップに戻る

2.3 マーカーリスト

データ名 マーカーリスト
データ内容の説明

DNAマーカーに関して、マーカー名、生物名、マーカータイプ、配列情報、関連文献などを収集・整備した一覧です。
データファイル pgdbj_dna_marker_linkage_map_plant_marker_list.zip (6.7 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ID マーカーのID
Scientific name 学名
Family 科名(英)
Marker マーカー名
Source マーカーのソース：
  • 1: Kazusa Marker DB
  • 2: PGDBj Culated Marker DB
Marker type マーカーの種類
Forward primer Forward primer 配列
Reverse primer Reverse primer 配列
Population 集団名
LG 連鎖グループ名
Chr 染色体名
Linked trait 連鎖形質
Trait type 連鎖形質タイプ：
  • 1:anatomy and morphology trait
  • 2:stature or vigor trait
  • 3:stress trait
  • 4:biochemical trait
  • 5:growth and development trait
  • 6:yield trait
  • 7:sterility or fertility trait
  • 8:quality trait
  • 9:other miscellaneous trait
DOI 文献のDOI
PMID 文献のPubMed ID
トップに戻る

2.4 QTLリスト

データ名 QTLリスト
データ内容の説明

QTLに関して、生物名、文献、形質などについてまとめた一覧です。
データファイル pgdbj_dna_marker_linkage_map_plant_qtl_list.zip (292 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
QTL ID マーカーのID
Scientific name 学名
Family 科名(英)
QTL QTL名
Trait name 形質名
Description 説明
Trait type 連鎖形質タイプ：
  • 1:anatomy and morphology trait
  • 2:stature or vigor trait
  • 3:stress trait
  • 4:biochemical trait
  • 5:growth and development trait
  • 6:yield trait
  • 7:sterility or fertility trait
  • 8:quality trait
  • 9:other miscellaneous trait
Significant marker 主要マーカー名
LG 連鎖グループ名
Chr 染色体名
LOD peak (cM) LODピークの位置（単位：cM）
LOD score LODスコア
P value/-log10(p) etc. 検定のP値、-log10(p)など
DOI 文献のDOI
PMID 文献のPubMed ID
トップに戻る

2.5 植物DBリンク

データ名 植物DBリンク
データ内容の説明

DNAマーカー、QTL、生物種の情報など、国内外の植物研究データベース情報の一覧です。
データファイル pgdbj_dna_marker_linkage_map_plant_db_link.zip (55 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
データベースID データベースの整理番号
データベース名 データベース名
記載植物 データベースに記載された植物の学名 (日)
科名 データベースに記載された植物の科名 (日)
Family name データベースに記載された植物の科名 (英)
和名 データベースに記載された植物の和名
Common name データベースに記載された植物の一般名 (英)
国 データベースを作成した機関の国
機関 データベースを作成した機関
URL データベースのURL (簡易検索サイトではデータベースへのリンク)
研究/一般 データベースの区分 (研究/一般)
分類 データベースの分類
説明 データベースの説明
トップに戻る

2.6 ゲノム解析手法

データ名 ゲノム解析手法
データ内容の説明

各生物種におけるゲノム解析の現状 (2014年3月時点) に関する情報をまとめた一覧です。ゲノム解析の行われた生物種について、ゲノム解析手法の詳細や文献情報、ゲノムデータベースの情報がまとめられています。
データファイル pgdbj_dna_marker_linkage_map_genome_analysis_methods.zip (6 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Scientific name 学名
Japanese name 和名
Status ゲノム解析の状況
Chromosome number 染色体数
Genome size ゲノムサイズ (Mb)
Year ゲノム解析の行われた年
Sequencing method シークエンス手法
Read counts Read数
Covered genome region 解析されたゲノム領域 (Mb)
Sequencing depth Sequencing depth
Assembly method Assembly method
Number of scaffolds scaffoldの数
Contig counts contig数
Gene annotation method Gene annotation method
Number of predicted genes 予測された遺伝子数
Genome database ゲノム解析に関するデータベース (簡易検索サイトではデータベースへのリンク)
Assembly release Assembly release
Annotation release Annotation release
Reference1 (DOI) 参考文献のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク)
Reference1 (PMID) 参考文献のPubMed ID (簡易検索サイトではPubMedへのリンク)
Reference2 (DOI) 参考文献2のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク)
Other reference (DOI) その他の参考文献のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク)
トップに戻る

3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2017/10/27

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法 c 田畑哲之 (かずさDNA研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

 

データベース作成者連絡先：
〒２９２ - ０８１８　千葉県木更津市かずさ鎌足２ - ６ - ７
公益財団法人かずさDNA研究所
田畑哲之
pgdbj[at]kazusa[dot]or[dot]jp

トップに戻る

4. 更新履歴

更新日 更新内容
2017/10/27 アーカイブ V2 をリリース
以下の3つのデータを更新。
  • 「登録生物種リスト」
  • 「マーカーリスト」
  • 「QTLリスト」
2016/07/29 データベースの説明のページにおいて、オリジナルサイト情報の「オリジナルサイト」を更新。
2014/09/24 植物DBリンクのデータを更新。
  • 更新 5件（データベースID: 199, 590, 612, 631, 698）
  • 削除 1件（データベースID: 552）
2014/04/03 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2012/08/08 PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法 (http://pgdbj.jp/dna-marker-linkage-map.html)で公開開始
トップに戻る

5. 参考文献

Erika Asamizu, Hisako Ichihara, Akihiro Nakaya, Yasukazu Nakamura, Hideki Hirakawa, Takahiro Ishii, Takuro Tamura, Kaoru Fukami-Kobayashi, Yukari Nakajima and Satoshi Tabata
Plant Genome DataBase Japan (PGDBj): A Portal Website for the Integration of Plant Genome-Related Databases
Plant Cell Physiol (2014) 55 (1): e8
PMID: 24363285

Akihiro Nakaya, Hisako Ichihara, Erika Asamizu, Shirasawa Sachiko, Yasukazu Nakamura, Satoshi Tabata and Hideki Hirakawa
Plant Genome DataBase Japan (PGDBj)
Methods Mol Biol (2017) 1533: 45-77.
PMID: 27987164

トップに戻る

6. 連絡先

「PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

公益財団法人かずさDNA研究所
〒２９２ - ０８１８　千葉県木更津市かずさ鎌足２ - ６ - ７
pgdbj[at]kazusa[dot]or[dot]jp

トップに戻る