PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法

2014/04/03

Web Site: PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/pgdbj-dna-marker-linkage-map/

モデル生物と作物を含む植物種について、基本情報、マーカー、QTL、DBリンク、ゲノム解析手法の情報を整理したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. 登録生物種リスト
  3. マーカーリスト
  4. QTLリスト
  5. 植物DBリンク
  6. ゲノム解析手法
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 登録生物種リスト

データ名 登録生物種リスト
データ内容の説明 各生物種についての基本情報を収集し、整備した一覧です。 基本的な説明や、DNAマーカー、QTL、関連するデータベース集とゲノム解析手法についての情報が、一覧の中にまとめられています。
データファイル pgdbj_dna_marker_linkage_map_plant_species_list.zip (40 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Scientific name 学名
Japanese name 和名
Taxonomy ID NCBI Taxonomy ID
科名 科名 (日)
Family 科名 (英)
属名 属名 (日)
Genus 属名 (英)
Species 種名 (英)
一般名 一般名 (日)
Common name 一般名 (英)
Synonym 別名
Links (NCBI) NCBI Taxonomyへのリンク情報
Links (DFCI) DFCI Gene Indexへのリンク情報
リソース情報 リソース情報
Reference 参考文献
説明 植物に関する説明
Commentary 植物に関する説明 (英)
Scientific name authority Authorityを含めた学名
Variety 品種
マーカーリスト

マーカーリストへのリンク情報 (簡易検索サイトではマーカーリストへリンク)

QTLリスト QTLリストへのリンク情報 (簡易検索サイトではQTLリストへリンク)
植物DBリンク 植物DBリストへのリンク情報 (簡易検索サイトでは植物DBリストへリンク)
ゲノム解析手法 ゲノム解析手法へのリンク情報 (簡易検索サイトではゲノム解析手法へリンク)

2.3 マーカーリスト

データ名 マーカーリスト
データ内容の説明 DNAマーカーに関して、マーカー名、生物名、マーカータイプ、配列情報、関連文献などを収集・整備した一覧です。
データファイル pgdbj_dna_marker_linkage_map_plant_marker_list.zip (1.6 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Scientific name 学名
Scientific name authority Authorityを含めた学名
Name 一般名 (英)
Family 科 (英)
Marker

マーカー名

Marker type マーカーの種類
Taxonomy ID 植物のNCBI Taxonomy ID
Journal name Journalの名称
Published year 文献の発行年
DOI 文献のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク)
PMID 文献のPubMed ID (簡易検索サイトではPubMedへのリンク)
Sequence information NCBI のGenbank IDやdbSNPにおけるReference SNP (refSNP) Cluster ID (簡易検索サイトではそれぞれのページへリンク)
Typing method Typing手法
Forward primer Forward primer 配列
Reverse primer Reverse primer 配列

2.4 QTLリスト

データ名 QTLリスト
データ内容の説明 QTLに関して、生物名、文献、形質などについてまとめた一覧です。
データファイル pgdbj_dna_marker_linkage_map_plant_qtl_list.zip (23 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Scientific name 学名
Scientific name authority Authorityを含めた学名
Name 一般名 (英)
Family 科 (英)
Taxonomy ID NCBI Taxonomy ID
QTL name QTL名
Population name Population名
Population type Populationの種類
Population size Populationのサイズ
Trait 形質
Gene, description 注釈
Journal name 文献の掲載されたJournal名
Published year 文献の発行年
DOI 文献のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク)
PMID 文献のPubMed ID (簡易検索サイトではPubMedへのリンク)

2.5 植物DBリンク

データ名 植物DBリンク
データ内容の説明 DNAマーカー、QTL、生物種の情報など、国内外の植物研究データベース情報の一覧です。
データファイル pgdbj_dna_marker_linkage_map_plant_db_link.zip (55 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
データベースID データベースの整理番号
データベース名 データベース名
記載植物 データベースに記載された植物の学名 (日)
科名 データベースに記載された植物の科名 (日)
Family name データベースに記載された植物の科名 (英)
和名 データベースに記載された植物の和名
Common name データベースに記載された植物の一般名 (英)
データベースを作成した機関の国
機関 データベースを作成した機関
URL データベースのURL (簡易検索サイトではデータベースへのリンク)
研究/一般 データベースの区分 (研究/一般)
分類

データベースの分類

説明 データベースの説明

2.6 ゲノム解析手法

データ名 ゲノム解析手法
データ内容の説明 各生物種におけるゲノム解析の現状 (2014年3月時点) に関する情報をまとめた一覧です。ゲノム解析の行われた生物種について、ゲノム解析手法の詳細や文献情報、ゲノムデータベースの情報がまとめられています。
データファイル pgdbj_dna_marker_linkage_map_genome_analysis_methods.zip (6 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Scientific name 学名
Japanese name 和名
Status ゲノム解析の状況
Chromosome number 染色体数
Genome size ゲノムサイズ (Mb)
Year ゲノム解析の行われた年
Sequencing method シークエンス手法
Read counts Read数
Covered genome region 解析されたゲノム領域 (Mb)
Sequencing depth Sequencing depth
Assembly method Assembly method
Number of scaffolds scaffoldの数
Contig counts contig数
Gene annotation method Gene annotation method
Number of predicted genes 予測された遺伝子数
Genome database ゲノム解析に関するデータベース (簡易検索サイトではデータベースへのリンク)
Assembly release Assembly release
Annotation release Annotation release
Reference1 (DOI) 参考文献のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク)
Reference1 (PMID) 参考文献のPubMed ID (簡易検索サイトではPubMedへのリンク)
Reference2 (DOI) 参考文献2のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク)
Other reference (DOI) その他の参考文献のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2014/04/03

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法 © 田畑哲之 (かずさDNA研究所) licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先:
〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2-6-7
公益財団法人かずさDNA研究所
田畑哲之
お問合わせフォーム

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2014/04/03 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2012/08/08 PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法 (http://pgdbj.jp/dna-marker-linkage-map.html)で公開開始
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5. 参考文献

Erika Asamizu, Hisako Ichihara, Akihiro Nakaya, Yasukazu Nakamura, Hideki Hirakawa, Takahiro Ishii, Takuro Tamura, Kaoru Fukami-Kobayashi, Yukari Nakajima and Satoshi Tabata
Plant Genome DataBase Japan (PGDBj): A Portal Website for the Integration of Plant Genome-Related Databases
Plant Cell Physiol (2014) 55 (1): e8
PMID:24363285

6. 連絡先

「PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒292-0818
千葉県木更津市かずさ鎌足2-6-7
公益財団法人かずさDNA研究所
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