予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体のデータベース
| データ名 | README |
| データ内容 | 「PCDq」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html(日本語) |
| データ名 | タンパク質複合体リスト |
| データ内容の説明 | タンパク質複合体の情報 |
| データファイル | pcdq_complex_list.zip (136 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Complex ID | 複合体ID |
| Complex Name | 複合体名称 |
| Description | 複合体の詳細 |
| CQI | CQI (Complex Annotation Quality Check Index)値 品質管理指標 "I.II.III/Total proteins" (I, II, IIIは「タンパク質複合体メンバー」の項目”Category”の数値 (1,2,3) に対応し、複合体構成タンパク質のうち各カテゴリに属するタンパク質の数を示す。表現CQI=0.0.3/3) |
| Number of member proteins | 複合体のメンバータンパク質数 |
| Complex Type | 複合体タイプ |
| Function Category | 機能カテゴリ |
| Subcellular Localization | 細胞内局在 |
| データ名 | タンパク質複合体メンバー |
| データ内容の説明 | 複合体に属するタンパク質の情報 |
| データファイル | pcdq_subunit_member.zip (673 KB) |
| Complex ID | 複合体ID |
| Rep HIP | 代表HIP ID (H-InvDB タンパク質ID) |
| Category | 複合体内における信頼度 1:対象タンパク質が複合体を構成することが文献や立体構造で明らかになっているもの 2:対象タンパク質が複合体に対して、関連する機能を持っているもの 3:カテゴリーI, IIに分類されない物であるが、ネットワーク解析により複合体構成タンパク質であると予測されているもの |
| Rep HIT | 代表HIT ID (H-InvDB 転写産物ID) |
| Rep HIX | 代表HIX ID (H-InvDB 遺伝子座ID) |
| HIT Category | 代表HIT IDの信頼度指標 1: 既知のヒトタンパク質 2: 既知のタンパク質と相同なタンパク質 3: InterProドメインをもつタンパク質 4: 保存されたhypothetical protein 5: hypothetical protein |
| Gene Symbol | EntrezGene Symbol |
| Number of PPI Members | 当該タンパク質が関与するPPI数 |
| Description | タンパク質の詳細 |
| Expression | iAFLP data (JBIRC) によって決定された10組織カテゴリにおける組織特異的発現量。数値は「neural, blood/spleen/LND, dermal_connective, placenta/testis/ovary, muscle/heart, stomach/colon, liver, lung, kidney/bladder, endocrine_exocrine」の組織順。 |
| Subcellular Localization | 細胞内局在 |
| UniProt | タンパク質の外部DB参照 (UniProt) |
| RefSeq | タンパク質の外部DB参照 (RefSeq) |
| GI | タンパク質の外部DB参照 (GI) |
| CCDS | タンパク質の外部DB参照 (CCDS) |
| PDB | タンパク質の外部DB参照 (PDB) |
| データ名 | タンパク質相互作用 |
| データ内容の説明 | タンパク質相互作用に関する情報。 DIPについては、データ再配布についてDIP開発者から許可をいただきました。ここに記して感謝の意を表します。 |
| データファイル | pcdq_public_ppi.zip (680 KB) |
| Rep HIP A | 相互作用するタンパク質Aの代表HIP ID (H-InvDBタンパク質ID) |
| Rep HIP B | 相互作用するタンパク質Bの代表HIP ID (H-InvDBタンパク質ID) |
| Rep HIT A | 相互作用するタンパク質Aの代表HIT ID (H-InvDB転写産物ID) |
| Rep HIT B | 相互作用するタンパク質Bの代表HIT ID (H-InvDB転写産物ID) |
| BIND | タンパク質の外部DB参照 (BIND) |
| DIP | タンパク質の外部DB参照 (DIP) |
| MINT | タンパク質の外部DB参照 (MINT) |
| HPRD | タンパク質の外部DB参照 (HPRD) HPRDは相互作用に対するID採番がされていないため、相互作用するタンパク質A・BのIDを記載している |
| IntACT | タンパク質の外部DB参照 (IntACT) |
| GNP_Y2H | タンパク質の外部DB参照 (GNP_Y2H) エラーにより現バージョンでは空欄、次回訂正予定。 |
| PubMed ID | 当該タンパク質相互作用に関する文献PubMed ID |
| Experimental Method | 当該タンパク質相互作用の検出に用いられた実験手法 (The Proteomics Standards Initiative Molecular Interaction Standard,PSI-MI, controlled vocabulary に従って記載) |
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(独)産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
今西 規(Imanishi Tadashi)
E-mail: t[dot]imanishi[at]aist[dot]go[dot]jp
| 更新日 | 更新内容 |
| 2015/03/23 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2012/08/03 | PCDq (http://h-invitational.jp/hinv/pcdq/)で公開開始 |
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(独)産業技術総合研究所
創薬分子プロファイリング研究センター
今西 規(Imanishi Tadashi)
E-mail: t[dot]imanishi[at]aist[dot]go[dot]jp
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