PCDq

2015/03/23

Web Site: http://h-invitational.jp/hinv/pcdq/
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/pcdq/

予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体のデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. タンパク質複合体リスト
  3. タンパク質複合体メンバー
  4. タンパク質相互作用
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「PCDq」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 タンパク質複合体リスト

データ名 タンパク質複合体リスト
データ内容の説明 タンパク質複合体の情報
データファイル pcdq_complex_list.zip (136 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Complex ID 複合体ID
Complex Name 複合体名称
Description 複合体の詳細
CQI CQI (Complex Annotation Quality Check Index)値
品質管理指標
"I.II.III/Total proteins"
(I, II, IIIは「タンパク質複合体メンバー」の項目”Category”の数値 (1,2,3) に対応し、複合体構成タンパク質のうち各カテゴリに属するタンパク質の数を示す。表現CQI=0.0.3/3)
Number of member proteins 複合体のメンバータンパク質数
Complex Type 複合体タイプ
Function Category 機能カテゴリ
Subcellular Localization 細胞内局在
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2.3 タンパク質複合体メンバー

データ名 タンパク質複合体メンバー
データ内容の説明 複合体に属するタンパク質の情報
データファイル pcdq_subunit_member.zip (673 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
Complex ID 複合体ID
Rep HIP 代表HIP ID (H-InvDB タンパク質ID)
Category 複合体内における信頼度
1:対象タンパク質が複合体を構成することが文献や立体構造で明らかになっているもの
2:対象タンパク質が複合体に対して、関連する機能を持っているもの
3:カテゴリーI, IIに分類されない物であるが、ネットワーク解析により複合体構成タンパク質であると予測されているもの
Rep HIT 代表HIT ID (H-InvDB 転写産物ID)
Rep HIX 代表HIX ID (H-InvDB 遺伝子座ID)
HIT Category 代表HIT IDの信頼度指標
1: 既知のヒトタンパク質
2: 既知のタンパク質と相同なタンパク質
3: InterProドメインをもつタンパク質
4: 保存されたhypothetical protein
5: hypothetical protein
Gene Symbol EntrezGene Symbol
Number of PPI Members 当該タンパク質が関与するPPI数
Description タンパク質の詳細
Expression iAFLP data (JBIRC) によって決定された10組織カテゴリにおける組織特異的発現量。数値は「neural, blood/spleen/LND, dermal_connective, placenta/testis/ovary, muscle/heart, stomach/colon, liver, lung, kidney/bladder, endocrine_exocrine」の組織順。
Subcellular Localization 細胞内局在
UniProt タンパク質の外部DB参照 (UniProt)
RefSeq タンパク質の外部DB参照 (RefSeq)
GI タンパク質の外部DB参照 (GI)
CCDS タンパク質の外部DB参照 (CCDS)
PDB タンパク質の外部DB参照 (PDB)
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2.4 タンパク質相互作用

データ名 タンパク質相互作用
データ内容の説明 タンパク質相互作用に関する情報。 DIPについては、データ再配布についてDIP開発者から許可をいただきました。ここに記して感謝の意を表します。
データファイル pcdq_public_ppi.zip (680 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
Rep HIP A 相互作用するタンパク質Aの代表HIP ID (H-InvDBタンパク質ID)
Rep HIP B 相互作用するタンパク質Bの代表HIP ID (H-InvDBタンパク質ID)
Rep HIT A 相互作用するタンパク質Aの代表HIT ID (H-InvDB転写産物ID)
Rep HIT B 相互作用するタンパク質Bの代表HIT ID (H-InvDB転写産物ID)
BIND タンパク質の外部DB参照 (BIND)
DIP タンパク質の外部DB参照 (DIP)
MINT タンパク質の外部DB参照 (MINT)
HPRD タンパク質の外部DB参照 (HPRD)
HPRDは相互作用に対するID採番がされていないため、相互作用するタンパク質A・BのIDを記載している
IntACT タンパク質の外部DB参照 (IntACT)
GNP_Y2H タンパク質の外部DB参照 (GNP_Y2H)
エラーにより現バージョンでは空欄、次回訂正予定。
PubMed ID 当該タンパク質相互作用に関する文献PubMed ID
Experimental Method 当該タンパク質相互作用の検出に用いられた実験手法 (The Proteomics Standards Initiative Molecular Interaction Standard,PSI-MI, controlled vocabulary に従って記載)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2015/03/23

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”PCDq © 今西規 (産業技術総合研究所) licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先:
東京都江東区青海2-4-7 臨海副都心センター別館
(独)産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
今西 規(Imanishi Tadashi)
E-mail: t[dot]imanishi[at]aist[dot]go[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2015/03/23 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2012/08/03 PCDq (http://h-invitational.jp/hinv/pcdq/)で公開開始
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5. 参考文献

Kikugawa S, Nishikata K, Murakami K, Sato Y, Suzuki M, Altaf-Ul-Amin M, Kanaya S, Imanishi T.
PCDq: human protein complex database with quality index which summarizes different levels of evidences of protein complexes predicted from h-invitational protein-protein interactions integrative dataset.
BMC Syst Biol. 2012 Dec 12; 6 Suppl 2:S7
PMID:23282181

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6. 連絡先

「PCDq」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

データベース作成者連絡先:
(独)産業技術総合研究所
創薬分子プロファイリング研究センター
今西 規(Imanishi Tadashi)
E-mail: t[dot]imanishi[at]aist[dot]go[dot]jp
Tel:(代表)03-3599-8800

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