Open TG-GATEs
2012/07/04
Web Site:
Open TG-GATEs
HTTPS Site:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/open-tggates
Open TG-GATEsは、トキシコゲノミクスプロジェクトの研究成果を幅広い研究者に活用して頂くために開発した一般公開用の
トキシコゲノミクスデータベースであり、 TG-GATEsに格納されているデータの中から170化合物に係るデータを公開しています。
README 目次
- ダウンロードデータの構成
- ダウンロードデータの説明
- 本データベースの利用許諾
- 更新履歴
- 参考文献
- 連絡先
1. ダウンロードデータの構成
- README
- 化合物リスト
- 遺伝子発現データ (CELファイル)
- CELファイル属性情報
- 細胞試料
- 細胞生存率情報
- 個体リスト
- 臓器重量情報
- 血液学情報
- 血液化学情報
- 体重情報
- 摂餌情報
- 病理情報
- CELファイル同梱情報
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 |
README |
| データ内容 |
「Open TG-GATEs」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 |
README.html（日本語） |
2.2 化合物リスト
| データ名 |
化合物リスト |
| データ内容の説明 |
Open TG-GATEｓで公開されている化合物のリストと各化合物に対する遺伝子発現データファイルとその属性情報へのリンクをまとめたリストです。 |
| データファイル |
open_tggates_main.zip (6.4KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| COMPOUND_NAME |
化合物名の英語表記 |
| COMPOUND_ABBREVIATION |
化合物の略称です。 |
| COMPOUND_NO |
化合物識別のために割り振った番号です。通し番号となっておらず欠番も存在します。 |
| Human - in vitro |
ヒト肝細胞を用いたin vitro試験における遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク） |
| Rat - in vitro |
ラット肝細胞を用いたin vitro試験における遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク） |
| Rat - in vivo - Liver - Single |
ラットを用いたin vivo試験（単回投与）における肝臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク） |
| Rat - in vivo - Liver - Repeat |
ラットを用いたin vivo試験（反復投与）における肝臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク） |
| Rat - in vivo - Kidney - Single |
ラットを用いたin vivo試験（単回投与）における腎臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク） |
| Rat - in vivo - Kidney - Repeat |
ラットを用いたin vivo試験（反復投与）における腎臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク） |
| Pathological items (Liver) |
ラットを用いたin vivo試験における肝臓での病理所見とプレパラートの画像（簡易検索サイトのみ） |
| Pathological items (Kidney) |
ラットを用いたin vivo試験における腎臓での病理所見とプレパラートの画像（簡易検索サイトのみ） |
2.3 遺伝子発現データ (CELファイル)
| データ名 |
遺伝子発現データ (CELファイル) |
| データ内容の説明 |
Open TG-GATEsで公開されているCELファイルを、実験種別にグループ分けし、ZIP形式で圧縮したファイルです。ZIPファイル中には、その中に含まれるCELファイルの属性情報が、タブ区切りテキストファイル形式(.tsv)で同梱されています。
※CELは，Affymetrix GeneChip®で取得された遺伝子発現データ（生データ）を表現する一つのファイル形式です。
|
| データファイル |
データファイル名: ヒトサンプルにおける遺伝子発現データ
データのURL: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/open-tggates/LATEST/Human/
ファイルサイズ: 12.0 GB (ZIPファイルの合計）
データファイル名: ラットサ ンプルにおける遺伝子発現データ
データのURL: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/open-tggates/LATEST/Rat/
ファイルサイズ: 53.6 GB (ZIPファイルの合計）
|
2.4 CELファイル属性情報
| データ名 |
CELファイル属性情報 |
| データ内容の説明 |
各CELファイルについて説明している属性情報のリスト
|
| データファイル |
open_tggates_cel_file_attribute.zip (199 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| BARCODE |
使用したGeneChipを識別するためのバーコードです。CELファイル名の拡張子を除いた部分はこのBARCODEと一致します。ただし、「No ChipData」のデータは、遺伝子発現解析実験を行っておりませんので、対応するCELファイルはありません。 |
| ARR_DESIGN |
GeneChipのデザイン名です。トキシコゲノミクスプロジェクトではHumanのチップはHG-U133_Plus_2、RatのチップはRat230_2を用いています。 |
| EXP_ID |
実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 |
| GROUP_ID |
群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 |
| INDIVIDUAL_ID |
同一群内で、in vivo試験における個体、in vitro試験における試料に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 |
| ORGAN |
臓器の種類を表しています。LiverとKidneyの2種類が存在します。 |
| MATERIAL_ID |
遺伝子発現データの取得に用いたサンプル切片を識別するためのIDです。Aから始まりB、Cという記号が付与されています。 |
| COMPOUND_NAME |
化合物の名称です。 |
| COMPOUND_ABBREVIATION |
化合物の略称です。 |
| COMPOUND_NO |
化合物識別のために割り振った番号です。通し番号となっておらず欠番も存在します。 |
| SPECIES |
生物種を表しています。 |
| EXP_TEST_TYPE |
実験系（in vivo試験、in vitro試験）を表しています。 |
| SINGLE_REPEAT_TYPE |
in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。 |
| SEX_TYPE |
性別を表しています。 |
| STRAIN_TYPE |
in vivo試験におけるラットの系統を表しています。 |
| ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE |
化合物の投与経路を表しています。 |
| ANIMAL_AGE(week) |
in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。6週齢データのみが存在します。 |
| SACRIFICE_PERIOD |
in vivo試験における屠殺時間、in vitro試験における曝露時間を表しています。 |
| DOSE |
投与量を表しています。 |
| DOSE_UNIT |
投与量の単位を表しています。 |
| DOSE_LEVEL |
投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 |
2.5 細胞試料
| データ名 |
細胞試料 |
| データ内容の説明 |
in vitro試験で遺伝子発現と毒性（細胞生存率）を測定した肝細胞試料のリストです。 |
| データファイル |
open_tggates_cell.zip (54 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| EXP_ID |
実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 |
| GROUP_ID |
群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 |
| INDIVIDUAL_ID |
同一群内で、試料に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 |
| COMPOUND_NAME |
化合物の名称です。 |
| SPECIES |
生物種を表しています。 |
| SEX_TYPE |
性別を表しています。 |
| SACRIFICE_PERIOD |
in vitro試験においては曝露時間を表しています。 |
| DOSE |
曝露量を表しています。 |
| DOSE_UNIT |
曝露量の単位を表しています。 |
| DOSE_LEVEL |
曝露量のレベルを表しています。曝露量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 |
| BARCODE |
CELファイル属性情報へのリンク |
| CELL_VIABILITY |
細胞生存率情報へのリンク |
2.6 細胞生存率情報
| データ名 |
細胞生存率情報 |
| データ内容の説明 |
in vitro試験での肝細胞の細胞生存率のリストです。
|
| データファイル |
open_tggates_cell_viability.zip (51 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| EXP_ID |
実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 |
| GROUP_ID |
群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 |
| INDIVIDUAL_ID |
同一群内で、試料に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 |
| COMPOUND_NAME |
化合物の名称です。 |
| SPECIES |
生物種を表しています。 |
| SEX_TYPE |
性別を表しています。 |
| SACRIFICE_PERIOD |
in vitro試験においては曝露時間を表しています。 |
| DOSE |
曝露量を表しています。 |
| DOSE_UNIT |
曝露量の単位を表しています。 |
| DOSE_LEVEL |
曝露量のレベルを表しています。曝露量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 |
| DNA(%) |
ＤＮＡ含量を基に算出した相対生存率 |
| LDH(%) |
培養上清中に漏出したＬＤＨの活性値を基に算出した相対生存率 |
2.7 個体リスト
| データ名 |
個体リスト |
| データ内容の説明 |
in vivo試験で遺伝子発現や毒性を測定したラット個体のリストです。
|
| データファイル |
open_tggates_individual.zip (97 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| EXP_ID |
実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 |
| GROUP_ID |
群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 |
| INDIVIDUAL_ID |
同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 |
| COMPOUND_NAME |
化合物の名称です。 |
| SINGLE_REPEAT_TYPE |
in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。 |
| SEX_TYPE |
性別を表しています。 |
| STRAIN_TYPE |
in vivo試験におけるラットの系統を表しています。 |
| ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE |
化合物の投与経路を表しています。 |
| ANIMAL_AGE(week) |
in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。6週齢データのみが存在します。 |
| SACRIFICE_PERIOD |
in vivo試験における屠殺時間を表しています。 |
| DOSE |
投与量を表しています。 |
| DOSE_UNIT |
投与量の単位を表しています。 |
| DOSE_LEVEL |
投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 |
| BARCODE (Liver) |
CELファイル属性情報へのリンク(肝臓) (簡易検索サイトのみ) |
| BARCODE (Kidney) |
CELファイル属性情報へのリンク(腎臓) (簡易検索サイトのみ) |
| HEMATOLOGY |
血液学情報へのリンク(簡易検索サイトのみ) |
| BIOCHEMISTRY |
血液化学情報へのリンク(簡易検索サイトのみ) |
| ORGAN_WEIGHT |
臓器の重量に関する情報へのリンク(簡易検索サイトのみ) |
| BODY_WEIGHT |
体重情報へのリンク(簡易検索サイトのみ) |
| FOOD_CONSUMPTION |
摂餌情報へのリンク(簡易検索サイトのみ) |
| PATHOLOGY (Liver) |
肝臓の病理情報へのリンク(簡易検索サイトのみ) |
| PATHOLOGY (Kidney) |
腎臓の病理情報へのリンク(簡易検索サイトのみ) |
| PATHOLOGICAL_IMAGE (Liver) |
肝臓の病理標本（プレパラート）画像へのリンク(簡易検索サイトのみ) |
| PATHOLOGICAL_IMAGE (Kidney) |
腎臓の病理標本（プレパラート）画像へのリンク(簡易検索サイトのみ) |
2.8 臓器重量情報
| データ名 |
臓器重量情報 |
| データ内容の説明 |
in vivo試験での臓器重量のリストです。
屠殺時の体重を含んでいます。
|
| データファイル |
open_tggates_organ_weight.zip (379 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| EXP_ID |
実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 |
| GROUP_ID |
群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 |
| INDIVIDUAL_ID |
同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 |
| COMPOUND_NAME |
化合物の名称です。 |
| SINGLE_REPEAT_TYPE |
in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。 |
| SEX_TYPE |
性別を表しています。 |
| STRAIN_TYPE |
in vivo試験におけるラットの系統を表しています。 |
| ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE |
化合物の投与経路を表しています。 |
| ANIMAL_AGE(week) |
in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。6週齢データのみが存在します。 |
| SACRIFICE_PERIOD |
in vivo試験における屠殺時間を表しています。 |
| DOSE |
投与量を表しています。 |
| DOSE_UNIT |
投与量の単位を表しています。 |
| DOSE_LEVEL |
投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 |
| TERMINAL_BW(g) |
屠殺時の体重 |
| LIVER(g) |
肝臓の重量 |
| KIDNEY_TOTAL(g) |
腎臓の重量 |
| KIDNEY_R(g) |
右腎の重量 |
| KIDNEY_L(g) |
左腎の重量 |
2.9 血液学情報
| データ名 |
血液学情報 |
| データ内容の説明 |
in vivo試験での血液学的検査のリストです。
|
| データファイル |
open_tggates_hematology.zip (636 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| EXP_ID |
実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 |
| GROUP_ID |
群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 |
| INDIVIDUAL_ID |
同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 |
| COMPOUND_NAME |
化合物の名称です。 |
| SINGLE_REPEAT_TYPE |
in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。 |
| SACRIFICE_PERIOD |
in vivo試験における屠殺時間を表しています。 |
| DOSE |
投与量を表しています。 |
| DOSE_UNIT |
投与量の単位を表しています。 |
| DOSE_LEVEL |
投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 |
| RBC(x10_4/ul) |
赤血球数 |
| Hb(g/dL) |
ヘモグロビン量 |
| Ht(%) |
ヘマトクリット値 |
| MCV(fL) |
平均赤血球容積 |
| MCH(pg) |
平均赤血球血色素量 |
| MCHC(%) |
平均赤血球血色素濃度 |
| Ret(%) |
網赤血球率 |
| Plat(x10_4/uL) |
血小板数 |
| WBC(x10_2/uL) |
白血球数 |
| Neu(%) |
好中球比 （白血球百分率） |
| Eos(%) |
好酸球比 （白血球百分率） |
| Bas(%) |
好塩基球比 （白血球百分率） |
| Mono(%) |
単球比 （白血球百分率） |
| Lym(%) |
リンパ球比 （白血球百分率） |
| PT(s) |
プロトロンビン時間 |
| APTT(s) |
活性化部分トロンボプラスチン時間 |
| Fbg(mg/dL) |
フィブリノーゲン量 |
2.10 血液化学情報
| データ名 |
血液化学情報 |
| データ内容の説明 |
in vivo試験での血液化学的検査の結果のリストです。
|
| データファイル |
open_tggates_biochemistry.zip (666 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| EXP_ID |
実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 |
| GROUP_ID |
群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 |
| INDIVIDUAL_ID |
同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 |
| COMPOUND_NAME |
化合物の名称です。 |
| SINGLE_REPEAT_TYPE |
in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。 |
| SACRIFICE_PERIOD |
in vivo試験における屠殺時間を表しています。 |
| DOSE |
投与量を表しています。 |
| DOSE_UNIT |
投与量の単位を表しています。 |
| DOSE_LEVEL |
投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 |
| ALP(IU/L) |
アルカリフォスファターゼ |
| TC(mg/dL) |
総コレステロール |
| TG(mg/dL) |
中性脂肪 |
| PL(mg/dL) |
リン脂質 |
| TBIL(mg/dL) |
総ビリルビン |
| DBIL(mg/dL) |
直接ビリルビン |
| GLC(mg/dL) |
グルコース |
| BUN(mg/dL) |
血中尿素窒素 |
| CRE(mg/dL) |
クレアチニン |
| Na(meq/L) |
ナトリウム |
| K(meq/L) |
カリウム |
| Cl(meq/L) |
塩素 |
| Ca(mg/dL) |
カルシウム |
| IP(mg/dL) |
無機リン |
| TP(g/dL) |
総蛋白質 |
| RALB(g/dL) |
アルブミン |
| A/G |
A/G比 （アルブミン・グロブリン比） |
| AST(IU/L) |
アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ |
| ALT(IU/L) |
アラニンアミノトランスフェラーゼ |
| LDH(IU/L) |
乳酸脱水素酵素 |
| GTP(IU/L) |
γグルタミルトランスペプチダーゼ |
2.11 体重情報
| データ名 |
体重情報 |
| データ内容の説明 |
in vivo試験におけるラット個体の体重の経過です。
なお屠殺時の体重は、臓器重量情報の中で記載しています。
|
| データファイル |
open_tggates_body_weight.zip (339 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| EXP_ID |
実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 |
| GROUP_ID |
群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 |
| INDIVIDUAL_ID |
同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 |
| COMPOUND_NAME |
化合物の名称です。 |
| DOSE_LEVEL |
投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 |
| SACRIFICE_PERIOD |
in vivo試験における屠殺時間を表しています。 |
| PROGRESS_TIME |
in vivo試験における体重測定日を表しています。単位はday(日)であり、投与開始日をday1としています。 |
| BODY_WT |
PROGRESS_TIME時の個体の体重を表しています。単位はg(グラム)です。 |
2.12 摂餌情報
| データ名 |
摂餌情報 |
| データ内容の説明 |
in vivo試験での摂餌量測定の結果のリストです。
|
| データファイル |
open_tggates_food_consumption.zip (108 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| EXP_ID |
実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 |
| GROUP_ID |
群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 |
| INDIVIDUAL_ID |
同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 |
| COMPOUND_NAME |
化合物の名称です。 |
| DOSE_LEVEL |
投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 |
| SACRIFICE_PERIOD |
in vivo試験における屠殺時間を表しています。 |
| PROGRESS_TIME |
in vivo試験における摂餌量測定日を表しています。単位はday(日)であり、投与開始日をday1としています。 |
| FC_AMOUNT |
各個体における飼料の１日摂取量を表しています。単位はg/day(グラム/日)です。 |
2.13 病理情報
| データ名 |
病理情報 |
| データ内容の説明 |
in vivo試験での病理所見のリストです。
|
| データファイル |
open_tggates_pathology.zip (89 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| BARCODE |
使用したGeneChipを識別するためのバーコードです。CELファイル名の拡張子を除いた部分はこのBARCODEと一致します。ただし、「No ChipData」のデータは、遺伝子発現解析実験を行っておりませんので、対応するCELファイルはありません。 |
| EXP_ID |
実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 |
| GROUP_ID |
群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 |
| INDIVIDUAL_ID |
同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 |
| COMPOUND_NAME |
化合物の名称です。 |
| DOSE_LEVEL |
投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 |
| SACRIFICE_PERIOD |
in vivo試験における屠殺時間を表しています。 |
| ORGAN |
臓器の種類を表しています。LiverとKidneyの2種類が存在します。 |
| FINDING_TYPE |
病変の種類を表しています。 |
| TOPOGRAPHY_TYPE |
病変が見られた臓器の部位を表しています。 |
| GRADE_TYPE |
病変における変化の程度を表しています。変化の程度の低い順にP(present)、minimal、slight、moderate、severeとなっています。 |
| SP_FLG |
病変が自然発生的に生じたものかどうかを示すフラグです。自然発生的に生じた病変の場合は1(簡易検索サイトではチェックボックスがオン)、そうではない場合は0(簡易検索サイトではチェックボックスがオフ)で表されます。 |
| PATHOLOGICAL_IMAGE |
病理標本（プレパラート）画像へのリンク(簡易検索サイトのみ) |
2.14 CELファイル同梱情報
| データ名 |
CELファイル同梱情報 |
| データ内容の説明 |
７つのデータ（CELファイル属性情報・細胞試料・細胞生存率情報・個体リスト・臓器重量情報・血液学情報・血液化学情報）を一つにまとめたテーブルです。遺伝子発現データ(CELファイル)から ダウンロードできるZIPファイルの各々には、関連部分を同じ形式でAttributes.tsvというファイル名で同梱しています。
|
| データファイル |
Open-tggates_AllAttribute.zip (1.8 MB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| BARCODE |
使用したGeneChipを識別するためのバーコードです。CELファイル名の拡張子を除いた部分はこのBARCODEと一致します。ただし、「No ChipData」のデータは、遺伝子発現解析実験を行っておりませんので、対応するCELファイルはありません。 |
| ARR_DESIGN |
GeneChipのデザイン名です。トキシコゲノミクスプロジェクトではHumanのチップはHG-U133_Plus_2、RatのチップはRat230_2を用いています。 |
| EXP_ID |
実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 |
| GROUP_ID |
群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 |
| INDIVIDUAL_ID |
同一群内で、in vivo試験における個体、in vitro試験における試料に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 |
| ORGAN |
臓器の種類を表しています。LiverとKidneyの2種類が存在します。 |
| MATERIAL_ID |
遺伝子発現データの取得に用いたサンプル切片を識別するためのIDです。Aから始まりB、Cという記号が付与されています。 |
| COMPOUND_NAME |
化合物の名称です。 |
| COMPOUND_ABBREVIATION |
化合物の略称です。 |
| COMPOUND_NO |
化合物識別のために割り振った番号です。通し番号となっておらず欠番も存在します。 |
| SPECIES |
生物種を表しています。 |
| EXP_TEST_TYPE |
実験系（in vivo試験、in vitro試験）を表しています。 |
| SINGLE_REPEAT_TYPE |
in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。 |
| SEX_TYPE |
性別を表しています。 |
| STRAIN_TYPE |
in vivo試験におけるラットの系統を表しています。 |
| ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE |
化合物の投与経路を表しています。 |
| ANIMAL_AGE(week) |
in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。6週齢データのみが存在します。 |
| SACRIFICE_PERIOD |
in vivo試験における屠殺時間、in vitro試験における曝露時間を表しています。 |
| DOSE |
投与量を表しています。 |
| DOSE_UNIT |
投与量の単位を表しています。 |
| DOSE_LEVEL |
投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 |
| 臓器の重量 |
| TERMINAL_BW(g) |
屠殺時の体重 |
| LIVER(g) |
肝臓の重量 |
| KIDNEY_TOTAL(g) |
腎臓の重量 |
| KIDNEY_R(g) |
右腎の重量 |
| KIDNEY_L(g) |
左腎の重量 |
| 血液学検査 |
| RBC(x10_4/ul) |
赤血球数 |
| Hb(g/dL) |
ヘモグロビン量 |
| Ht(%) |
ヘマトクリット値 |
| MCV(fL) |
平均赤血球容積 |
| MCH(pg) |
平均赤血球血色素量 |
| MCHC(%) |
平均赤血球血色素濃度 |
| Ret(%) |
網赤血球率 |
| Plat(x10_4/uL) |
血小板数 |
| WBC(x10_2/uL) |
白血球数 |
| Neu(%) |
好中球比 （白血球百分率） |
| Eos(%) |
好酸球比 （白血球百分率） |
| Bas(%) |
好塩基球比 （白血球百分率） |
| Mono(%) |
単球比 （白血球百分率） |
| Lym(%) |
リンパ球比 （白血球百分率） |
| PT(s) |
プロトロンビン時間 |
| APTT(s) |
活性化部分トロンボプラスチン時間 |
| Fbg(mg/dL) |
フィブリノーゲン量 |
| 血液化学検査 |
| ALP(IU/L) |
アルカリフォスファターゼ |
| TC(mg/dL) |
総コレステロール |
| TG(mg/dL) |
中性脂肪 |
| PL(mg/dL) |
リン脂質 |
| TBIL(mg/dL) |
総ビリルビン |
| DBIL(mg/dL) |
直接ビリルビン |
| GLC(mg/dL) |
グルコース |
| BUN(mg/dL) |
血中尿素窒素 |
| CRE(mg/dL) |
クレアチニン |
| Na(meq/L) |
ナトリウム |
| K(meq/L) |
カリウム |
| Cl(meq/L) |
塩素 |
| Ca(mg/dL) |
カルシウム |
| IP(mg/dL) |
無機リン |
| TP(g/dL) |
総蛋白質 |
| RALB(g/dL) |
アルブミン |
| A/G |
A/G比 （アルブミン・グロブリン比） |
| AST(IU/L) |
アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ |
| ALT(IU/L) |
アラニンアミノトランスフェラーゼ |
| LDH(IU/L) |
乳酸脱水素酵素 |
| GTP(IU/L) |
γグルタミルトランスペプチダーゼ |
| 細胞生存率 |
| DNA(%) |
ＤＮＡ含量を基に算出した相対生存率 |
| LDH(%) |
培養上清中に漏出したＬＤＨの活性値を基に算出した相対生存率 |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2011/03/18
本データベースは、以下で定める標準利用許諾及び追加利用許諾に基づきご利用いただくことができます。
標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。
標準利用許諾
本データベースの標準利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”トキシコゲノミクスプロジェクト, トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
追加利用許諾
1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。
2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。
3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
独立行政法人 医薬基盤研究所
創薬基盤研究部
トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト
〒567-0085 大阪府茨木市彩都あさぎ7-6-8
TEL:072-641-9826
E-mail: opentggates[at]nibio[dot]go[dot]jp
本データベースへのリンクについて
本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。
4. 更新履歴
| 更新日 |
更新内容 |
| 2012/07/04 |
ラットのin vivo試験における血液学情報および血液化学情報についてのデータを一部修正しました。修正したデータの詳細につきましては、下記のページをご覧ください。
データ修正について
|
| 2012/04/13 |
３つの簡易検索ページ（化合物リスト、個体リスト、病理情報）上の「Open TG-GATEs 病理写真データベース」へのリンクの追加と、それに伴うメタデータの変更を行いました（データ本体には追加や変更はありません）。 |
| 2012/02/24 |
トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト（TGP2）において取得された39化合物，約3000件のデータを追加するとともに、これまでアーカイブに含まれていなかった各種毒性情報（in vitro試験における細胞生存率やin vivo試験における肝臓・腎臓での病理所見・臓器重量・血液・体重・摂餌などの情報）を追加。 |
| 2011/09/16 |
ciprofloxacin, Rat, in vivo, Kidney, High Dose, 29dayに関する個体データ1件を修正しました。
修正範囲：open_tggates_attribute.zip内のCSVファイル, ciprofloxacin.Rat.in_vivo.Kidney.Repeat.zip内のAttribute.tsv
|
| 2011/03/18 |
生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2011/02/25 |
Open TG-GATEs(http://toxico.nibio.go.jp/)で公開開始 |
5. 参考文献
-
6.連絡先
「Open TG-GATEs」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
独立行政法人 医薬基盤研究所
創薬基盤研究部
トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト
〒567-0085 大阪府茨木市彩都あさぎ7-6-8
TEL:072-641-9826
E-mail: opentggates[at]nibio[dot]go[dot]jp