Open TG-GATEs 病理写真データベース

2012/04/13

Web Site: Open TG-GATEs 病理写真データベース
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/open-tggates-pathological-images/

160の化合物を用いて実施した動物試験で作製した肝臓および腎臓の病理標本の高解像度画像データベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. 病理写真情報
  3. 病理写真(SVS形式)
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Open TG-GATEs 病理写真データベース」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 病理写真情報

データ名 病理写真情報
データ内容の説明 「病理写真(SVS形式)」中の個々の高解像度デジタル画像についての情報です。
データファイル open_tggates_pathological_image.zip (370 KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
EXP_ID 実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040~となっています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。
GROUP_ID 群毎に付けられたIDです。01~16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。
INDIVIDUAL_ID 同一群内で、in vivo試験における個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。
COMPOUND_NAME 化合物の名称です。
ORGAN 臓器の種類を表しています。LiverとKidneyの2種類が存在します。
FILE_LOCATION HTTPSサイトの画像ファイルのパスです。
CAPTURE_NO/NO_OF_SAMPLE(n/n) 写真撮影番号と撮影枚数を表しています。例えば、1/2と表示されている場合は、1臓器について2枚のプレパラートが作製されており、そのうちの1枚目のプレパラートの写真であることを示しています。
SPECIES 生物種を表しています。
SINGLE_REPEAT_TYPE in vivo試験における投与回数(単回投与:Single、28日間反復投与:Repeat)を表しています。
ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE 化合物の投与経路を表しています。
ANIMAL_AGE(week) in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。
SACRIFICE_PERIOD in vivo試験における屠殺時間を表しています。
DOSE 投与量を表しています。
DOSE_UNIT 投与量の単位を表しています。

2.3 病理写真(SVS形式)

データ名 病理写真(SVS形式)
データ内容の説明 動物試験で作製した肝臓および腎臓のヘマトキシリン・エオジン染色病理標本(プレパラート)の高解像度デジタル画像です。
データファイル データファイル名: SVS形式のデジタル画像
データのURL: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/open-tggates-pathological-images/LATEST/images/
ファイルサイズ: 25 TB (SVSファイルの合計)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2011/03/18

本データベースは、以下で定める標準利用許諾及び追加利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。 追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。

標準利用許諾

Creative Commons License

本データベースの標準利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 トキシコゲノミクスプロジェクト, トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。

追加利用許諾

1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。

2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。

3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

独立行政法人 医薬基盤研究所
創薬基盤研究部
トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト
〒567-0085 大阪府茨木市彩都あさぎ7-6-8
TEL:072-641-9826
E-mail: opentggates[at]nibio[dot]go[dot]jp

本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2012/04/13 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2012/03/30 Open TG-GATEs 病理写真データベース(http://virtualslide.nibio.go.jp/Authenticate2.php)で公開開始
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5. 参考文献

-

6.連絡先

「Open TG-GATEs 病理写真データベース」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

独立行政法人 医薬基盤研究所
創薬基盤研究部
トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト
〒567-0085 大阪府茨木市彩都あさぎ7-6-8
TEL:072-641-9826
E-mail: opentggates[at]nibio[dot]go[dot]jp

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