The NAISTrap database

2010/03/31

WebSite: The NAISTrap database
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/naistrap_db

マウスES細胞中の遺伝子（あるいはその候補）をレトロウイルス型ベクターによってランダムにトラップ（破壊＋マーキング）して得たES細胞クローンのデータベース。 どのような遺伝子（あるいはその候補）がトラップされており、ベクターの挿入によってどの程度の欠失が作り出されているか、検索できるようになっている。 また、ジーントラップによって回収された遺伝子断片の実際の塩基配列を見ることもできる。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. トラップされた遺伝子に関する情報
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「The NAISTrap database」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 トラップされた遺伝子に関する情報

データ名 トラップされた遺伝子に関する情報
データ内容の説明 ES細胞クローンでトラップされた遺伝子の情報と、回収されたcDNA断片の塩基配列。585件。
データファイル naistrap_db.zip (107KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Clone number クローン番号
Trapped gene トラップ（破壊）された配列の相同性検索結果のトップヒットの遺伝子情報
Expression in ES cells ES細胞での遺伝子発現
NT: not tested
Identity トラップされた遺伝子の塩基配列の相同性検索結果のトップヒットのIdentity
CDS in mRNA mRNA内のコーディング領域
Deleted region 欠失のおきた領域
Trapped seq トラップされた塩基配列

データ中の各注釈の意味は下記になります。

(*) Ambiguity remains about the 5' border of the deleted region.
(**) "Unknown genes" stand for the DNA segments whose nucleotide sequences were either (1) found only in the genomic DNA contigs without any functional annotations or (2) not found anywhere in the current NCBI genome databases.
(***) The reverse (i.e., antisense) strand of a known gene was trapped.
(****) The trapped segment contained repetitive DNA sequences.

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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2010/03/31

本データベースは、以下で定める標準利用許諾及び追加利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。 追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。

3.1 標準利用許諾

Creative Commons License

本データベースの標準利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”The NAISTrap database, Copyright© 2010 石田 靖雅 (奈良先端科学技術大学院大学)　licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。

3.2 追加利用許諾

1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。

2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。

3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

〒630-0192　奈良県生駒市高山町8916番地の5（けいはんな学研都市）
奈良先端科学技術大学院大学　バイオサイエンス研究科　動物遺伝子機能学講座
石田 靖雅
E-mail: ishiday[at]bs[dot]naist[dot]jp

3.3 本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2010/03/31 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
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5. 参考文献

Matsuda E, Shigeoka T, Iida R, Yamanaka S, Kawaichi M, Ishida Y.
Expression profiling with arrays of randomly disrupted genes in mouse embryonic stem cells leads to in vivo functional analysis.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Mar 23;101(12):4170-4.
PMID: 15010531

6.連絡先

「The NAISTrap database」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒630-0192　奈良県生駒市高山町8916番地の5（けいはんな学研都市）
奈良先端科学技術大学院大学　バイオサイエンス研究科　動物遺伝子機能学講座
石田 靖雅
E-mail: ishiday[at]bs[dot]naist[dot]jp

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