Metabolonote

2016/06/22

Web Site: http://metabolonote.kazusa.or.jp/
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/metabolonote/

メタボロミクス研究で取得された実験データに対する詳細な実験手法の情報(メタデータ)を専門に管理するデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. Sample Set (SE)
  3. Sample (S)
  4. Analytical Method (M)
  5. Data Analysis (D)
  6. Analytical Method Details (MS)
  7. Data Analysis Details (DS)
  8. Annotation Method (AM)
  9. Sample Preparation (SS)
  10. Experimental Conditions
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Metabolonote」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 Sample Set (SE)

データ名 Sample Set (SE)
データ内容の説明 研究の目的に応じた実験データのまとまりについての情報。
どのサンプルをどのコントロールと比較するべきか等、データの解釈・取り扱いに関する情報を含む。
データファイル metabolonote_sample_set.zip (41 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Sample Set ID サンプルセットID
Title サンプルセット名
Description サンプルセット情報の詳細
実験の目的、サンプル間の関連性など、データを解釈する上での重要な概念を記述する。
Authors 著者
Reference 関連する文献情報
Comment コメント
Experimental Conditions Experimental Conditionsへのリンク (簡易検索ページのみ)
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2.3 Sample (S)

データ名 Sample (S)
データ内容の説明 分析したサンプルの調製方法に関する情報
データファイル metabolonote_sample.zip (110 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合)
Sample ID サンプルID (簡易検索ページでは"ID"に統合)
Title サンプル名
Organism - Scientific Name 生物 (学術名)
Organism - ID 生物 (TaxonomyID)
Compound - ID 化合物ID
Compound - Source 試薬入手情報
Preparation 生育方法、特定の処理、サンプリング部位、サンプリング方法、試薬の調製法等
Comment コメント
Analytical Method IDs Analytical Method (M)へのリンク (簡易検索ページのみ)
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2.4 Analytical Method (M)

データ名 Analytical Method (M)
データ内容の説明 サンプルを機器分析した方法に関する情報
データファイル metabolonote_analytical_method.zip (269 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"Sample ID"も含めて"ID"に統合)
Analytical Method ID 分析方法ID (簡易検索ページでは"Sample ID"も含めて"ID"に統合)
Title 分析名
Analytical Method Details ID 適用した分析詳細情報のID (簡易検索ページでは"Sample Set ID"も含める)
Sample Amount 使用したサンプル量
他サンプルとの比較のために、定量データをノーマライズするのに必要な情報
Comment コメント
Data Analysis IDs Data Analysis (D)へのリンク (簡易検索ページのみ)
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2.5 Data Analysis (D)

データ名 Data Analysis (D)
データ内容の説明 分析データをPC等で解析した方法に関する情報
データファイル metabolonote_data_analysis.zip (444 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"Sample ID"と"Analytical Method ID"も含めて"ID"に統合)
Data Analysis ID データ解析方法ID (簡易検索ページでは"Sample ID"と"Analytical Method ID"も含めて"ID"に統合)
Title データ解析方法名
Data Analysis Details ID データ解析方法詳細情報のID (簡易検索ページでは"Sample Set ID"も含める)
Recommended decimal places of mass 有効数字桁数
Comment コメント
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2.6 Analytical Method Details (MS)

データ名 Analytical Method Details (MS)
データ内容の説明 複数の分析実験に共通に適用した分析手法の詳細情報。
どのような装置をどのような設定で用いたか、などを含む。
M(Analytical Method)で参照されます。
データファイル metabolonote_analytical_method_details.zip (73 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合)
Analytical Method Details ID 分析詳細情報のID (簡易検索ページでは"ID"に統合)
Title 分析手法名
Instrument 機器の名前とベンダー名
Instrument Type 機器の種類
Ionization Method イオン化方法
Ion Mode ポジティブ分析、ネガティブ分析の区別
Description 分析方法の詳細
サンプルに依存する情報以外の、分析機器、条件の詳細をすべて記述する。
Comment_of_details コメント
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2.7 Data Analysis Details (DS)

データ名 Data Analysis Details (DS)
データ内容の説明 複数のデータ解析に共通して適用したデータ解析手法の詳細情報。
どのようなソフトウェアをどのようなパラメーターで解析したかなどを含む。
D(Data Analysis)で参照されます。
データファイル metabolonote_data_analysis_details.zip (67 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合)
Data Analysis Details ID データ解析手法詳細情報のID (簡易検索ページでは"ID"に統合)
Title 解析手法の詳細情報名
Description 解析手法の詳細
使ったソフトウェア、そこで採用したパラメーター等、データ解析法の詳細をすべて記述する。
Comment_of_details コメント
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2.8 Annotation Method (AM)

データ名 Annotation Method (AM)
データ内容の説明 どのような基準でピークのアノテーションをつけたかという情報。
データファイル metabolonote_annotation_method_details.zip (26 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合)
Annotation Method Details ID アノテーション方法ID (簡易検索ページでは"ID"に統合)
Title アノテーション方法名
Description アノテーションの詳細
どのような判断基準でアノテーションを付けたか。
Comment_of_details コメント
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2.9 Sample Preparation (SS)

データ名 Sample Preparation (SS)
データ内容の説明 複数のサンプルに共通に適用した調整方法の詳細情報。
生体サンプルなら、どのような成育をさせたか、どんな薬剤処理をしたか、どの部位をサンプリングしたか、などを含む。
S(Sample)で参照されます。
データファイル metabolonote_sample_preparation_details.zip (13 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合)
Sample Preparation ID サンプル調製方法の詳細情報のID (簡易検索ページでは"ID"に統合)
Title サンプル調製方法名
Description サンプル調製方法の詳細
生体サンプルであれば成育・栽培・培養方法や、薬剤処理などの詳細を記述する。分析手法に依存する化合物抽出方法などは、ここではなくMSに記載する。
Comment_of_details コメント
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2.10 Experimental Conditions

データ名 Experimental Conditions
データ内容の説明 実験サンプルについての情報を、分析情報やデータ解析情報などの情報も含めて、一覧としてまとめたもの。
データファイル metabolonote_experimental_conditions.zip (15 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Data Analysis ID データ解析方法ID
Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索では非表示)
Sample Set サンプルセット名
Sample ID サンプルID (簡易検索では非表示)
Sample サンプル名
Analytical Method ID 分析方法ID (簡易検索では非表示)
Sample Amount 使用したサンプル量
Sample Comment サンプルに関するコメント
Analytical Method Details ID 分析詳細情報のID (簡易検索では非表示)
Analytical Method Details 分析手法名
Data Analysis Details ID データ解析方法詳細情報のID (簡易検索では非表示)
Data Analysis Details 解析手法の詳細情報名
Recommended decimal places of mass 有効数字桁数
Annotation Method ID アノテーション方法ID (簡易検索では非表示)
Annotation Method アノテーション方法名
Sample Preparation ID サンプル調製方法の詳細情報のID (簡易検索では非表示)
Sample Preparation サンプル調製方法名
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2016/06/22

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Metabolonote licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0(もしくは、それ以降のバージョン)、またはCC表示-継承互換ライセンス(リストはこちら)の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先:
〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2-6-7
公益財団法人 かずさDNA研究所
櫻井 望
Tel : 0438-52-3900
Mail : metabolonote[at]kazusa[dot]or[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2016/06/22 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始。
2012/12/28 Metabolonote (http://webs2.kazusa.or.jp/metabolonote/)で公開開始
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5. 参考文献

Ara T, Enomoto M, Arita M, Ikeda C, Kera K, Yamada M, Nishioka T, Ikeda T, Nihei Y, Shibata D, Kanaya S and Sakurai N (2015)
Metabolonote: a wiki-based database for managing hierarchical metadata of metabolome analyses.
Front Bioeng Biotechnol 3: 38
PMID: 25905099

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6. 連絡先

「Metabolonote」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒292-0818
千葉県木更津市かずさ鎌足2-6-7
Tel : 0438-52-3900
Mail : metabolonote[at]kazusa[dot]or[dot]jp

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