Metabolonote
2016/06/22Web Site: http://metabolonote.kazusa.or.jp/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/metabolonote/
メタボロミクス研究で取得された実験データに対する詳細な実験手法の情報（メタデータ）を専門に管理するデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
- README
- Sample Set (SE)
- Sample (S)
- Analytical Method (M)
- Data Analysis (D)
- Analytical Method Details (MS)
- Data Analysis Details (DS)
- Annotation Method (AM)
- Sample Preparation (SS)
- Experimental Conditions
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「Metabolonote」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 Sample Set (SE)
| データ名 | Sample Set (SE) |
| データ内容の説明 | 研究の目的に応じた実験データのまとまりについての情報。 どのサンプルをどのコントロールと比較するべきか等、データの解釈・取り扱いに関する情報を含む。 |
| データファイル | metabolonote_sample_set.zip (41 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Sample Set ID | サンプルセットID |
| Title | サンプルセット名 |
| Description | サンプルセット情報の詳細 実験の目的、サンプル間の関連性など、データを解釈する上での重要な概念を記述する。 |
| Authors | 著者 |
| Reference | 関連する文献情報 |
| Comment | コメント |
| Experimental Conditions | Experimental Conditionsへのリンク (簡易検索ページのみ) |
2.3 Sample (S)
| データ名 | Sample (S) |
| データ内容の説明 | 分析したサンプルの調製方法に関する情報 |
| データファイル | metabolonote_sample.zip (110 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Sample Set ID | サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合) |
| Sample ID | サンプルID (簡易検索ページでは"ID"に統合) |
| Title | サンプル名 |
| Organism - Scientific Name | 生物 （学術名） |
| Organism - ID | 生物 （TaxonomyID) |
| Compound - ID | 化合物ID |
| Compound - Source | 試薬入手情報 |
| Preparation | 生育方法、特定の処理、サンプリング部位、サンプリング方法、試薬の調製法等 |
| Comment | コメント |
| Analytical Method IDs | Analytical Method (M)へのリンク (簡易検索ページのみ) |
2.4 Analytical Method (M)
| データ名 | Analytical Method (M) |
| データ内容の説明 | サンプルを機器分析した方法に関する情報 |
| データファイル | metabolonote_analytical_method.zip (269 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Sample Set ID | サンプルセットID (簡易検索ページでは"Sample ID"も含めて"ID"に統合) |
| Analytical Method ID | 分析方法ID (簡易検索ページでは"Sample ID"も含めて"ID"に統合) |
| Title | 分析名 |
| Analytical Method Details ID | 適用した分析詳細情報のID (簡易検索ページでは"Sample Set ID"も含める) |
| Sample Amount | 使用したサンプル量 他サンプルとの比較のために、定量データをノーマライズするのに必要な情報 |
| Comment | コメント |
| Data Analysis IDs | Data Analysis (D)へのリンク (簡易検索ページのみ) |
2.5 Data Analysis (D)
| データ名 | Data Analysis (D) |
| データ内容の説明 | 分析データをPC等で解析した方法に関する情報 |
| データファイル | metabolonote_data_analysis.zip (444 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Sample Set ID | サンプルセットID (簡易検索ページでは"Sample ID"と"Analytical Method ID"も含めて"ID"に統合) |
| Data Analysis ID | データ解析方法ID (簡易検索ページでは"Sample ID"と"Analytical Method ID"も含めて"ID"に統合) |
| Title | データ解析方法名 |
| Data Analysis Details ID | データ解析方法詳細情報のID (簡易検索ページでは"Sample Set ID"も含める) |
| Recommended decimal places of mass | 有効数字桁数 |
| Comment | コメント |
2.6 Analytical Method Details (MS)
| データ名 | Analytical Method Details (MS) |
| データ内容の説明 | 複数の分析実験に共通に適用した分析手法の詳細情報。 どのような装置をどのような設定で用いたか、などを含む。 M（Analytical Method）で参照されます。 |
| データファイル | metabolonote_analytical_method_details.zip (73 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Sample Set ID | サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合) |
| Analytical Method Details ID | 分析詳細情報のID (簡易検索ページでは"ID"に統合) |
| Title | 分析手法名 |
| Instrument | 機器の名前とベンダー名 |
| Instrument Type | 機器の種類 |
| Ionization Method | イオン化方法 |
| Ion Mode | ポジティブ分析、ネガティブ分析の区別 |
| Description | 分析方法の詳細 サンプルに依存する情報以外の、分析機器、条件の詳細をすべて記述する。 |
| Comment_of_details | コメント |
2.7 Data Analysis Details (DS)
| データ名 | Data Analysis Details (DS) |
| データ内容の説明 | 複数のデータ解析に共通して適用したデータ解析手法の詳細情報。 どのようなソフトウェアをどのようなパラメーターで解析したかなどを含む。 D（Data Analysis）で参照されます。 |
| データファイル | metabolonote_data_analysis_details.zip (67 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Sample Set ID | サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合) |
| Data Analysis Details ID | データ解析手法詳細情報のID (簡易検索ページでは"ID"に統合) |
| Title | 解析手法の詳細情報名 |
| Description | 解析手法の詳細 使ったソフトウェア、そこで採用したパラメーター等、データ解析法の詳細をすべて記述する。 |
| Comment_of_details | コメント |
2.8 Annotation Method (AM)
| データ名 | Annotation Method (AM) |
| データ内容の説明 | どのような基準でピークのアノテーションをつけたかという情報。 |
| データファイル | metabolonote_annotation_method_details.zip (26 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Sample Set ID | サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合) |
| Annotation Method Details ID | アノテーション方法ID (簡易検索ページでは"ID"に統合) |
| Title | アノテーション方法名 |
| Description | アノテーションの詳細 どのような判断基準でアノテーションを付けたか。 |
| Comment_of_details | コメント |
2.9 Sample Preparation (SS)
| データ名 | Sample Preparation (SS) |
| データ内容の説明 | 複数のサンプルに共通に適用した調整方法の詳細情報。 生体サンプルなら、どのような成育をさせたか、どんな薬剤処理をしたか、どの部位をサンプリングしたか、などを含む。 S（Sample）で参照されます。 |
| データファイル | metabolonote_sample_preparation_details.zip (13 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Sample Set ID | サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合) |
| Sample Preparation ID | サンプル調製方法の詳細情報のID (簡易検索ページでは"ID"に統合) |
| Title | サンプル調製方法名 |
| Description | サンプル調製方法の詳細 生体サンプルであれば成育・栽培・培養方法や、薬剤処理などの詳細を記述する。分析手法に依存する化合物抽出方法などは、ここではなくMSに記載する。 |
| Comment_of_details | コメント |
2.10 Experimental Conditions
| データ名 | Experimental Conditions |
| データ内容の説明 | 実験サンプルについての情報を、分析情報やデータ解析情報などの情報も含めて、一覧としてまとめたもの。 |
| データファイル | metabolonote_experimental_conditions.zip (15 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Data Analysis ID | データ解析方法ID |
| Sample Set ID | サンプルセットID (簡易検索では非表示) |
| Sample Set | サンプルセット名 |
| Sample ID | サンプルID (簡易検索では非表示) |
| Sample | サンプル名 |
| Analytical Method ID | 分析方法ID (簡易検索では非表示) |
| Sample Amount | 使用したサンプル量 |
| Sample Comment | サンプルに関するコメント |
| Analytical Method Details ID | 分析詳細情報のID (簡易検索では非表示) |
| Analytical Method Details | 分析手法名 |
| Data Analysis Details ID | データ解析方法詳細情報のID (簡易検索では非表示) |
| Data Analysis Details | 解析手法の詳細情報名 |
| Recommended decimal places of mass | 有効数字桁数 |
| Annotation Method ID | アノテーション方法ID (簡易検索では非表示) |
| Annotation Method | アノテーション方法名 |
| Sample Preparation ID | サンプル調製方法の詳細情報のID (簡易検索では非表示) |
| Sample Preparation | サンプル調製方法名 |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2016/06/22
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Metabolonote licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。
本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2-6-7
公益財団法人 かずさDNA研究所
櫻井 望
Tel : 0438-52-3900
Mail : metabolonote[at]kazusa[dot]or[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2016/06/22 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始。 |
| 2012/12/28 | Metabolonote (http://webs2.kazusa.or.jp/metabolonote/)で公開開始 |
5. 参考文献
Ara T, Enomoto M, Arita M, Ikeda C, Kera K, Yamada M, Nishioka T, Ikeda T, Nihei Y, Shibata D, Kanaya S and Sakurai N (2015)Metabolonote: a wiki-based database for managing hierarchical metadata of metabolome analyses.
Front Bioeng Biotechnol 3: 38
PMID: 25905099
6. 連絡先
「Metabolonote」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
〒292-0818
千葉県木更津市かずさ鎌足2-6-7
Tel : 0438-52-3900
Mail : metabolonote[at]kazusa[dot]or[dot]jp