Medaka EST Database
2012/12/27WebSite: Medaka EST Database
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/medaka_est_db
メダカEST、迅速マッピングシステムM-marker 2003、オリゴチップmedaka microarray 8Kのデータ
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
- README
- メダカ cDNAクローン情報
- メダカ cDNAクローン毎のホモロジー検索(blastx)結果
- メダカ cDNAクローン毎の遺伝子発現の局在部位
- メダカ cDNAクローン毎の遺伝子発現の局在部位 画像ファイル
- メダカ cDNAライブラリ
- M-marker 2003
- Medaka Microarray 8Kのクローンリスト
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「Medaka EST Database」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 メダカ cDNAクローン情報
| データ名 | メダカ cDNAクローン情報 |
| データ内容の説明 | メダカcDNAの5'EST、3'ESTの配列情報や、5'、3'ごとにクラスタリングしたクラスター情報、blastxのトップヒット。47017件。 |
| データファイル | medaka_est_db_clone.zip (13.4MB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Clone name | クローン名 |
| F cluster | 5'ESTのクラスター |
| R cluster | 3'ESTのクラスター |
| Top blastx | blastxのトップヒット |
| Expression | Expression Patternにデータが存在する場合、クローン名が表示される。TogoDB版では、Expression Patternへのリンク |
| Link to UniGene | クローン名。TogoDB版では、UniGeneへのリンク |
| 5' sequence | 5'ESTの塩基配列 |
| Link to dbEST(5' seq) | クローン名。TogoDB版では、5'ESTのNCBI dbESTへのリンク |
| 3' sequence | 3'ESTの塩基配列 |
| Link to dbEST(3' seq) | クローン名。TogoDB版では、3'ESTのNCBI dbESTへのリンク |
2.3 メダカ cDNAクローン毎のホモロジー検索(blastx)結果
| データ名 | メダカ cDNAクローン毎のホモロジー検索(blastx)結果 |
| データ内容の説明 | メダカEST配列を、公共タンパク質データベース（NCBI nr）に対してblastxによる相同性検索を行った結果。 blastxヒットリストのうち、各ヒットのアラインメント情報を一つの行に記載。1078478件。 |
| データファイル | medaka_est_db_homology.zip (25.1MB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Clone name | クローン名 |
| Value | blastx結果のE-value |
| Score | blastx結果のスコア |
| Hit | blastxによってヒットしたタンパク質の由来データベース名、ID、アノテーション。 |
2.4 メダカ cDNAクローン毎の遺伝子発現の局在部位
| データ名 | メダカ cDNAクローン毎の遺伝子発現の局在部位 |
| データ内容の説明 | クローン毎に遺伝子の発現の局在部位を画像で示したもの。1000件。 |
| データファイル | medaka_est_db_expression.zip (28KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Clone name | クローン名 |
| Image | 画像ファイル名。TogoDBでは、画像が表示される。 |
| Expression Pattern | 局在部位 |
| Stage | 発生段階 |
| Top blastx | blastxのトップヒット。TogoDB版では、cDNAクローン毎のホモロジー検索(blastx)結果ヘのリンク。 |
2.5 メダカ cDNAクローン毎の遺伝子発現の局在部位 画像ファイル
| データ名 | メダカ cDNAクローン毎の遺伝子発現の局在部位 画像ファイル |
| データ内容の説明 | メダカ cDNAクローン毎の遺伝子発現の局在部位 画像ファイル。1000個のJPEGファイルをZIP形式で圧縮している。画像ファイル名は、(クローンのr clusterのID)+(.jpg)となる。 |
| データファイル | medaka_est_db_expression_images.zip (51.5MB) |
2.6 メダカ cDNAライブラリ
| データ名 | メダカ cDNAライブラリ |
| データ内容の説明 | Medaka のcDNAライブラリ情報。3件。 |
| データファイル | medaka_est_db_lib.zip (1KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Library | ライブラリ名 |
| RNA source | RNAを取得したメダカの系統、発生段階、使用部位の情報 |
| Vector | ベクター名 |
| Cloning site | クローニングに用いた制限酵素 |
| Library size | ライブラリのサイズ |
2.7 M-marker 2003
| データ名 | M-marker 2003 |
| データ内容の説明 | 迅速マッピングシステム M-marker 2003で使用されるプライマー情報と、各メダカ系統におけるＰＣＲ産物のゲル画像。 北と南のメダカ系統間でPCR断片長多型を示すESTマーカーが染色体ごとに２つずつ選ばれており、変異のマッピングが可能。48件。 |
| データファイル | medaka_est_db_mmarker.zip (1.88MB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| LG | 連鎖群（Linkage Group、染色体) |
| Gene Name (EST) | 遺伝子名またはEST名 |
| Forward Primer | 順方向プライマー配列 |
| Reverse Primer | 逆方向プライマー配列 |
| Small Gel Image | ゲル画像（小）とその注釈（系統名、染色体上の位置） |
| Large Gel Image | ゲル画像（大） |
2.8 Medaka Microarray 8Kのクローンリスト
| データ名 | Medaka Microarray 8Kのクローンリスト |
| データ内容の説明 | オリゴDNAマイクロアレイ「Medaka Microarray 8K」に載せられたクローンのリスト。 クラスター8,091種を選択し、3' ESTをもとにしてアジレントテクノロジー社により60-merオリゴヌクレオチドを合成。8091件。 |
| データファイル | medaka_est_db_microarray_clone.zip (104KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| LG | 連鎖群（Linkage Group、染色体) |
| Gene Name (EST) | 遺伝子名またはEST名 |
| Forward Primer | 順方向プライマー配列 |
| Reverse Primer | 逆方向プライマー配列 |
| Small Gel Image | ゲル画像（小）とその注釈（系統名、染色体上の位置） |
| Large Gel Image | ゲル画像（大） |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2012/12/27
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
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”Medaka EST Database, Copyright© 武田 洋幸（東京大学） licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、
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クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
こちらです。
具体的な許諾条項は
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本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
113-0033 文京区本郷7-3-1
東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻
動物科学大講座動物発生学研究室・動物発生学研究室
Tel: 03-5841-4431
Fax: 03-5841-4993
E-mail: htakeda[at]biol[dot]s[dot]u-tokyo[dot]ac[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2012/12/27 | ・データベースの説明ページにてオリジナルサイト公開終了を案内 ・データベース運用場所のURLを更新 ・利用許諾を更新 |
| 2010/09/17 | ・生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2005/05/25 | ・データ更新 |
| 2003/01/10 | ・Medaka EST Database(http://medaka.lab.nig.ac.jp/)で公開開始 |
5. 参考文献
Kimura T, Jindo T, Narita T, Naruse K, Kobayashi D, Shin-I T, Kitagawa T, Sakaguchi T, Mitani H, Shima A, Kohara Y, Takeda H.Mech Dev. 2004 Jul;121(7-8):915-3
PMID: 15210196
6.連絡先
「Medaka EST Database」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
113-0033 文京区本郷7-3-1
東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻
動物科学大講座動物発生学研究室・動物発生学研究室
Tel: 03-5841-4431
Fax: 03-5841-4993
E-mail: htakeda[at]biol[dot]s[dot]u-tokyo[dot]ac[dot]jp