脊索動物尾索類マボヤの遺伝子発現とESTのデータベース。なおβ版であり、アーカイブにはESTデータ部分を収録した。
データ名 | README |
データ内容 | 「MAGEST」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
ダウンロードファイル名 | README.html(日本語) |
データ名 | コンティグ |
データ内容の説明 | マボヤESTをアセンブルして得られたコンセンサス配列のアノテーションや配列情報。11299件。 |
データファイル | magest_contig.zip (5.37MB) |
項目名 | 主キー | 外部キー | 項目の説明 |
---|---|---|---|
Contig ID | ○ | コンティグのID | |
EST ID | このコンティグを構成するESTのID群。TogoDB版では、ESTのID群のテーブルへのリンク | ||
Swiss-Prot | Swiss-Protに対するblastxによる相同性検索のトップヒット | ||
Swiss-Prot ID | 上記のエントリのアクセッション番号。TogoDB版では、UniProtへのリンク | ||
KEGG GENES | KEGG GENESに対する相同性検索のトップヒット | ||
KEGG GENES ID | KEGG GENESに対する相同性検索のトップヒットのID。TogoDB版では、KEGG GENESへのリンク | ||
Ciona | JGI-Cionaに対する相同性検索のトップヒット | ||
Ciona ID | JGI-Cionaに対する相同性検索のトップヒットのID。TogoDB版では、JGIへのリンク。 | ||
KEGG Orthology | 関連するKEGG OrthologyのEntryとName | ||
KEGG Orthology ID | 関連するKEGG OrthologyのEntry。TogoDB版では、KEGG Orhologyのリンク | ||
NT sequence | コンセンサス塩基配列 | ||
Length of NT sequence | 塩基配列の長さ | ||
AA sequence | コンセンサス塩基配列から翻訳されたアミノ酸配列 | ||
Length of AA sequence | アミノ酸配列の長さ |
データ名 | クローン |
データ内容の説明 | マボヤの各発生段階から得られたcDNAクローンの情報。60037件。 |
データファイル | magest_clone.zip (530KB) |
項目名 | 主キー | 外部キー | 項目の説明 |
---|---|---|---|
Clone ID | ○ | クローンのID | |
Stage | クローンを得た発生段階 FE:受精卵(fertilized egg) CL:卵割期(cleavage stage) GS:原腸胚(gastrula) NR:神経胚(neurula) |
||
Contig ID | ○ | このクローンのESTが含まれるコンティグのID | |
5' EST | ○ | 5'ESTのID | |
3' EST | ○ | 3'ESTのID |
データ名 | EST |
データ内容の説明 | マボヤESTの配列情報。 102190件。 |
データファイル | magest_est.zip (17.2MB) |
項目名 | 主キー | 外部キー | 項目の説明 |
---|---|---|---|
EST ID | ○ | ESTのID | |
Contig ID | ○ | このESTが含まれるコンティグのID | |
Clone ID | ○ | このESTが得られたクローンのID | |
EST type | EST塩基配列の読み取り方向。5'側の場合、5であり、3'側の場合、3となる。 | ||
Stage |
クローンを得た発生段階 FE:受精卵(fertilized egg) CL:卵割期(cleavage stage) GS:原腸胚(gastrula) NR:神経胚(neurula) |
||
NT sequence | 塩基配列 | ||
Length of NT sequence | 塩基配列の長さ | ||
Comment | "Singleton"とある場合、このESTは他のESTとコンティグを形成しないことを示す |
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更新日 | 更新内容 |
2010/09/27 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
2006/03 | MAGEST V2.0 Beta(http://magest.hgc.jp/)で公開開始 |
E-mail: shuichi[at]hgc[dot]jp