MAGEST

2010/09/27

WebSite: MAGEST
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/magest

脊索動物尾索類マボヤの遺伝子発現とESTのデータベース。なおβ版であり、アーカイブにはESTデータ部分を収録した。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. コンティグ
  3. クローン
  4. EST
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「MAGEST」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 コンティグ

データ名 コンティグ
データ内容の説明 マボヤESTをアセンブルして得られたコンセンサス配列のアノテーションや配列情報。11299件。
データファイル magest_contig.zip (5.37MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
Contig ID   コンティグのID
EST ID     このコンティグを構成するESTのID群。TogoDB版では、ESTのID群のテーブルへのリンク
Swiss-Prot     Swiss-Protに対するblastxによる相同性検索のトップヒット
Swiss-Prot ID     上記のエントリのアクセッション番号。TogoDB版では、UniProtへのリンク
KEGG GENES     KEGG GENESに対する相同性検索のトップヒット
KEGG GENES ID     KEGG GENESに対する相同性検索のトップヒットのID。TogoDB版では、KEGG GENESへのリンク
Ciona     JGI-Cionaに対する相同性検索のトップヒット
Ciona ID     JGI-Cionaに対する相同性検索のトップヒットのID。TogoDB版では、JGIへのリンク。
KEGG Orthology     関連するKEGG OrthologyのEntryとName
KEGG Orthology ID     関連するKEGG OrthologyのEntry。TogoDB版では、KEGG Orhologyのリンク
NT sequence     コンセンサス塩基配列
Length of NT sequence     塩基配列の長さ
AA sequence     コンセンサス塩基配列から翻訳されたアミノ酸配列
Length of AA sequence     アミノ酸配列の長さ

2.3 クローン

データ名 クローン
データ内容の説明 マボヤの各発生段階から得られたcDNAクローンの情報。60037件。
データファイル magest_clone.zip (530KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
Clone ID   クローンのID
Stage    クローンを得た発生段階
 FE:受精卵(fertilized egg)
 CL:卵割期(cleavage stage)
 GS:原腸胚(gastrula)
 NR:神経胚(neurula)
Contig ID   このクローンのESTが含まれるコンティグのID
5' EST   5'ESTのID
3' EST   3'ESTのID

2.4 EST

データ名 EST
データ内容の説明 マボヤESTの配列情報。 102190件。
データファイル magest_est.zip (17.2MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
EST ID   ESTのID
Contig ID   このESTが含まれるコンティグのID
Clone ID   このESTが得られたクローンのID
EST type     EST塩基配列の読み取り方向。5'側の場合、5であり、3'側の場合、3となる。
Stage     クローンを得た発生段階
 FE:受精卵(fertilized egg)
 CL:卵割期(cleavage stage)
 GS:原腸胚(gastrula)
 NR:神経胚(neurula)
NT sequence     塩基配列
Length of NT sequence     塩基配列の長さ
Comment     "Singleton"とある場合、このESTは他のESTとコンティグを形成しないことを示す
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2010/09/27

本データベースは、以下で定める標準利用許諾及び追加利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。 追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。

3.1 標準利用許諾

Creative Commons License

本データベースの標準利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”MAGEST, Copyright© 2010 真壁 和裕 (徳島大学), 川島 秀一 (東京大学), 西田宏記 (大阪大学), 川島武士 (独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構)  licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。

3.2 追加利用許諾

1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。

2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。

3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

E-mail: shuichi[at]hgc[dot]jp

3.3 本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2010/09/27 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2006/03 MAGEST V2.0 Beta(http://magest.hgc.jp/)で公開開始
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5. 参考文献

Kawashima T, Kawashima S, Kohara Y, Kanehisa M, Makabe KW
Update of MAGEST: Maboya Gene Expression patterns and Sequence Tags.
Nucleic Acids Res. 2002 Jan 1;30(1):119-20.
PMID: 11752271

Kawashima T, Kawashima S, Kanehisa M, Nishida H, Makabe KW.
MAGEST: MAboya gene expression patterns and sequence tags.
Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):133-5.
PMID: 10592202

6.連絡先

「MAGEST」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

E-mail: shuichi[at]hgc[dot]jp

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