KOME
2014/10/22
Web Site:
http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/
HTTPS Site:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/kome/
イネ完全長cDNAプロジェクトにおいて収集、全長塩基配列が決定されたイネ由来の完全長cDNAクローンの情報を収録したデータベース
README 目次
- ダウンロードデータの構成
- ダウンロードデータの説明
- 本データベースの利用許諾
- 更新履歴
- 参考文献
- 連絡先
1. ダウンロードデータの構成
- README
- Main
- Basical information
- Mapping data
- Mapping data detail
- Mapping Pseudomolecule data
- Mapping Pseudomolecule data detail
- GenBank blastn search result
- GenBank blastx search result
- Genome annotations
- Product annotations
- Japonica genome blast search result
- Indica genome blast search result
- RMOS blastn result
- Tos17 link result
- PLACE search result
- ORF information
- Arabidopsis CDS blastp result
- PIR search result
- SwissProt search result
- UniProt search blastx result
- InterPro search result
- Blocks search result
- GO classification GenBank
- GO classification InterPro
- GO classification Arabidopsis
- Memsat search result
- pSort search result
- RPD link result
- Nucleotide Sequence
- Trimming information
- Amino Acid Sequence
- OPS index
- All 3' EST
- All 5' EST
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 |
README |
| データ内容 |
「KOME」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 |
README.html（日本語） |
2.2 Main
| データ名 |
Main |
| データ内容の説明 |
データのリスト |
| データファイル |
kome_main.zip (1.3 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| Category |
データのカテゴリ |
| Title |
データのタイトル |
| Description |
データの説明 |
| Sequence data file |
fastaファイルのデータファイル名 |
| Data file (CSV) |
CSVファイルのデータファイル名 |
| Data file (TogoDB) |
簡易検索サイト(TogoDB)のテーブル名 |
2.3 Basical information
| データ名 |
Basical information |
| データ内容の説明 |
完全長cDNAクローンの基本情報 |
| データファイル |
kome_basical_information.zip (607 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
KOMEに掲載されている全完全長cDNAクローンは日本DNAデータバンク(DDBJ)に登録されている。
この項目はDDBJにおける該当クローンのアクセッション番号を示している。 |
| CLONE_ID |
完全長cDNAクローン１つ１つに固有のID |
| BELONG |
完全長cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS） |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| CLUSTER_ID |
完全長のクラスターＩＤ。
完全長クローン同士でBlastnを実行した時に閾値1e-180以下で相同性が認められるものを同一クラスターとしている。
Cluster IDはその通し番号である。 |
| LENGTH |
完全長cDNAの塩基配列数 |
| POLYA_CUT_LENGTH |
ポリA領域なしの完全長cDNAの塩基配列数 |
| SEQ_QUALITY |
完全長cDNAの配列中に含まれるＮ以外の割合 |
| POLYA_CUT_SEQ_QUALITY |
ポリA領域なしの完全長cDNAの配列中に含まれるＮ以外の割合 |
| SEQ_ACCURACY |
完全長cDNAのシークエンスの精度情報。
シークエンス時の塩基毎の解読精度の平均値を算出している。 |
| LIBRARY |
該当クローンを抽出する時に用いられたライブラリーの情報。
そのライブラリを作成した試料の器官、処理条件等について記述されている。 |
2.4 Mapping data
| データ名 |
Mapping data |
| データ内容の説明 |
ジャポニカ種のIRGSPイネゲノム配列とのマッピング情報 |
| データファイル |
kome_mapping_data.zip (723 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| BAC_ACCESSION_NO |
マッピングされたBACのアクセッション番号 |
| CHROMOSOME |
マッピングされたBACの染色体番号 |
| BAC_START_POS |
BAC上のアラインメント開始位置 |
| BAC_END_POS |
BAC上のアラインメント終端位置 |
| CDNA_START_POS |
cDNA上のアラインメント開始位置 |
| CDNA_END_POS |
cDNA上のアラインメント終端位置 |
| STRAND |
マッピングされたcDNAストランドの向き |
| TU_ID |
マッピングされたTU(Transcriptional Unit)のID |
2.5 Mapping data detail
| データ名 |
Mapping data detail |
| データ内容の説明 |
ジャポニカ種のIRGSPイネゲノム配列との詳細なマッピング情報 |
| データファイル |
kome_mapping_data_detail.zip (2.3 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| BAC_ACCESSION_NO |
マッピングされたBACのアクセッション番号 |
| CHROMOSOME |
マッピングされたBACの染色体番号 |
| BAC_START_POS |
BAC上のエキソン開始位置 |
| BAC_END_POS |
BAC上のエキソン終端位置 |
| CDNA_START_POS |
cDNA上のエキソン開始位置 |
| CDNA_END_POS |
cDNA上のエキソン終端位置 |
| STRAND |
マッピングされたcDNAストランドの向き |
| TU_ID |
マッピングされたTU(Transcriptional Unit)のID |
2.6 Mapping Pseudomolecule data
| データ名 |
Mapping Pseudomolecule data |
| データ内容の説明 |
TIGR japonica Pseudomoleculesとのマッピング情報 |
| データファイル |
kome_mapping_pseudomolecule_data.zip (719 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| HIT_NUMBER |
cDNAクローンのマッピングサイト数 |
| PSEUDOMOLECULE |
マッピングされたpseudomoleculeの名称 |
| CHROMOSOME |
マッピングされたpseudomoleculeの染色体番号 |
| CHR_START_POS |
pseudomolecule上のアラインメント開始位置 |
| CHR_END_POS |
pseudomolecule上のアラインメント終端位置 |
| CDNA_START_POS |
cDNA上のアラインメント開始位置 |
| CDNA_END_POS |
cDNA上のアラインメント終端位置 |
| STRAND |
マッピングされたcDNAストランドの向き |
| TU_ID |
マッピングされたTU(Transcriptional Unit)のID |
2.7 Mapping Pseudomolecule data detail
| データ名 |
Mapping Pseudomolecule data detail |
| データ内容の説明 |
TIGR japonica Pseudomoleculesとの詳細なマッピング情報 |
| データファイル |
kome_mapping_pseudomolecule_data_detail.zip (2.5 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| HIT_NUMBER |
cDNAクローンのマッピングサイト数 |
| PSEUDOMOLECULE |
マッピングされたpseudomoleculeのアクセッション番号 |
| CHROMOSOME |
マッピングされたpseudomoleculeの染色体番号 |
| CHR_START_POS |
pseudomolecule上のエキソン開始位置 |
| CHR_END_POS |
pseudomolecule上のエキソン終端位置 |
| CDNA_START_POS |
cDNA上のエキソン開始位置 |
| CDNA_END_POS |
cDNA上のエキソン終端位置 |
| STRAND |
マッピングされたcDNAストランドの向き |
| TU_ID |
マッピングされたTU(Transcriptional Unit)のID |
2.8 GenBank blastn search result
| データ名 |
GenBank blastn search result |
| データ内容の説明 |
GenBankの塩基配列に対してblastn検索した結果 |
| データファイル |
kome_genbank_blastn_search_result.zip (24 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| RANK |
blast検索結果の順位 |
| ACCESSION |
GenBankエントリのアクセッション番号 |
| DEFINITION |
GenBankクローンの定義 |
| DIVISION |
GenBankのディビジョン |
| SCORE |
blastn検索のスコア |
| EXPECT |
blastn検索の期待値 |
| IDENTITIES |
配列の同一性 |
| STRAND1_1 |
データベース配列のストランドの向き（常にPlus） |
| STRAND1_2 |
クエリ配列のストランドの向き |
2.9 GenBank blastx search result
| データ名 |
GenBank blastx search result |
| データ内容の説明 |
GenBankのアミノ酸配列に対してblastx検索した結果 |
| データファイル |
kome_genbank_blastx_search_result.zip (34 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| RANK |
blast検索結果の順位 |
| ACCESSION |
GenBankエントリのアクセッション番号 |
| DEFINITION |
GenBankクローンの定義 |
| DIVISION |
GenBankのディビジョン |
| SCORE |
blastx検索のスコア |
| EXPECT |
blastx検索の期待値 |
| IDENTITIES |
配列の同一性 |
| FRAME |
完全長cDNAクローンの翻訳されたフレーム |
2.10 Genome annotations
| データ名 |
Genome annotations |
| データ内容の説明 |
Genbankのblastn/x検索結果の中からイネゲノム関連で最も相同性が高いヒットを抽出した結果 |
| データファイル |
kome_genome_annotation.zip (514 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| BLAST_TYPE |
Blastのタイプ (blastnまたはblastx) |
| HIT_ACCESION |
GenBankエントリのアクセッション番号 |
| DIVISION |
GenBankのディビジョン |
| DEFINITION |
GenBankクローンの定義 |
| RANK |
blast検索結果の順位 |
| SCORE |
blastn/x検索のスコア |
| EXPECT |
blastn/x検索の期待値 |
2.11 Product annotations
| データ名 |
Product annotations |
| データ内容の説明 |
Genbank blastn/x の検索結果の中からタンパク質産物や機能関連で最も相同性が高いヒットを抽出した結果 |
| データファイル |
kome_product_annotation.zip (815 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| BLAST_TYPE |
Blastのタイプ (blastnまたはblastx) |
| HIT_ACCESION |
GenBankエントリのアクセッション番号 |
| DIVISION |
GenBankのディビジョン |
| DEFINITION |
GenBankクローンの定義 |
| RANK |
blast検索結果の順位 |
| SCORE |
blastn/x検索のスコア |
| EXPECT |
blastn/x検索の期待値 |
2.12 Japonica genome blast search result
| データ名 |
Japonica genome blast search result |
| データ内容の説明 |
ジャポニカ種のイネゲノム配列に対してblastn検索した結果 |
| データファイル |
kome_japonica_genome_blast_search_result.zip (802 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| BAC_ACCESSION_NO |
GenBankエントリのアクセッション番号 |
| DEFINITION |
GenBankエントリの定義 |
| EXPECT |
blastn検索の期待値 |
| SCORE |
blastn検索のスコア |
2.13 Indica genome blast search result
| データ名 |
Indica genome blast search result |
| データ内容の説明 |
インディカ種のイネゲノム配列に対してblastn検索した結果（上部ヒットのみ） |
| データファイル |
kome_indica_genome_blast_search_result.zip (338 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| INDICA_ACCESSION |
GenBankエントリのアクセッション番号 |
| DEFINITION |
GenBankエントリの定義 |
| EXPECT |
blastn検索の期待値 |
| SCORE |
blastn検索のスコア |
| STRAND |
cDNAストランドの向き |
2.14 RMOS blastn result
| データ名 |
RMOS blastn result |
| データ内容の説明 |
コメESTマイクロアレイ（G-アレイ）に対してblastn検索した結果 |
| データファイル |
kome_rmos_blastn_result.zip (74 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| ARRAY_ELEMENT |
G-Arrayプローブのエレメント |
| PROBE_ACCESSION |
G-Arrayプローブのアクセッション番号 |
| PROBE_CLONE_NAME |
G-Arrayプローブのクローン名 |
| EXPECT |
blastn検索の期待値 |
| SCORE |
blastn検索のスコア |
2.15 Tos17 link result
| データ名 |
Tos17 link result |
| データ内容の説明 |
Tos17ミュータントクローンとの対応情報 |
| データファイル |
kome_tos17_link_result.zip (49 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| FULL_CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| TOS_NAME |
Tos17クローン名 |
| BAC_ACCESSION_NO |
マッピングされたBACのアクセッション番号 |
| TOS_INSERT_POSITION |
BAC上のTos17クローンの挿入位置 |
| cDNA_START_POSITION |
cDNA上のTos17クローンの開始位置 |
| cDNA_END_POSITION |
cDNA上のTos17クローンの終端位置 |
2.16 PLACE search result
| データ名 |
PLACE search result |
| データ内容の説明 |
PLACE：シス作用調節DNAエレメントのデータベースに対してシグナル検索した結果 |
| データファイル |
kome_place_search_result.zip (43 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| HIT_NO |
sigscan検索の順位 |
| SIGNAL_NAME |
シグナルエレメントの名称 |
| SIGNAL_TYPE |
シグナルのタイプ |
| LOCATION |
シグナルの位置 |
| STRAND |
クエリcDNA配列のストランドの向き |
| SIGNAL_SEQ |
シグナル配列 |
| SIGNAL_ID |
PLACEのシグナルエレメントID |
2.17 ORF information
| データ名 |
ORF information |
| データ内容の説明 |
最長ORFの情報 |
| データファイル |
kome_orf_infomation.zip (526 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| FRAME_NO |
フレーム番号 |
| START_POSITION |
最長のORFの開始位置 |
| STOP_POSITION |
最長のORFの終端位置 |
| LENGTH |
最長のORFの長さ |
| OCCUPATION |
完全長cDNAの塩基配列上の占有率 |
2.18 Arabidopsis CDS blastp result
| データ名 |
Arabidopsis CDS blastp result |
| データ内容の説明 |
Arabidopsis thaliana予想CDS（コーディング領域）に対するblastp検索結果 |
| データファイル |
kome_arabidopsis_cds_blastp_result.zip (3.6 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| MIPS_CODE |
Arabidopsis thalianaのMIPSコード |
| DEFINITION |
Arabidopsis thalianaのCDSの定義 |
| EXPECT |
blastp検索の期待値 |
| SCORE |
blastp検索のスコア |
2.19 PIR search result
| データ名 |
PIR search result |
| データ内容の説明 |
PIRプロテインデータベースでblastx検索した結果 |
| データファイル |
kome_pir_search_result.zip (29 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| RANK |
blast検索結果の順位 |
| PIR_ACCESSION |
PIRタンパク質データベースでのアクセッション番号 |
| DEFINITION |
PIRタンパク質の定義 |
| EXPECT |
blastx検索の期待値 |
| SCORE |
blastx検索のスコア |
2.20 SwissProt search result
| データ名 |
SwissProt search result |
| データ内容の説明 |
SwissProtプロテインデータベースに対してblastx検索した結果 |
| データファイル |
kome_swissprot_search_result.zip (30 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| RANK |
blast検索結果の順位 |
| DEFINITION |
SwissProtタンパク質の定義 |
| ENTRY_NAME |
SwissProtタンパク質の名称 |
| EXPECT |
blastx検索の期待値 |
| SCORE |
blastx検索のスコア |
2.21 UniProt search blastx result
| データ名 |
UniProt search blastx result |
| データ内容の説明 |
UniProtプロテインデータベースに対してblastx検索した結果 |
| データファイル |
kome_uniprot_search_blastx_result.zip (1.4 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| RANK |
blast検索結果の順位 |
| UNIPROT ID |
Uniprot ID |
| DEFINITION |
Uniprotタンパク質の定義 |
| EXPECT |
blastx検索の期待値 |
| SCORE |
blastx検索のスコア |
2.22 InterPro search result
| データ名 |
InterPro search result |
| データ内容の説明 |
InterProモチーフデータベースの検索結果 |
| データファイル |
kome_interpro_search_result.zip (2.1 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| INTERPRO_ID |
InterProでのモチーフのID |
| INTERPRO_NAME |
InterProでのモチーフの名称 |
| METHOD |
モチーフ検索プログラム |
| ACCESSION_ID |
モチーフのアクセッション番号 |
| SHORT_NAME |
モチーフの短い名称 |
| LOCATION |
モチーフの位置 |
| EXPECT |
InterPro検索結果の期待値 |
2.23 Blocks search result
| データ名 |
Blocks search result |
| データ内容の説明 |
Blocksモチーフデータベースの検索結果 |
| データファイル |
kome_blocks_search_result.zip (60 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| RANK |
blocks検索結果の順位 |
| ACCESSION |
blocksモチーフのアクセッション番号 |
| DESCRIPTION |
blocksモチーフの説明 |
| STRENGTH |
blimps検索の強度 |
| SCORE |
blimps検索のスコア |
| RF |
Reading Frame （アミノ酸配列のため常に0） |
| POSITION |
モチーフの位置 |
| MOTIF_SEQ |
blocksモチーフのアミノ酸配列 |
| MOTIF_LENGTH |
blocksモチーフのアミノ酸の長さ |
2.24 GO classification GenBank
| データ名 |
GO classification GenBank |
| データ内容の説明 |
GenBankの相同性検索結果を元にGO(遺伝子オントロジー)分類した結果 |
| データファイル |
kome_go_classification_genbank.zip (4.9 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| GO_ACCESSION |
遺伝子オントロジーのアクセッション番号 |
2.25 GO classification InterPro
| データ名 |
GO classification InterPro |
| データ内容の説明 |
InterProモチーフ検索結果を元にGO(遺伝子オントロジー)分類した結果 |
| データファイル |
kome_go_classification_interpro.zip (645 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| GO_ACCESSION |
遺伝子オントロジーのアクセッション番号 |
2.26 GO classification Arabidopsis
| データ名 |
GO classification Arabidopsis |
| データ内容の説明 |
Arabidopsis thalianaの予想CDSへの相同性検索結果を元にGO(遺伝子オントロジー)分類した結果 |
| データファイル |
kome_go_classification_arabidopsis.zip (418 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| GO_ACCESSION |
遺伝子オントロジーのアクセッション番号 |
2.27 Memsat search result
| データ名 |
Memsat search result |
| データ内容の説明 |
memsatによる膜貫通領域予測（疎水性アミノ酸配列予測）の結果 |
| データファイル |
kome_memsat_search_result.zip (209 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| COUNT |
膜貫通領域の数 |
| WAY |
5 '末端の向き |
2.28 pSort search result
| データ名 |
pSort search result |
| データ内容の説明 |
PSORTを用いた細胞内局在予測結果 |
| データファイル |
kome_psort_search_result.zip (823 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| RANK |
PSORT予測の順位 |
| TARGET |
シグナルのターゲットとなる細胞小器官 |
| CERTAINTY |
PSORT予測の確実性 |
| SCORE |
WoLF PSORTのスコア |
2.29 RPD link result
| データ名 |
RPD link result |
| データ内容の説明 |
Rice Proteome Database におけるタンパク質を表示 |
| データファイル |
kome_rpd_link_result.zip (14 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| RPD_ID |
完全長cDNAクローンに対応するイネプロテオームデータベースにおけるタンパク質のID |
| SCORE |
blastn検索のスコア |
| COVERAGE |
タンパク質のカバレッジ |
2.30 Nucleotide Sequence
| データ名 |
Nucleotide Sequence |
| データ内容の説明 |
完全長cDNAの塩基配列（トリミングされた配列） |
| データファイル |
CSV形式: kome_ine_full_sequence_db.zip (19 MB)
FASTA形式: kome_ine_full_sequence_db.fasta.zip (21 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_ID |
完全長cDNAクローンのID |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| CLUSTER_ID |
クラスターID |
| BELONG |
cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS） |
| SEQUENCE |
塩基配列 |
2.31 Trimming information
| データ名 |
Trimming information |
| データ内容の説明 |
該当クローンの塩基配列のうち、ベクター配列の混入であると予想される部分、ポリＡ配列であると予想される部分を排除済みの塩基配列。このような配列は32127クローン中161件存在する。 |
| データファイル |
kome_trimming_information.zip (63 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION_NO |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| BELONG |
cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS） |
| SEQ_DATA |
トリミング後の配列データ |
| TRIM_TOP |
元の配列にトリミングした後の開始位置 |
| TRIM_END |
元の配列にトリミングした後の終端位置 |
| TRIM_LENGTH |
トリミング後の配列の長さ |
2.32 Amino Acid Sequence
| データ名 |
Amino Acid Sequence |
| データ内容の説明 |
完全長cDNAクローンの最長ORF部分をアミノ酸に翻訳した配列。最長ORFを予測出来なかったものについては表示されない。 |
| データファイル |
CSV形式: kome_ine_full_sequence_amino_db.zip (7.4 MB)
FASTA形式: kome_ine_full_sequence_amino_db.fasta.zip (7.7 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| ACCESSION |
完全長cDNAクローンのアクセッション番号 |
| CLONE_ID |
完全長cDNAのID |
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| CLUSTER_ID |
クラスターID |
| BELONG |
完全長cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS） |
| SEQUENCE |
アミノ酸配列 |
2.33 OPS index
| データ名 |
OPS index |
| データ内容の説明 |
OPS (Oryza Partial Sequence) のインデックス。完全長クローン名と3'及び5'EST名の対応。解読済みのESTのみ。 |
| データファイル |
kome_ops_index.zip (2.6 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| CLONE_NAME |
完全長cDNAクローンの名称 |
| 3'EST_NAME |
3 'ESTの名称 |
| 5'EST_NAME |
5 'ESTの名称 |
2.34 All 3' EST
| データ名 |
All 3' EST |
| データ内容の説明 |
3端EST配列 |
| データファイル |
CSV形式: kome_est_3end_all.zip (70 MB)
FASTA形式: kome_est_3end_all.fasta.zip (76 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| 3'EST_NAME |
3 'ESTの名称 |
| SEQUENCE |
3 'ESTの配列 |
2.35 All 5' EST
| データ名 |
All 5' EST |
| データ内容の説明 |
5端EST配列 |
| データファイル |
CSV形式: kome_est_5end_all.zip (26 MB)
FASTA形式: kome_est_5end_all.fasta.zip (27 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|
| 5'EST_NAME |
5 'ESTの名称 |
| SEQUENCE |
5 'ESTの配列 |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2013/07/30
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。
本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、
”KOME © 菊池 尚志 (農業生物資源研究所) licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、
利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
こちらです。
具体的な許諾条項は
こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒305-8602 茨城県つくば市観音台２－１－２
国立研究開発法人 農業生物資源研究所 作物ゲノム研究ユニット
菊池 尚志
E-mail: skikuchi[at]nias[dot]affrc[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 |
更新内容 |
| 2014/10/22 |
データの一括ダウンロードサイトは閉鎖されたため、そのURLを削除 |
| 2013/12/17 |
統括サイトのURLを変更 |
| 2013/07/30 |
生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2003/07/18 |
KOME (http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/) で公開開始 |
5. 参考文献
Rice Full-Length cDNA Consortium; National Institute of Agrobiological Sciences Rice Full-Length cDNA Project Team, Kikuchi S*, Satoh K, Nagata T, Kawagashira N, Doi K, Kishimoto N, Yazaki J, Ishikawa M, Yamada H, Ooka H, Hotta I, Kojima K, Namiki T, Ohneda E, Yahagi W, Suzuki K, Li CJ, Ohtsuki K, Shishiki T;
Foundation of Advancement of International Science Genome Sequencing & Analysis Group, Otomo Y, Murakami K, Iida Y, Sugano S, Fujimura T, Suzuki Y, Tsunoda Y, Kurosaki T, Kodama T, Masuda H, Kobayashi M, Xie Q, Lu M, Narikawa R, Sugiyama A, Mizuno K, Yokomizo S, Niikura J, Ikeda R, Ishibiki J, Kawamata M, Yoshimura A, Miura J, Kusumegi T, Oka M, Ryu R, Ueda M, Matsubara K;
RIKEN, Kawai J, Carninci P, Adachi J, Aizawa K, Arakawa T, Fukuda S, Hara A, Hashizume W, Hayatsu N, Imotani K, Ishii Y, Itoh M, Kagawa I, Kondo S, Konno H, Miyazaki A, Osato N, Ota Y, Saito R, Sasaki D, Sato K, Shibata K, Shinagawa A, Shiraki T, Yoshino M, Hayashizaki Y, Yasunishi A.
Collection, mapping, and annotation of over 28,000 cDNA clones from japonica rice
Science 2003 July 18; Vol.301 no.5631: pp.376-379
PMID: 12869764
Satoh K, Doi K, Nagata T, Kishimoto N, Suzuki K, Otomo Y, Kawai J, Nakamura M, Hirozane-Kishikawa T, Kanagawa S, Arakawa T, Takahashi-Iida J, Murata M, Ninomiya N, Sasaki D, Fukuda S, Tagami M, Yamagata H, Kurita K, Kamiya K, Yamamoto M, Kikuta A, Bito T, Fujitsuka N, Ito K, Kanamori H, Choi IR, Nagamura Y, Matsumoto T, Murakami K, Matsubara K, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S.
Gene organization in rice revealed by full-length cDNA mapping and gene expression analysis through microarray
PLoS One. 2007 Nov 28; 2(11):e1235.
PMID: 18043742
6. 連絡先
「KOME」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
〒305-8602 茨城県つくば市観音台２－１－２
国立研究開発法人 農業生物資源研究所 作物ゲノム研究ユニット
菊池 尚志
E-mail: skikuchi[at]nias[dot]affrc[dot]go[dot]jp