KNApSAcK Family

2013/03/12

Web Site: KNApSAcK Family
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/knapsack/

生物種と代謝物の関係および薬用・食用植物の機能性に関するデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. 生物種-代謝物関係データ
  3. 代謝物機能データ
  4. 生物活性データ
  5. 食用植物データ
  6. 漢方処方データ
  7. 漢方生薬データ
  8. ジャム配合データ
  9. ジャムハーブデータ
  10. 世界の薬用/食用植物データ
  11. 二次代謝反応データ
  12. 二次代謝反応酵素遺伝子データ
  13. 病気と食材の関係性データ（食材データ）
  14. 病気と食材の関係性データ（代謝物データ）
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「KNApSAcK Family」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 生物種-代謝物関係データ

データ名 生物種-代謝物関係データ
データ内容の説明 生物種とその生物における代謝物の関係について、研究者が多くの論文を読んで整理し、データベース化して収録した。
データファイル knapsack_core.zip (2.4 MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
C_ID 代謝物と生物種の対毎に付与されたID
CAS RN CAS登録番号
Metabolite 代謝物の名称
Molecular Formula 代謝物の組成式
Organism 生物種名
Kingdom 生物種の界名
Family 生物種の科名
Genus 生物種の属名
Reference 参考

2.3 代謝物機能データ

データ名 代謝物機能データ
データ内容の説明 代謝物において報告された機能について収録している。
データファイル knapsack_function.zip (121 KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Name 代謝物名称
Formula 組成式
C_ID KNApSAcK ID
Function 機能
Target 機能が対象とする生物
Reference 参考文献

2.4 生物活性データ

データ名 生物活性データ
データ内容の説明 生物活性について、研究者が多くの論文を読んで整理し、33,706対の生薬（1,399）- 生物活性（2,418）をデータベース化して収録した。
データファイル knapsack_biologicalactivity_core.zip (335 KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
種名 種名
KNApSAcK Core Link Core System (生物種-代謝物関係データ)へのリンク (簡易検索サイトのみ)
健康・薬用・効能 (英語) 健康・薬用・効能 (英語)
健康・薬用・効能 (日本語) 健康・薬用・効能 (日本語)
書籍 参考文献

2.5 食用植物データ

データ名 食用植物データ
データ内容の説明 食品の機能性について、研究者が多くの論文を読んで整理し、709種をデータベース化して収録した。
データファイル knapsack_lunchboxcore.zip (288 KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
大分類 生物種の大分類
種名 生物種の名称
学名 (一般名) 生物種の学名 (一般)
科名 生物種の科名
原産 原産
日本伝来 日本伝来
概説 概説
食用 食用
健康促進・薬用 健康促進・薬用
一般文献 一般文献
加工品 加工品
画像 画像へのリンク (簡易検索サイトのみ)

2.6 漢方処方データ

データ名 漢方処方データ
データ内容の説明 1,581種の漢方処方について、研究者が多くの論文を読んで整理し、データベース化して収録した。
データファイル knapsack_kampo_core.zip (54 KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
漢方名[Kampo Name] 漢方の名称 (漢字)
漢方名[Rome] 漢方の名称 (ローマ字)
漢方名[Kana] 漢方の名称 (かな)
文献[Reference] 参考文献
生薬名[Herb Name] 生薬の名称
書籍 書籍

2.7 漢方生薬データ

データ名 漢方生薬データ
データ内容の説明 漢方に用いられる278種の生薬について、研究者が多くの論文を読んで整理し、データベース化して収録した。
データファイル knapsack_kampo_syoyaku.zip (14 KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
生薬名 (漢字) 生薬の名称 (漢字)
生薬名 (カナ) 生薬の名称 (カナ)
慣用名 慣用の名称 (英語)
学名 学名
文献[Reference] 参考文献
効能[Effect] 効能
効能グループ[EffectGroup] 効能グループ
その他[Note] その他記載

2.8 ジャム配合データ

データ名 ジャム配合データ
データ内容の説明 5,310種のジャム（インドネシア生薬）配合処方について、研究者が多くの論文を読んで整理し、データベース化して収録した。
データファイル knapsack_jamu_core.zip (251 KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Company or Reference 企業名或いは文献
Jamu Name ジャムのブランド名称
Jamu Effect 効能
Jamu Effect Group 効能グループ
Ingredient Herbs ジャムに配合されたハーブの名称
Jamu Source ジャムの情報元

2.9 ジャムハーブデータ

データ名 ジャムハーブデータ
データ内容の説明 ジャム（インドネシア生薬）に含まれる1,133種のハーブデータについて、研究者が多くの論文を読んで整理し、データベース化して格納した。
データファイル knapsack_jamu_herb.zip (58 KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Herb Name ハーブ名
Herb Name (Indonesia) ハーブ名（インドネシア）
Herb Name (English/Chinese) ハーブ名（英語、中国語）
Position of Plants 植物の部位
Effect 効能
Comment その他記述
Reference 文献
Scientific Names 学名

2.10 世界の薬用/食用植物データ

データ名 世界の薬用/食用植物データ
データ内容の説明 48,256対の薬用植物と使用国（217GZ）の関係について、研究者が多くの論文を読んで整理し、データベース化して収録した。
データファイル knapsack_worldcore.zip (523 KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
国名 国名（日本語）
国名(正式) 国名（正式：英語）
国名(略式) 国名（略式：英語）
国番号 国番号
地域 地域
Species Name 生物種名
Purpose 目的
Reference 文献

2.10 二次代謝反応データ

データ名 二次代謝反応データ
データ内容の説明 薬用植物の有効成分の生合成過程を理解する為に、関連する酵素と反応の情報を格納したデータセットです。例えば、Flavonoid, Alkaloid, Terpenenoidに関する酵素やcytochrome P450の情報が含まれています。
データファイル knapsack_motorcycle_reaction.zip (151 KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
krid 反応ID
enzyme 酵素名
kegg id KEGG番号
ec EC番号
equation 反応
C-class 代謝物分類-1
C-subclass 代謝物分類-2
final product 最終生成物
eclass 酵素分類
reaction_mechanism 反応メカニズム
pathway 反応経路図

2.10 二次代謝反応酵素遺伝子データ

データ名 二次代謝反応酵素遺伝子データ
データ内容の説明 薬用植物の有効成分の生合成過程を理解する為に、反応の各酵素に関する遺伝子情報を格納したデータセットです。例えば、Flavonoid, Alkaloid, Terpenenoid, P450に関する酵素の情報が含まれています。
データファイル knapsack_motorcycle_gene.zip (239 KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
krid 反応ID
speceis 生物種
gene_name 遺伝子名
reference 文献
amino_seq アミノ酸配列
accession Accession No.

2.10 病気と食材の関係性データ

データ名 病気と食材の関係性データ
データ内容の説明 肥満、高血圧、高脂血症などの生活習慣病を防ぐ為に有効な食材および食材の成分（代謝物）の関係性を示すデータです。
データファイル knapsack_dietnavi_food.zip (53 KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
食材名 食材名
学名 学名
効能 効能
機能性天然物 機能性天然物
文献 文献

2.10 病気と代謝物の関係性データ

データ名 病気と代謝物の関係性データ
データ内容の説明 肥満、高血圧、高脂血症などの生活習慣病を防ぐ為に有効な食材の成分（代謝物）の関係性を示すデータです。
データファイル knapsack_dietnavi_metabolite.zip (32 KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
代謝物名 代謝物和名
英名 代謝物英語名
機能 機能
文献 文献
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2012/03/30

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”KNApSAcK Family © 金谷 重彦 (奈良先端科学技術大学院大学) licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
〒630-0192　奈良県生駒市高山町8916−5
奈良先端科学技術大学院大学　情報科学研究科　金谷重彦
Tel: (教授)0743-72-5952　(秘書)0743-72-5257
Fax: 0743-72-5258
E-mail: skanaya[at]gtc[dot]naist[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2013/03/12 データベースの説明ページを更新。
「ジャム配合データ」および「ジャムハーブデータ」のデータ説明を更新。
下記4件のデータを追加。
  • 二次代謝反応データ
  • 二次代謝反応酵素遺伝子データ
  • 病気と食材の関係性データ
  • 病気と代謝物の関係性データ
2012/10/10 データベースの説明ページに論文の書誌情報を1件追加
2012/03/30 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2008/07/01 KNApSAcK Family(http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK_Family/)で公開開始
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5. 参考文献

Farit Mochamad Afendi, Taketo Okada, Mami Yamazaki, Aki Hirai-Morita, Yukiko Nakamura, Kensuke Nakamura, Shun Ikeda, Hiroki Takahashi, Md. Altaf-Ul-Amin1, Latifah K. Darusman, Kazuki Saito and Shigehiko Kanaya.
KNApSAcK Family Databases: Integrated Metabolite-Plant Species Databases for Multifaceted Plant Research
Plant Cell Physiol., 53,e1.1-11,(2012). doi:10.1093/pcp/pcr165
PMID:22123792

6. 連絡先

「KNApSAcK Family」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒630-0192
奈良県生駒市高山町8916−5
Tel: (教授)0743-72-5952　(秘書)0743-72-5257
Fax: 0743-72-5258
E-mail: skanaya[at]gtc[dot]naist[dot]jp

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