KNApSAcK Motorcycle
2014/02/28Web Site: KNApSAcK Motorcycle
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/knapsack-motorcycle/
植物、細菌、菌類などの有効成分の生合成過程に関する二次代謝反応データベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「KNApSAcK Motorcycle」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 二次代謝反応データ
| データ名 | 二次代謝反応データ |
| データ内容の説明 | 薬用植物の有効成分の生合成過程を理解する為に、関連する酵素と反応の情報を格納したデータセットです。例えば、Flavonoid, Alkaloid, Terpenenoidに関する酵素やcytochrome P450の情報が含まれています。 |
| データファイル | knapsack_motorcycle_reaction.zip (151 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| krid | 反応ID |
| enzyme | 酵素名 |
| kegg id | KEGG番号 |
| ec | EC番号 |
| equation | 反応 |
| C-class | 代謝物分類-1 |
| C-subclass | 代謝物分類-2 |
| final product | 最終生成物 |
| eclass | 酵素分類 |
| reaction_mechanism | 反応メカニズム |
| pathway | 反応経路図 |
2.3 二次代謝反応酵素遺伝子データ
| データ名 | 二次代謝反応酵素遺伝子データ |
| データ内容の説明 | 薬用植物の有効成分の生合成過程を理解する為に、反応の各酵素に関する遺伝子情報を格納したデータセットです。例えば、Flavonoid, Alkaloid, Terpenenoid, P450に関する酵素の情報が含まれています。 |
| データファイル | knapsack_motorcycle_gene.zip (239 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| krid | 反応ID |
| speceis | 生物種 |
| gene_name | 遺伝子名 |
| reference | 文献 |
| amino_seq | アミノ酸配列 |
| accession | Accession No. |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2012/03/30
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、
”KNApSAcK Family © 金谷 重彦 (奈良先端科学技術大学院大学) licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、
利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
こちらです。
具体的な許諾条項は
こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒630-0192 奈良県生駒市高山町8916−5
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 金谷重彦
Tel: (教授)0743-72-5952 (秘書)0743-72-5257
Fax: 0743-72-5258
E-mail: skanaya[at]gtc[dot]naist[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2014/02/28 | KNApSAcK Family からKNApSAcK Motorcycle を選り抜いて公開 |
| 2013/03/12 | データベースの説明ページを更新。 「ジャム配合データ」および「ジャムハーブデータ」のデータ説明を更新。 下記4件のデータを追加。
|
| 2012/10/10 | データベースの説明ページに論文の書誌情報を1件追加 |
| 2012/03/30 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2008/07/01 | KNApSAcK Family(http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK_Family/)で公開開始 |
5. 参考文献
Farit Mochamad Afendi, Taketo Okada, Mami Yamazaki, Aki Hirai-Morita, Yukiko Nakamura, Kensuke Nakamura, Shun Ikeda, Hiroki Takahashi, Md. Altaf-Ul-Amin1, Latifah K. Darusman, Kazuki Saito and Shigehiko Kanaya.KNApSAcK Family Databases: Integrated Metabolite-Plant Species Databases for Multifaceted Plant Research
Plant Cell Physiol., 53,e1.1-11,(2012). doi:10.1093/pcp/pcr165
PMID:22123792
6. 連絡先
「KNApSAcK Motorcycle」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
〒630-0192
奈良県生駒市高山町8916−5
Tel: (教授)0743-72-5952 (秘書)0743-72-5257
Fax: 0743-72-5258
E-mail: skanaya[at]gtc[dot]naist[dot]jp