KNApSAcK MetalMine

2018/06/26

Web Site: http://metalmine.mydns.jp/metalmine/index.html
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/knapsack-metalmine/

金属イオン結合タンパク質のデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. タンパク質金属イオン結合サイト
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「KNApSAcK MetalMine」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 タンパク質金属イオン結合サイト

データ名 タンパク質金属イオン結合サイト
データ内容の説明

金属イオン結合蛋白質に関するリストです。
データファイル knapsack_metalmine_main.zip (13.7 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
 Index  イオンID
 Metal  金属名
 Protein Name  タンパク質名
 SCOP ID  SCOP-ID
 Metal Ion  金属イオン
 Residues  金属が結合するアミノ酸残基
 PDB ID  PDB-ID
 PDB Files  PDBファイル数
 PDB Sites  PDBサイト数
 EC  EC番号
 Remark  備考
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2014/8/28

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”MetalMine c 中村建介 (前橋工科大学) licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。データベース作成者連絡先：
    〒371-0816　群馬県前橋市上佐鳥町460-1
    前橋工科大学 生命情報学科　中村 建介
    E-mail: knakamura[at]maebashi-it[dot]ac[dot]jp

 

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2018/06/26 "データベースの運用場所"を変更
2018/06/15 オリジナルサイトのURL (http://metalmine.mydns.jp/metalmine/index.html)を変更
2014/08/28 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2009/08/16 MetalMine (http://metalmine.naist.jp/) で公開開始
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5. 参考文献

K.Nakamura, A.Hirai, Md.Altaf-Ul-Amin, H. Takahashi
MetalMine: a database of functional metal-binding sites in proteins
Plant Biotechnology, vol.26, 517-521, 2009

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6. 連絡先

「KNApSAcK MetalMine」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

中村 建介
　前橋工科大学 生命情報学科
　〒371-0816
　群馬県前橋市上佐鳥町460-1
E-mail: knakamura[at]maebashi-it[dot]ac[dot]jp

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