KNApSAcK Core

2019/08/09

Web Site: http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/top.html
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/knapsack-core/

二次代謝物と生物種の関係についてのデータベース

README 目次

1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
3. 本データベースの利用許諾
4. 更新履歴
5. 参考文献
6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

1. README
2. 生物種-代謝物関係データ
3. 代謝物機能データ

2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名	README
データ内容	「KNApSAcK Core」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名	README.html (日本語)

2.2 生物種-代謝物関係データ

データ名	生物種-代謝物関係データ
データ内容の説明	生物種とその生物における代謝物の関係について、研究者が多くの論文を読んで整理し、データベース化して収録した。
データファイル	knapsack_core.zip (2.3 MB) SD.zip (構造式画像ファイル) (191 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
C_ID	代謝物と生物種の対毎に付与されたID
CAS RN	CAS登録番号
Metabolite	代謝物の名称
Molecular Formula	代謝物の組成式
Organism	生物種名
Kingdom	生物種の界名
Family	生物種の科名
Genus	生物種の属名
SMILES	代謝物の組成式をSMILESで表したもの
InChI	代謝物の組成式をInChIKeyで表したもの
InChIKey	代謝物の組成式をInChIKeyで表したもの
Reference	参考
Structural formula	代謝物の組成式画像ファイル名（簡易検索ではサムネイルを表示）

2.3 代謝物機能データ

データ名	代謝物機能データ
データ内容の説明	代謝物において報告された機能について収録している。
データファイル	knapsack_function.zip (121 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Name	代謝物名称
Formula	組成式
C_ID	KNApSAcK ID
Function	機能
Target	機能が対象とする生物
Reference	参考文献

3. 本データベースの利用許諾

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”KNApSAcK Family © 金谷 重彦 (奈良先端科学技術大学院大学) licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
〒630-0192　奈良県生駒市高山町8916−5
奈良先端科学技術大学院大学　情報科学研究科　金谷重彦
Tel: (教授)0743-72-5952　(秘書)0743-72-5257
Fax: 0743-72-5258
Email: 

4. 更新履歴

更新日	更新内容
2014/02/28	アーカイブV3をリリース 生物種-代謝物関係データのデータ項目およびレコードを追加
2014/07/15	アーカイブ V2をリリース 生物種-代謝物関係データの一部のデータを修正しました。修正したデータの詳細につきましては、下記のページをご覧ください。 データ修正について
2014/02/28	KNApSAcK Family からKNApSAcK Core を選り抜いて公開(KNApSAcK Coreアーカイブ V1)
2013/03/12	データベースの説明を更新。 「ジャム配合データ」および「ジャムハーブデータ」のデータ説明を更新。 下記4件のデータを追加。 二次代謝反応データ 二次代謝反応酵素遺伝子データ 病気と食材の関係性データ 病気と代謝物の関係性データ
2012/10/10	データベースの説明ページに論文の書誌情報を1件追加
2012/03/30	生命科学系データベースアーカイブにて「KNApSAcK Family」としてダウンロードデータ公開開始
2008/07/01	KNApSAcK Family (http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK_Family/) で公開開始

5. 参考文献

Farit Mochamad Afendi, Taketo Okada, Mami Yamazaki, Aki Hirai-Morita, Yukiko Nakamura, Kensuke Nakamura, Shun Ikeda, Hiroki Takahashi, Md. Altaf-Ul-Amin1, Latifah K. Darusman, Kazuki Saito and Shigehiko Kanaya.
KNApSAcK Family Databases: Integrated Metabolite-Plant Species Databases for Multifaceted Plant Research
Plant Cell Physiol. 2012 Feb;53(2):e1.1-11. doi:10.1093/pcp/pcr165
PMID: 22123792

6. 連絡先

「KNApSAcK Core」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒630-0192
奈良県生駒市高山町8916−5
Tel: (教授)0743-72-5952　(秘書)0743-72-5257
Fax: 0743-72-5258
Email: