KNApSAcK Core

2014/07/15

Web Site: KNApSAcK Core
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/knapsack-core/

二次代謝物と生物種の関係についてのデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. 生物種-代謝物関係データ
  3. 代謝物機能データ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「KNApSAcK Core」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 生物種-代謝物関係データ

データ名 生物種-代謝物関係データ
データ内容の説明 生物種とその生物における代謝物の関係について、研究者が多くの論文を読んで整理し、データベース化して収録した。
データファイル knapsack_core.zip (2.3 MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
C_ID 代謝物と生物種の対毎に付与されたID
CAS RN CAS登録番号
Metabolite 代謝物の名称
Molecular Formula 代謝物の組成式
Organism 生物種名
Kingdom 生物種の界名
Family 生物種の科名
Genus 生物種の属名
Reference 参考

2.3 代謝物機能データ

データ名 代謝物機能データ
データ内容の説明 代謝物において報告された機能について収録している。
データファイル knapsack_function.zip (121 KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Name 代謝物名称
Formula 組成式
C_ID KNApSAcK ID
Function 機能
Target 機能が対象とする生物
Reference 参考文献
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2012/03/30

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”KNApSAcK Family © 金谷 重彦 (奈良先端科学技術大学院大学) licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先:
〒630-0192 奈良県生駒市高山町8916−5
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 金谷重彦
Tel: (教授)0743-72-5952 (秘書)0743-72-5257
Fax: 0743-72-5258
E-mail: skanaya[at]gtc[dot]naist[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2014/07/15 生物種-代謝物関係データの一部のデータを修正しました。修正したデータの詳細につきましては、下記のページをご覧ください。

データ修正について

2014/02/28 KNApSAcK Family からKNApSAcK Core を選り抜いて公開
2013/03/12 データベースの説明ページを更新。
「ジャム配合データ」および「ジャムハーブデータ」のデータ説明を更新。
下記4件のデータを追加。
  • 二次代謝反応データ
  • 二次代謝反応酵素遺伝子データ
  • 病気と食材の関係性データ
  • 病気と代謝物の関係性データ
2012/10/10 データベースの説明ページに論文の書誌情報を1件追加
2012/03/30 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2008/07/01 KNApSAcK Family(http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK_Family/)で公開開始
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5. 参考文献

Farit Mochamad Afendi, Taketo Okada, Mami Yamazaki, Aki Hirai-Morita, Yukiko Nakamura, Kensuke Nakamura, Shun Ikeda, Hiroki Takahashi, Md. Altaf-Ul-Amin1, Latifah K. Darusman, Kazuki Saito and Shigehiko Kanaya.
KNApSAcK Family Databases: Integrated Metabolite-Plant Species Databases for Multifaceted Plant Research
Plant Cell Physiol., 53,e1.1-11,(2012). doi:10.1093/pcp/pcr165
PMID:22123792

6. 連絡先

「KNApSAcK Core」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒630-0192
奈良県生駒市高山町8916−5
Tel: (教授)0743-72-5952 (秘書)0743-72-5257
Fax: 0743-72-5258
E-mail: skanaya[at]gtc[dot]naist[dot]jp

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