KEGG MEDICUS

2023/10/23

Web Site: http://www.kegg.jp/kegg/medicus/

疾患・医薬品・環境物質などのデータを、ゲノム情報を基盤とした生体システム情報として統合したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. Drug
  3. Environ
  4. Disease
  5. DGroup
  6. Network
  7. Network Map
  8. Variant
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「KEGG MEDICUS」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 Drug

データ名 Drug
データ内容の説明

KEGG DRUG は、日本、米国、欧州の医薬品情報を有効成分の化学構造で一元的に集約し、標的分子や薬物代謝酵素をはじめとした分子間相互作用ネットワークの情報を付加したデータベースです。
データファイル kegg_medicus_drug.csv.zip (2.9 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
D番号 KEGG DRUGエントリのアクセッション番号。各エントリは化学構造または化学成分を反映しています。
分類 分類 (Mixture, Crude, Formula を区別)
一般名 医薬品の一般名
成分 成分
組成式 医薬品の組成式
質量 医薬品の質量
分子量 医薬品の分子量
構造式 医薬品の構造式（簡易検索画面のみ）
配列 ペプチドやポリケチドのアミノ酸配列
配列のタイプ 配列のタイプ (NRP, PK, Peptide)
ソース 原料となる生物種名 [NCBI Taxonomy ID]
上位グループ 医薬品が属するDGroup
注釈１ 我が国の薬効分類番号、WHO の ATC コード、また同一化合物が KEGG COMPOUNDまたはKEGG ENVIRON データベースにある場合はそのC番号またはE番号
効能 薬効その他の生理活性情報 [KEGG DISEASEのH番号]
疾患 医薬品が治療する疾患名
注釈２ コメント (適応症など)
ターゲット 医薬品のターゲット（標的）情報 [対応するヒトの遺伝子 と KEGG Orthology 番号]
代謝 薬物代謝酵素、薬物トランスポーターの情報 [遺伝子情報]
相互作用 CYP 誘導・阻害、ゲノムバイオマーカー、その他相互作用分子の情報
リンク 外部データベースへのリンク情報
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2.3 Environ

データ名 Environ
データ内容の説明

KEGG ENVIRON は生薬、食品、その他、健康促進と健康悪化に関与する物質の情報を蓄積したデータベースです。薬局方などで法的に定められた医薬品に限定している KEGG DRUG を補完する役割もあります。
データファイル kegg_medicus_environ.csv.zip (98 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
E番号 KEGG ENVIRONエントリのアクセッション番号
名称 天然物の名称
カテゴリ カテゴリ (生薬、精油、メディカルハーブのいずれか)
成分 成分の名称 [ 成分がKEGG COMPOUNDデータベースにある場合はそのC番号]
ソース 原料となる生物種名 [生物のNCBI Taxonomy ID]
注釈１ 同一化合物がKEGG DRUGデータベースにある場合はそのD番号 (簡易検索サイトではリンク）
注釈２ コメント (原料に使用する生物の部位、主要成分、効能など)
リンク CAS登録番号
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2.4 Disease

データ名 Disease
データ内容の説明

KEGG DISEASE は疾患と遺伝子・分子レベルの情報をつなぐために、既知の病因遺伝子、病原体、発癌物質その他の環境因子などで各疾患を表現したデータベースです。
データファイル kegg_medicus_disease.csv.zip (3.2 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
H番号 KEGG DISEASEエントリのアクセッション番号
名称 疾患名、別名を含む (日英)
下位グループ この疾患の下位概念の疾患名
上位グループ この疾患の上位概念の疾患名 [H番号]
概要 疾患の簡単な説明文
カテゴリ 疾患カテゴリ
ネットワーク この疾患を含む分子ネットワーク[KEGG NETWORKエントリ番号]
病因遺伝子 既知の病因遺伝子 [KEGG GENESエントリ番号] [KEGG ORTHOLOGYエントリID]
病原体 既知の病原体 (GENOMEまたはVGENOMEにある場合はその名称またはエントリID)
環境要因 既知の環境要因 (KEGG COMPOUNDまたはKEGG DRUGデータベースにある場合はそのC番号またはD番号)
発癌物質 既知の発癌物質 (発癌物質がKEGG COMPOUNDまたはKEGG DRUGデータベースにある場合はそのC番号またはD番号)
治療薬 代表的な治療薬 [KEGG DRUGに存在する場合はD番号]
注釈 コメント (英)
リンク 外部データベースへのリンク情報
文献 文献情報
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2.5 DGroup

データ名 DGroup
データ内容の説明

KEGG DGROUP は構造的・機能的に類似の医薬品グループを、とくに医薬品相互作用ネットワークの観点から定義しています。
データファイル kegg_medicus_dgroup.csv.zip (602 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
DG番号 KEGG DGROUPエントリのアクセッション番号
分類 分類 ("Chemical"はChemicalグループ、それ以外は医薬品グループ)
名称 Drugグループの名称
ステム 医薬品のステム
構造式 医薬品の構造式（簡易検索画面のみ）
メンバー Drugグループに属する医薬品とKEGG DRUGのD番号の一覧
上位グループ このDrugグループの上位にあるグループ
注釈１ WHO の ATC コード
注釈２ コメント（用途など）
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2.6 Network

データ名 Network
データ内容の説明

KEGG NETWORKは、阻害された分子ネットワークの観点から、疾患や薬物に関する知識を収集したデータベースです。 「ネットワーク要素」からなる「ネットワーク変動マップ」によって分子間相互作用・反応ネットワークのバリエーション情報を蓄積しています。各ネットワーク要素はN番号で識別されます。
本アーカイブでは、KEGG NETWORKのうち「ネットワークマップ」は別データにしています。
データファイル kegg_medicus_network.csv.zip (720 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
N番号 KEGG NETWORKのエントリ番号(Network)
名称 分子ネットワークの名称
定義 分子ネットワークの定義
要素のIDによって表記された定義 上記の定義を要素のIDで表記したもの
上位グループ この分子ネットワークを含むマップ
ネットワークのタイプ 分子ネットワークのタイプ
疾患 この分子ネットワークに関連する疾患 [KEGG DISEASEのH番号]
遺伝子 この分子ネットワークに含まれる遺伝子
遺伝子の変異 この分子ネットワークに含まれる遺伝子変異
代謝産物 この分子ネットワークに含まれる代謝産物
阻害因子 この分子ネットワークに含まれる阻害因子
文献 文献情報
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2.7 Network Map

データ名 Network Map
データ内容の説明

KEGG NETWORKは、阻害された分子ネットワークの観点から、疾患や薬物に関する知識を収集したデータベースです。 「ネットワーク要素」からなる「ネットワーク変動マップ」によって分子間相互作用・反応ネットワークのバリエーション情報を蓄積しています。各マップはnt番号で識別されます。
本アーカイブでは、KEGG NETWORKのうち「ネットワーク」は別データにしています。
データファイル kegg_medicus_map.csv.zip (56 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
nt番号 KEGG NETWORKのエントリ番号(Network Map)
名称 マップの名称
ネットワークマップ名称 ネットワークマップの名称
疾患 この分子ネットワークに関連する疾患 [KEGG DISEASEのH番号]
リンク 外部データベースへのリンク情報
メンバー このネットワークマップに含まれる分子ネットワーク[KEGG NETWORKのN番号]
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2.8 Variant

データ名 Variant
データ内容の説明

KEGG VARIANTは、疾患や薬物に関連すると思われるヒト遺伝子のバリアント情報を収集したデータベースです。 各バリアントはv番号で識別されます。
データファイル kegg_medicus_variant.csv.zip (470 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
バリアントID KEGG VARIANTのエントリ番号
名称 バリアントの名称
遺伝子 遺伝子名
生物種 生物種
バリエーション バリエーション名と外部データベースへのリンク情報
マップ このバリアントを含む分子ネットワークマップ
ネットワーク このバリアントを含む分子ネットワーク
文献 文献情報
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2017/12/15

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”KEGG MEDICUS © 金久實（京都大学化学研究所） licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
〒611-0011 京都府宇治市五ヶ庄
京都大学化学研究所
電話番号: 0774-38-4521
http://www.genome.jp/feedback/

 

注意事項

KEGG MEDICUS は薬や病気に対する科学的理解を深めることを目的としたサービスです。実際の薬の使用は医師・薬剤師の指示で行ってください。

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2023/10/23

アーカイブV6をリリース（オリジナルデータは2023/09/04版）
2022/08/17

アーカイブV5をリリース（オリジナルデータは2022/08/15版）
2021/08/17 を更新（オリジナルデータは2021/08/17版）
2020/09/01 Drugを更新（オリジナルデータは2020/08/04版）
2020/08/04

アーカイブV3をリリース
2017/12/15 アーカイブV2をリリース
2014/05/08 利用許諾を修正
2014/04/03 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始（アーカイブV1）
2010/10/01 KEGG MEDICUS (http://www.kegg.jp/kegg/medicus/) で公開開始
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5. 参考文献

Kanehisa, M., Goto, S., Furumichi, M., Tanabe, M., Hirakawa, M.
KEGG for representation and analysis of molecular networks involving diseases and drugs.
Nucleic Acids Res./ 2010/ 38, D355-D360
PMID: 19880382

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6. 連絡先

「KEGG MEDICUS」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

京都大学化学研究所
〒611-0011 京都府宇治市五ヶ庄
TEL 0774-38-4521
http://www.genome.jp/feedback/

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