Lotus japonicus EST index

2011/12/19

WebSite: Lotus japonicus EST index
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/kazusa_lotus_est_index

かずさDNA研究所が決定したミヤコグサのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索の結果。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

DBCLSが加工したダウンロードファイル

  1. README
  2. EST配列一覧
  3. 5' EST配列
  4. 3' EST配列
  5. Iwate EST配列
  6. Kagawa EST配列
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Lotus japonicus EST index」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 EST配列一覧

データ名 EST配列一覧
データ内容の説明 ミヤコグサのEST配列データの一覧。CSV形式のテキストファイル。データ件数は105,659件。
データファイル kazusa_lotus_est.zip (12.5MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Accession GenBank Accession。TogoDB版のみに、NCBI dbESTへのリンク。
Clone ID クローンID
EST Type ESTの種類。5'または3'。
Sequence EST配列

2.3 5' EST配列

データ名 5' EST配列
データ内容の説明 ヤコグサの5' EST配列データ。1配列につき1ファイルのFasta形式。 FASTA形式のヘッダ部分に、AccessionとClone IDが記述される。データ件数は22,983件。
データファイル Lotus_5dash.tar.gz (3MB)

2.4 3' EST配列

データ名 3' EST配列
データ内容の説明 ミヤコグサの3' EST配列データ。1配列につき1ファイルのFasta形式。 FASTA形式のヘッダ部分に、AccessionとClone IDが記述される。データ件数は74,458件。 。
データファイル Lotus_3dash.tar.gz (11.9MB)

2.5 Iwate EST配列

データ名 Iwate EST配列
データ内容の説明 ミヤコグサ(Iwate)の EST配列データ。1配列につき1ファイルのFasta形式。 FASTA形式のヘッダ部分に、AccessionとClone IDが記述される。データ件数は898件
データファイル Lotus_iwate.tar.gz (172KB)

2.6 Kagawa EST配列

データ名 Kagawa EST配列
データ内容の説明 ミヤコグサ(Kagawa)の EST配列データ。 1配列につき1ファイルのFasta形式。 FASTA形式のヘッダ部分に、AccessionとClone IDが記述される。データ件数は7,320件
データファイル Lotus_kagawa.tar.gz (1.3MB)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2011/12/19

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Lotus japonicus EST index © かずさDNA研究所 licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：http://est.kazusa.or.jp/en/plant/arabi/EST/Mailform/mailform.html

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2011/12/19 利用許諾を更新
2009/9/15 データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2009/5/22 生命科学系データベースアーカイブにてメタデータ公開開始
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5. 参考文献

Comparison of the Transcript Profiles from the Root and the Nodulating Root of the Model Legume Lotus japonicus by Serial Analysis of Gene Expression
Asamizu E, Nakamura Y, Sato S, Tabata S
Molecular Plant-Microbe Interactions, 18, 487-498 (2005)
PMID: 15915647

The 5'-end expressed sequence tags of Lotus japonicus
Nomura M, Tan DV, Arunothayanan H, Asamizu E, Tabata S, Kouchi H, Tajima S
Plant Biotechnology, 25, 173-175 (2008)
PMID: 11089912

Characteristics of the Lotus japonicus Gene Repertoire Deduced from Large-Scale Expressed Sequence Tag (EST) Analysis.
Asamizu E, Nakamura Y, Sato S, Tabata S
Plant Molecular Biology, 54, 405-414 (2004)
PMID: 15284495

Generation of 7137 Non-redundant Expressed Sequence Tags from a Legume, Lotus japonicus.
Asamizu E, Nakamura Y, Sato S, Tabata S
DNA Research, 7, 127-130 (2000)
PMID: 10819328

Analysis of Expressed Sequence Tags of Flower Buds in Lotus japonicus.
Endo M, Kokubun T, Takahata Y, Higashitani A, Tabata S, Watanabe M
DNA Research, 7, 213-216 (2000)
PMID: 10907852

6.連絡先

「Lotus japonicus EST index」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

連絡先:
メールフォーム: http://est.kazusa.or.jp/en/plant/lotus/EST/Mailform/mailform.html

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