Chlamydomonas reinhardtii EST index

2011/12/19

WebSite: Chlamydomonas reinhardtii EST index
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/kazusa_chlamy_est_index

かずさDNA研究所が決定したクラミドモナスのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. EST配列一覧
  3. EST配列
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Chlamydomonas reinhardtii EST index」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 EST配列一覧

データ名 EST配列一覧
データ内容の説明 クラミドモナスのEST配列データの一覧。CSV形式のテキストファイル。データ件数は51,011件。
データファイル kazusa_chlamy_est.zip (4.9MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Accession GenBank Accession。TogoDB版のみに、NCBI dbESTへのリンク。
Clone ID クローンID
Sequence EST配列

2.3 EST配列

データ名 EST配列
データ内容の説明 クラミドモナスのEST配列データ。1配列につき1ファイルのFasta形式。 FASTA形式のヘッダ部分に、AccessionとClone IDが記述される。データ件数は51,011件。
データファイル Chlamy_tfa.tar.gz (7.7MB)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2011/12/19

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Chlamydomonas reinhardtii EST index © かずさDNA研究所 licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：http://est.kazusa.or.jp/en/plant/arabi/EST/Mailform/mailform.html

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2011/12/19 利用許諾を更新
2009/9/15 データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2009/5/22 生命科学系データベースアーカイブにてメタデータ公開開始
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5. 参考文献

Asamizu E, Nakamura Y, Miura K, Fukuzawa H, Fujiwara S, Hirono M, Iwamoto K, Matsuda Y, Min agawa J, Shimogawara K, Takahashi Y, Tabata S
Establishment of Publicly Available cDNA Material and Information Resource of Chlamydomonas reinhardtii (Chlorophyta), to Facilitate Gene Function Analysis
Phycologia, 43, 722-726 (2004)

Asamizu E, Miura K, Kucho K, Inoue Y, Fukuzawa H, Ohyama K, Nakamura Y, Tabata S
Generation of Expressed Sequence Tags from low-CO2 and high-CO 2 adapted cells of Chlamydomonas reinhardtii
DNA Research, 7, 305-307 (2000)
PMID: 11089912

Asamizu E, Nakamura Y, Sato S, Fukuzawa H, Tabata S
A Large Scale Structural Analysis of cDNAs in a Unicellular Green Alga, Chlamydomonas reinhardtii. I. Generation of 3433 Non-redundant Expressed Sequence Tags
DNA Research, 6, 369-373 (1999)
PMID: 10691129

6.連絡先

「Chlamydomonas reinhardtii EST index」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

連絡先:
メールフォーム: http://est.kazusa.or.jp/en/plant/chlamy/EST/Mailform/mailform.html

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