Arabidopsis thaliana EST index
2011/12/19WebSite: Arabidopsis thaliana EST index
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/kazusa_arabi_est_index
かずさDNA研究所で決定したシロイヌナズナのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索の結果。
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
DBCLSが加工したダウンロードファイル
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「Arabidopsis thaliana EST index」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 EST配列一覧
| データ名 | EST配列一覧 |
| データ内容の説明 | シロイヌナズナのEST配列データの一覧。CSV形式のテキストファイル。データ件数は、53,232件。 |
| データファイル | kazusa_arabi_est.zip (6.6MB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Accession | GenBank Accession。TogoDB版のみに、NCBI dbESTへのリンク。 |
| Clone ID | クローンID |
| EST Type | ESTの種類。5'または3'。 |
| Sequence | EST配列 |
2.3 5' EST配列
| データ名 | 5' EST配列 |
| データ内容の説明 | シロイヌナズナの5' EST配列データ。1配列につき1ファイルのFasta形式。 FASTA形式のヘッダ部分に、AccessionとClone IDが記述される。データ件数は、14,027件。 |
| データファイル | Arabi_5dash.tar.gz (2.3MB) |
2.4 3' EST配列
| データ名 | 3' EST配列 |
| データ内容の説明 | シロイヌナズナの3' EST配列データ。1配列につき1ファイルのFasta形式。 FASTA形式のヘッダ部分に、AccessionとClone IDが記述される。データ件数は、39,205件。 |
| データファイル | Arabi_3dash.tar.gz (6.4MB) |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2011/12/19
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、
”Arabidopsis thaliana EST index © かずさDNA研究所 licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、
利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
こちらです。
具体的な許諾条項は
こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：http://est.kazusa.or.jp/en/plant/arabi/EST/Mailform/mailform.html
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2011/12/19 | 利用許諾を更新 |
| 2009/9/15 | データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2009/5/22 | 生命科学系データベースアーカイブにてメタデータ公開開始 |
5. 参考文献
Asamizu E, Nakamura Y, Sato S, Tabata SA large scale analysis of cDNA in Arabidopsis thaliana: Generation of 12,028 non-redundant expressed sequence tags from normalized and size-selected cDNA libraries
DNA Research, 7, 175-180 (2000)
PMID: 10907847
6.連絡先
「Arabidopsis thaliana EST index」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
連絡先:
メールフォーム: http://est.kazusa.or.jp/en/plant/arabi/EST/Mailform/mailform.html