カイコ参照トランスクリプトームデータ

2019/10/18

HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/kaiko/

カイコの新規参照ゲノム配列とカイコP50T系統における複数の器官由来のRNAseqデータから確立した参照トランスクリプトームデータとその関連データ

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. 参照トランスクリプトームメタデータ
  3. 組織別発現データ
  4. トランスクリプトームアノテーション情報（ヒト、ショウジョウバエ）
  5. 参照トランスクリプトームデータの予測アミノ酸配列
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「カイコ参照トランスクリプトームデータ」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 参照トランスクリプトームメタデータ

データ名 参照トランスクリプトームメタデータ
データ内容の説明

参照トランスクリプトームデータのメタデータをGTF2フォーマットにて記述してある。
GFT2フォーマットについては、以下のサイトを参照。
http://mblab.wustl.edu/GTF22.html
データファイル kaiko_transcript_data.zip (3.9 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
seqname 配列名
source 解析に用いたソフトウェア
feature 配列領域のフィーチャー
start 領域の開始配列番号
end 領域の終了配列番号
score 領域の信頼値
strand 領域のストランド
frame 領域のコドン読み取りのフレーム（当データでは空白になっている）
attributes その他のデータ属性
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2.3 組織別発現データ

データ名 組織別発現データ
データ内容の説明

各転写産物毎の組織別発現量をtpm値で記述したデータ。
データファイル kaiko_transcript_tpm_data.zip (5.8 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ASG1 前部絹糸腺 biological replicate 1
ASG2 前部絹糸腺 biological replicate 2
ASG3 前部絹糸腺 biological replicate 3
MSG_A1 中部絹糸腺前部 biological replicate 1
MSG_A2 中部絹糸腺前部 biological replicate 2
MSG_A3 中部絹糸腺前部 biological replicate 3
MSG_M1 中部絹糸腺中部 biological replicate 1
MSG_M2 中部絹糸腺中部 biological replicate 2
MSG_M3 中部絹糸腺中部 biological replicate 3
MSG_P1 中部絹糸腺後部 biological replicate 1
MSG_P2 中部絹糸腺後部 biological replicate 2
MSG_P3 中部絹糸腺後部 biological replicate 3
PSG1 後部絹糸腺 biological replicate 1
PSG2 後部絹糸腺 biological replicate 2
PSG3 後部絹糸腺 biological replicate 3
MG1 中腸 biological replicate 1
MG2 中腸 biological replicate 2
MG3 中腸 biological replicate 3
FB1 脂肪体　biological replicate 1
FB2 脂肪体　biological replicate 2
FB3 脂肪体　biological replicate 3
MT1 マルピーギ管 biological replicate 1
MT2 マルピーギ管 biological replicate 2
MT3 マルピーギ管 biological replicate 3
TT1 精巣　biological replicate 1
TT2 精巣　biological replicate 2
TT3 精巣　biological replicate 3
OV1 卵巣　biological replicate 1
OV2 卵巣　biological replicate 2
OV3 卵巣　biological replicate 3
BN_FB1 脂肪体（SRA data） biological replicate 1
BN_FB2 脂肪体（SRA data） biological replicate 2
BN_FB3 脂肪体（SRA data） biological replicate 3
BN_MG1 中腸（SRA data） biological replicate 1
BN_MG2 中腸（SRA data） biological replicate 2
BN_MG3 中腸（SRA data） biological replicate 3
BN_MT1 マルピーギ管（SRA data） biological replicate 1
BN_MT2 マルピーギ管（SRA data） biological replicate 2
BN_MT3 マルピーギ管（SRA data） biological replicate 3
BN_SG1 絹糸腺（SRA data） biological replicate 1
BN_SG2 絹糸腺（SRA data） biological replicate 2
BN_SG3 絹糸腺（SRA data） biological replicate 3
BN_TT1 精巣（SRA data） biological replicate 1
BN_TT2 精巣（SRA data） biological replicate 2
BN_TT3 精巣（SRA data） biological replicate 3
target_id Reference transcriptomic data内の各trascript のID
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2.4 トランスクリプトームアノテーション情報（ヒト、ショウジョウバエ）

データ名 トランスクリプトームアノテーション情報（ヒト、ショウジョウバエ）
データ内容の説明

各転写産物をヒトおよびショウジョウバエの遺伝子セットをsubjectにしてBLAST検索し、トップヒットした遺伝子シンボルを割当てることでアノテーション情報を付与した。
データファイル kaiko_annotation_human_drosophila_data.zip (391 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
human_gname ヒトの遺伝子セットにてトップヒットした遺伝子のシンボル
fly_gname ショウジョウバエの遺伝子セットにてトップヒットした遺伝子のシンボル
target_id Reference transcriptomic data内の各trascript のID
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2.5 参照トランスクリプトームデータの予測アミノ酸配列

データ名 参照トランスクリプトームデータの予測アミノ酸配列
データ内容の説明

参照トランスクリプトームデータからTranscoder (v5.5.0)を使って予測されたアミノ酸配列のマルチfasta file
データファイル kaiko_bm_ref_transcript_TSA.zip (11 MB)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2019/10/18

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”カイコ参照トランスクリプトームデータ© 横井翔 licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

横井　翔 yokoi123[at]affrc[dot]go[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2019/10/18 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始（アーカイブ V1）
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5. 参考文献

Kakeru Yokoi, Takuya Tsubota, Jianqiang Sun, Akiya Jouraku, Hideki Sezutsu, Hidemasa Bono
Reference transcriptome data in silkworm, Bombyx mori
bioRxiv https://doi.org/10.1101/805978

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6. 連絡先

「カイコ参照トランスクリプトームデータ」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

横井　翔 yokoi123[at]affrc[dot]go[dot]jp

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