KAIKOcDNA
2014/10/20Web Site: KAIKOcDNA
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/kaiko-cdna/
カイコの部分的cDNA配列にアノテーションを付与したデータベース
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「KAIKOcDNA」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 EST詳細
| データ名 | EST詳細 |
| データ内容の説明 | カイコのEST(cDNA)配列の一覧です。2011年9月時点の公的データベースに登録したEST、および、2010年6月時点での公的データベースに登録したcDNAで構成されます。 |
| データファイル | kaiko_cdna_main.zip (157 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Accession Number | アクセション番号 |
| Clone Name | クローン名 |
| Length | 配列の長さ (bp) |
| GO check_date | InterProScan実行日 |
| GO Iprscan Value | InterProScan結果へのリンク |
| GO ID | GO ID一覧 |
| NR blast_date | BLAST実行日(DB: NCBI-nr) |
| NR value | BLAST検索結果概要(DB: NCBI-nr) |
| NR definition | 相同な配列のdefinition(DB: NCBI-nr) |
| Drosophila blast_date | BLAST実行日(DB: D. melanogasterタンパク質配列) |
| Drosophila value | BLAST検索結果概要(DB: D. melanogasterタンパク質配列) |
| Drosophila definition | 相同な配列のdefinition(DB: D. melanogasterタンパク質配列) |
| C.elegans blast_date | BLAST実行日(DB: C. elegansタンパク質配列) |
| C.elegans value | BLAST検索結果概要(DB: C. elegansタンパク質配列) |
| C.elegans definition | 相同な配列のdefinition(DB: C. elegansタンパク質配列) |
| Anopheles blast_date | BLAST実行日 (DB: A. gambiaeタンパク質配列) |
| Anopheles value | BLAST検索結果概要 (DB: A. gambiaeタンパク質配列) |
| Anopheles definition | 相同な配列のdefinition (DB: A. gambiaeタンパク質配列) |
| Apis blast_date | BLAST実行日(DB: A.melliferaタンパク質配列) |
| Apis value | BLAST検索結果概要(DB: A.melliferaタンパク質配列) |
| Apis definition | 相同な配列のdefinition(DB: A.melliferaタンパク質配列) |
| Tribolium blast_date | BLAST実行日(DB: T. castaneumタンパク質配列) |
| Tribolium value | BLAST検索結果概要(DB: T. castaneumタンパク質配列) |
| Tribolium definition | 相同な配列のdefinition(DB: T. castaneumタンパク質配列) |
| Cluster Size | 同一クラスタに属する配列の数 |
| Rep ID | 代表的ESTのアクセション番号 |
| cDNA library name | cDNAライブラリ名 |
| Sequence | 配列 |
2.3 クラスタ一覧
| データ名 | クラスタ一覧 |
| データ内容の説明 | 各クラスタにおいて、各クラスタに属する配列の総数と、ライブラリごとに分けた配列の数の一覧です。 |
| データファイル | kaiko_cdna_cluster.zip (453 KB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Rep ID | 各クラスタの代表的ESTのアクセション番号 |
| Cluster Size |
各クラスタの全クローン件数 |
| an-- | an--のクローン件数 |
| bmmt | bmmtのクローン件数 |
| bmov | bmovのクローン件数 |
| bmte | bmteのクローン件数 |
| BmN- | BmN-のクローン件数 |
| br-- | br--のクローン件数 |
| brP- | brP-のクローン件数 |
| brS- | brS-のクローン件数 |
| caL- | caL-のクローン件数 |
| ce-- | ce--のクローン件数 |
| ceN- | ceN-のクローン件数 |
| cesb | cesbのクローン件数 |
| dpe- | dpe-のクローン件数 |
| e100 | e100のクローン件数 |
| e4 | e4のクローン件数 |
| e96h | e96hのクローン件数 |
| epM- | epM-のクローン件数 |
| epV3 | epV3のクローン件数 |
| F1mg | F1mgのクローン件数 |
| famL | famLのクローン件数 |
| fbf | fbfのクローン件数 |
| fbm | fbmのクローン件数 |
| fbpv | fbpvのクローン件数 |
| fbS2 | fbS2のクローン件数 |
| fcaL | fcaLのクローン件数 |
| fcP8 | fcP8のクローン件数 |
| fe8d | fe8dのクローン件数 |
| ffbm | ffbmのクローン件数 |
| FJsb | FJsbのクローン件数 |
| fmgV | fmgVのクローン件数 |
| fner | fnerのクローン件数 |
| ftes | ftesのクローン件数 |
| fufe | fufeのクローン件数 |
| fwgP | fwgPのクローン件数 |
| heS0 | heS0のクローン件数 |
| heS3 | heS3のクローン件数 |
| J150 | J150のクローン件数 |
| JFsb | JFsbのクローン件数 |
| maV3 | maV3のクローン件数 |
| MFB- | MFB-のクローン件数 |
| mg | mgのクローン件数 |
| msgV | msgVのクローン件数 |
| MSV3 | MSV3のクローン件数 |
| mxg- | mxg-のクローン件数 |
| n | nのクローン件数 |
| Nnor | Nnorのクローン件数 |
| NRPG | NRPGのクローン件数 |
| NV02 | NV02のクローン件数 |
| NV06 | NV06のクローン件数 |
| NV12 | NV12のクローン件数 |
| ovS0 | ovS0のクローン件数 |
| ovS3 | ovS3のクローン件数 |
| P5PG | P5PGのクローン件数 |
| pg-- | pg--のクローン件数 |
| phe- | phe-のクローン件数 |
| prgv | prgvのクローン件数 |
| prW- | prW-のクローン件数 |
| ps4M | ps4Mのクローン件数 |
| psV3 | psV3のクローン件数 |
| PSV3 | PSV3のクローン件数 |
| tesS | tesSのクローン件数 |
| tesV | tesVのクローン件数 |
| vg4M | vg4Mのクローン件数 |
| wd-- | wd--のクローン件数 |
| wdV1 | wdV1のクローン件数 |
| wdV3 | wdV3のクローン件数 |
| ws0 | ws0のクローン件数 |
| ws2 | ws2のクローン件数 |
| ws3 | ws3のクローン件数 |
| wv4 | wv4のクローン件数 |
| swa | swaのクローン件数 |
| swb | swbのクローン件数 |
| swc | swcのクローン件数 |
| swd | swdのクローン件数 |
| swe | sweのクローン件数 |
| swf | swfのクローン件数 |
| swg | swgのクローン件数 |
| swh | swhのクローン件数 |
| swj | swjのクローン件数 |
| swk | swkのクローン件数 |
| swl | swlのクローン件数 |
| swp | swpのクローン件数 |
| BmP | BmPのクローン件数 |
| L1 | L1のクローン件数 |
| L2 | L2のクローン件数 |
| L3 | L3のクローン件数 |
| L4 | L4のクローン件数 |
| L5 | L5のクローン件数 |
| L6 | L6のクローン件数 |
| L7 | L7のクローン件数 |
| L8 | L8のクローン件数 |
| L9 | L9のクローン件数 |
| L10 | L10のクローン件数 |
| L11 | L11のクローン件数 |
| L12 | L12のクローン件数 |
| L13 | L13のクローン件数 |
| L14 | L14のクローン件数 |
| L15 | L15のクローン件数 |
| L16 | L16のクローン件数 |
| Other | その他ライブラリのクローン件数 |
2.4 ORF配列情報
| データ名 | ORF配列情報 |
| データ内容の説明 | 代表ESTのORF一覧です。 |
| データファイル | kaiko_cdna_orf.zip (11 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Rep ID | 代表的ESTのアクセション番号 |
| ORF Name | ORFの名前 |
| Frame | フレーム番号 |
| ORF Number | ORFの番号 |
| Threshold | 配列長（終止コドンを含む）の閾値 |
| Length | 配列の長さ (bp) |
| Sequence | アミノ酸配列 |
2.5 InterProScan検索結果
| データ名 | InterProScan検索結果 |
| データ内容の説明 | クラスタの代表的ESTに対して、InterProScanを行った結果の一覧です。 |
| データファイル | kaiko_cdna_interpro.zip (3.1 MB) |
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Rep ID | 代表的ESTのアクセション番号 |
| ORF Name | ORFの名前 |
| CRC64 | 各配列におけるCRC64の値 |
| Length | 配列の長さ (bp) |
| Analysis | 解析プログラム |
| Signature Accession | モチーフのaccession |
| Signature Description | モチーフのdescription |
| Start location | モチーフの開始位置 |
| Stop location | モチーフの終了位置 |
| Score | 機能部位配列への一致度のE-value |
| Status | 機能部位配列との一致状況のステータス (“T”=一致) |
| InterPro accession | InterProアノテーションのaccession |
| InterPro description | InterProアノテーションのdescription |
| GO terms | GOターム |
2.6 cDNAライブラリ一覧
| データ名 | cDNAライブラリ一覧 |
| データ内容の説明 | カイコのcDNAライブラリについて記載した一覧です。 |
| データファイル | kaiko_cdna_library.zip (4.8 KB) |
データファイルの内容は以下の通りです。
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Registered library name | 登録されたライブラリ名 |
| Library synonym | ライブラリ別名 (オリジナルの名前) |
| Local library name | ローカルライブラリ名 |
| Strain/Race | 系統 |
| Organ/Tissue | 臓器/組織 |
| Developmental stage | 発生ステージ |
| Sex | 性別 |
| Vector | ベクター名 |
| Cloning sites | クローニング部位 |
| Sequence direction | シークエンス解析を行った方向 |
| Accession number | 対応するクローンのアクセション番号 |
| Clone name | クローン名の命名規則 |
| Note | 注釈 |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2014/10/08
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、
”KAIKOcDNA © 末次 克行 (農業生物資源研究所) licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、
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クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
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具体的な許諾条項は
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本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒305-8634 茨城県つくば市大わし 1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
農業生物先端ゲノム研究センター
昆虫ゲノム研究ユニット
上樂明也
E-mail: joraku[at]affrc[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2014/10/20 | 統括サイトのURLを変更 |
| 2014/10/08 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2004/04/12 | KAIKOcDNA (http://sgp.dna.affrc.go.jp/EST/) で公開開始 |
5. 参考文献
Suetsugu Y, Futahashi R, Kanamori H, Kadono-Okuda K, Sasanuma S, Narukawa J,Ajimura M, Jouraku A, Namiki N, Shimomura M, Sezutsu H, Osanai-Futahashi M, Suzuki MG, Daimon T, Shinoda T, Taniai K, Asaoka K, Niwa R, Kawaoka S, Katsuma S,Tamura T, Noda H, Kasahara M, Sugano S, Suzuki Y, Fujiwara H, Kataoka H, Arunkumar KP, Tomar A, Nagaraju J, Goldsmith MR, Feng Q, Xia Q, Yamamoto K, Shimada T, Mita K.Large scale full-length cDNA sequencing reveals a unique genomic landscape in a lepidopteran model insect, Bombyx mori.
G3 (Bethesda) / 2013, Sep / vol.9
PMID: 23821615
6. 連絡先
「KAIKOcDNA」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
データベース作成者連絡先：
〒305-8634 茨城県つくば市大わし 1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
上樂明也
E-mail: joraku[at]affrc[dot]go[dot]jp