jPOSTデータベース

2024/06/12

Web Site: https://globe.jpostdb.org/

jPOSTデータベースは、jPOSTリポジトリに登録されたプロテオームデータに対して統一された基準で再解析した結果を収録したデータベースです

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. 同定タンパク質データ
  3. PSMペプチドデータ
  4. PSMペプチド変異データ
  5. jPOSTデータベースRDF
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「jPOSTデータベース」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 同定タンパク質データ

データ名 同定タンパク質データ
データ内容の説明

jPOSTリポジトリ上のプロテオームデータを再解析し、UniProt上のタンパク質データと同定した結果のサマリデータ。
データファイル jpostdb_protein.zip (11.8MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
protein_id jPOST内部のタンパク質ID
accession UniProt ID
symbol UniProt タンパク質シンボル
name タンパク質名
protein_type タンパク質の種類（Leading protein, Spectrum same-set protein Spectrum sub-set protein, Spectrum subsumable protein）
pep_count 同定されたペプチドの総数
psm_count peptide specrum match(マススペクトルでマッチしたペプチド)の総数
uniq_pep_count ユニークなペプチドの総数
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2.3 PSMペプチドデータ

データ名 PSMペプチドデータ
データ内容の説明

protein spectrum matchで得られたペプチドのデータ。
データファイル jpostdb_psm.zip (64.6MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
psm_id jPOST内部のPSM ID
sequence ペプチド配列
accession UniProt ID
exp_mz 実験により得られたm/z(質量ｍと電荷zの比)値
calc_mz 計算により求められたm/z(質量ｍと電荷zの比)値
charge 電荷
jpost_score jPOSTスコア
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2.4 PSMペプチド変異データ

データ名 PSMペプチド変異データ
データ内容の説明

PSMペプチドの変異データ
データファイル jpostdb_psm_modification.zip (16.0MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
psm_id jPOST内部のPSM ID
modification 変異の種類
site 変異の場所
position 変異のペプチド配列中の位置
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2.5 jPOSTデータベースRDF

データ名 jPOSTデータベースRDF
データ内容の説明

jPOSTデータベースをRDF形式にしたデータ。RDFスキーマは、https://integbio.jp/rdf/dataset/jpost　を参照。
データファイル -
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2021/08/12

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースは、CC0 パブリックドメインで提供されます。

データベース作成者連絡先：
E-mail:jpost_address

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2024/06/12 DOIを付与
2021/08/12 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2018/03/26 jPost(https://jpostdb.org/)で公開開始
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5. 参考文献

Yuki Moriya, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Yoshinori Yamanouchi, Norie Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Mio Iwasaki, Naoyuki Sugiyama, Satoshi Tanaka, Susumu Goto, Yasushi Ishihama
The jPOST environment: an integrated proteomics data repository and database
Nucleic Acids Research, Volume 47, Issue D1, 08 January 2019, Pages D1218–D1224. doi: 10.1093/nar/gky899

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6. 連絡先

「jPOSTデータベース」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

https://jpostdb.org/contact/

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