HATODAS

2010/03/08

WebSite: http://database.riken.jp/item/rib108i
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/hatodas

タンパク質のＸ線結晶解析で行われる重原子化の事例を収集したデータベース。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. 重原子レコード
  3. モチーフ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「HATODAS」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイルです。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）

2.2 重原子レコード

データ名 重原子レコード
データ内容の説明 重原子導入事例のリスト。 なおダウンロードファイルでは、各項目は７列（理研サイネスでのクラスID、クラス名、インスタンスID、インスタンス名、URI、インスタンスのライセンス、インスタンスのアトリビューション）で表現されている。
データファイル hatodas.zip(44KB)


データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
RIKEN Heavy Atom Record ○ 　 理研重原子レコード（重原子導入事例）基本ID
site 　 　 重原子結合サイト（重原子が結合したアミノ酸残基種）
protein 　 　 タンパク質（重原子が導入されたタンパク質）
atom 　 　 重原子（導入された重原子）
heavy atom compound 　 　 重原子化合物（重原子の導入に使われた化合物）
insert method 　 　 重原子化実験方法（重原子を導入した方法）
heavy atom concentration 　 　 導入時の重原子の濃度(mM)
precipitant 　 　 沈殿剤（結晶化に用いられた沈殿剤）
buffer solution 　 　 緩衝液（結晶化に用いられた緩衝液）
buffer concentration 　 　 結晶化に用いられた緩衝液の濃度(mM)
buffer pH 　 　 結晶化に用いられた緩衝液のpH
soaking time 　 　 重原子導入時間(hour)
back-soaking time 　 　 バックソーキング時間(hour)
reference 　 　 文献（雑誌名・巻・頁・年）
reference URL 　 　 文献URL
motif 　 　 モチーフ（重原子が頻繁に導入されたアミノ酸配列のパターン）（空欄）

2.2 重原子レコード

データ名 モチーフ
データ内容の説明 重原子とその重原子が頻繁に結合するアミノ酸配列モチーフの対のリスト。 それぞれの対に対して、その根拠となった事例と実際の配列を示すために、オリジナルHATODAS内へのリンクの情報が付随している。 ※なおダウンロードファイルでは、「atom」、「motif」は７列（理研サイネスでのクラスID、クラス名、インスタンスID、インスタンス名、 URI、インスタンスのライセンス、インスタンスのアトリビューション）で表現されている
データファイル hatodas_motif.zip (3KB)


データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
atom ○ 　 重原子
motif ○ 　 モチーフ（重原子が頻繁に導入されたアミノ酸配列のパターン）
examples in HATODAS 　 　 オリジナルHATODAS内のこのモチーフと重原子の対
link to HATODAS 　 　 オリジナルHATODAS内のこのモチーフと重原子の対へのリンク
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2010/03/08

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”HATODAS, Copyright© 2010 国島 直樹（理化学研究所）　licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

〒679-5148　兵庫県佐用郡佐用町光都1-1-1
Tel: 0791-58-0808（代表） / Fax: 0791-58-0800
国島 直樹
E-mail: kunishima[at]spring8[dot]or[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2010/03/08 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2009/07/23 理研サイネスでダウンロードデータを公開開始
2009/03/31 理研サイネスでデータを公開開始
2005 HATODAS(http://hatodas.harima.riken.jp/)で公開開始
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5. 参考文献

Sugahara M, Asada Y, Ayama H, Ukawa H, Taka H, Kunishima N.
Heavy-atom Database System: a tool for the preparation of heavy-atom derivatives of protein crystals based on amino-acid sequence and crystallization conditions.
Acta Crystallographica Section D/2005:09/9
PMID: 16131765

6.連絡先

「HATODAS」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒679-5148　兵庫県佐用郡佐用町光都1-1-1
Tel: 0791-58-0808（代表） / Fax: 0791-58-0800
国島 直樹
E-mail: kunishima[at]spring8[dot]or[dot]jp

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