質量分析法を主体としたプロテオミクスの手法で実験的に同定されたN結合型糖タンパク質のデータベース。 由来の生物種、試料組織、同定されたタンパク質のアミノ酸配列上の糖鎖付加位置、 当該部位を含む糖ペプチドと親和性を示すレクチンの種類、の他、 アミノ酸配列上の構造モチーフ(シグナル配列や膜貫通領域の予測データ)、 および同定された糖タンパク質の類縁分子についての外部データベースへのリンク、を含む。
| データ名 | README |
| データ内容 | GlycoProtDBのダウンロードデータについて説明したHTMLファイルです。 |
| ダウンロードファイル名 | README-ja.html （日本語） |
| データ名 | N結合型糖鎖の修飾位置 (Tax6239) |
| データ内容の説明 | IGOT法により糖鎖修飾位置を同定した線虫タンパク質のリスト。 文献：Mol Cell Proteomics. 2007 Dec;6(12):2100-9. Epub 2007 Aug 30. (Pubmed ID:17761667) |
| データファイル | glycoprotdb_tax6239.zip (20.2 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| GPID | AISTの管理番号 |
| Taxonomy ID | Taxonomy ID |
| Gene symbol | 遺伝子シンボル |
| Gene description | 遺伝子に関する説明 |
| GI number | NCBI GI番号 |
| Position | N-結合型糖鎖付加位置 |
| Tissue, Lectin | 試料の由来、実験で使用されたレクチン名 |
| データ名 | N結合型糖鎖の修飾位置 (Tax10090) |
| データ内容の説明 | IGOT法により糖鎖修飾位置を同定したマウスのタンパク質のリスト。 文献: J Proteome Res. 2012 Sep 7;11(9):4553-66. (Pubmed ID:22823882) |
| データファイル | glycoprotdb_tax10090.zip (92.5 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| GPID | AISTの管理番号 |
| Taxonomy ID | Taxonomy ID |
| Gene symbol | 遺伝子シンボル |
| Gene description | 遺伝子に関する説明 |
| GI number | NCBI GI番号 |
| Position | N-結合型糖鎖付加位置 |
| Tissue, Lectin | 試料の由来、実験で使用されたレクチン名 |
| データ名 | N結合型糖鎖の修飾位置 (Tax10090 b4GalT1) |
| データ内容の説明 | Glycosyltransferase isozymeであるβ1,4-galactosyltransferase-I (β4GalT-I) に特異的なターゲットタンパク質 (マウス) について、IGOT法により糖鎖修飾位置を同定したリスト。 文献: Sci Rep. 2012;2:680. Epub 2012 Sep 21. (Pubmed ID:23002422) |
| データファイル | glycoprotdb_tax10090_b4galt1.zip (9.7 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| GPID | AISTの管理番号 |
| Taxonomy ID | Taxonomy ID |
| Gene symbol | 遺伝子シンボル |
| Gene description | 遺伝子に関する説明 |
| GI number | NCBI GI番号 |
| Position | N-結合型糖鎖付加位置 |
| Tissue, Lectin | 試料の由来: マウスの系統、実験で使用されたレクチン名 野生株: b4GalT-I(+/+) b4GalT-I欠損株: b4GalT-I(-/-) |
| データ名 | N結合型糖鎖の修飾位置 (Tax9606) |
| データ内容の説明 | IGOT法により糖鎖修飾位置を同定したヒトのタンパク質のリスト。 文献: J Proteome Res. 2013 Jun 7;12(6):2630-40. doi: 10.1021/pr301217b. Epub 2013 Apr 30.(Pubmed ID: 23586699) |
| データファイル | glycoprotdb_tax9606.zip (11.6 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| GPID | AISTの管理番号 |
| Taxonomy ID | Taxonomy ID |
| Gene symbol | 遺伝子シンボル |
| Gene description | 遺伝子に関する説明 |
| GI number | NCBI GI番号 |
| Position | N-結合型糖鎖付加位置 |
| Tissue, Lectin | 試料の由来、実験で使用されたレクチン名 |
本データベースは、以下で定める標準利用許諾及び追加利用許諾に基づきご利用いただくことができます。
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データベース作成者連絡先：
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本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。
| 更新日 | 更新内容 |
| 2015/03/25 | 線虫のデータを更新。
|
| 2015/03/25 | 連絡先のメールアドレス、オリジナルサイトのURLおよび統括サイトのURLを更新 |
| 2015/01/21 | 連絡先のメールアドレス、オリジナルサイトのURLおよび統括サイトのURLを更新 |
| 2013/11/05 | 簡易検索サイトにおいて、GPIDのリンク先を修正 |
| 2009/05/22 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータの一部配布開始 |
| 2008/08/19 | GlycoProtDB(http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/glycodb/Glc_ResultSearch) で公開開始 |