Transposon insertion site database - germline

2012/09/03

WebSite: Transposon insertion site database - germline
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/germline_sb_transposon

Sleeping Beautyトランスポゾンを用いて作製した変異マウスに関するデータベース。 トランスポゾンの挿入部位と近傍遺伝子を、UCSC等のゲノムデータベースとリンクを貼って示している。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. マウス生殖系列のSBトランスポゾン挿入部位データ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Transposon insertion site database - germline 」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 マウス生殖系列のSBトランスポゾン挿入部位データ

データ名 マウス生殖系列のSBトランスポゾン挿入部位データ
データ内容の説明 マウス生殖系列のSBトランスポゾン挿入部位データ。 トランスポゾン挿入マウス系統に関する実験関連情報(挿入位置に隣接する配列情報等)、挿入位置近傍の遺伝子に関する情報、 及びトランスポゾン挿入位置に関する情報をリストしている。
データファイル germline_sb_transposon.zip (28KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
実験関連情報
Mouse_ID トランスポゾン挿入マウスのID
Seq_ID 染色体上のトランスポゾン挿入位置に隣接するDNA配列ID
Donor 系統の由来するドナーマウス
Flanking Sequence LM-PCRによって決定されたトランスポゾン挿入位置に隣接するDNA配列
遺伝子関連情報
Mouse_Symbol 遺伝子の名称
(トランスポゾンが挿入された遺伝子、または挿入位置から±50kb内の最近接遺伝子の名称)
 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「No_gene(<50kb)」と記載
 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「ND」と記載
Link to Entrez (Mammalia) ・アーカイブファイルでは、空欄
・TogoDBでは、NCBIのEntrez Geneで同じ遺伝子名で哺乳類の範囲で検索したページへのリンク
Product 遺伝子産物名
 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載
 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「ND」と記載
MGI 遺伝子に対応するMGIエントリのID
 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載
 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「ND」と記載
Link to MGI ・アーカイブファイルでは、空欄
・TogoDBではMGIへのリンク
EntrezGene 遺伝子に対応するEntrezGeneエントリのID
 ・TogoDBではEntrezGene Full Repoprtへのリンクを付加
Accession# 遺伝子に対応するNCBI Accession番号
 ・TogoDBではNCBIへのリンクを付加
Human Map 遺伝子に対応するヒトのオーソログ遺伝子の、ヒト染色体マップ上の位置
 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載
 ・遺伝子が存在しても、対応するヒトのオーソログ遺伝子がない場合も、「N/D」と記載
トランスポゾン挿入位置関連情報
UCSC Viewer 染色体上のトランスポゾン挿入位置の両側100kbの領域の境界座標
 ・TogoDBではUCSCブラウザへのリンクを付加
 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「:0」と記載
Chromosome 染色体上のトランスポゾン挿入位置の染色体番号
 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「:0」と記載
Position 染色体上のトランスポゾン挿入位置の座標
 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「:0」と記載
Location トランスポゾン挿入位置の遺伝子構造との関係
 ・5 prime : 遺伝子の1番目のエクソンの5’側の領域
 ・3 prime : 遺伝子の最後のエクソンの3’側の領域
 ・intron n : 遺伝子のn番目のイントロン領域
 ・exon n : 遺伝子のn番目のエクソン領域
 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載
Distance(Base) トランスポゾン挿入位置から、遺伝子末端位置までの塩基数
 ・disrupt CDS : Locationがintron又はexonの場合、挿入位置が翻訳配列内にある場合
 ・not disrupt CDS : Locationがintron又はexonの場合、挿入位置が翻訳配列外にある場合
 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載
Mutagen Direction トランスポゾン挿入の向き
 ・Same :挿入位置から±50kb内の最近接遺伝子の向きとトランスポゾンの向きが同じ場合
 ・Inv   :挿入位置から±50kb内の最近接遺伝子の向きとトランスポゾンの向きが反対の場合
 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2010/03/10

本データベースは、以下で定める標準利用許諾及び追加利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。 追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。


標準利用許諾

Creative Commons License

本データベースの標準利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Transposon insertion site database - germline, Copyright© 2009 堀江 恭二(大阪大学) licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。

追加利用許諾

1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。

2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。

3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

堀江 恭二 准教授
大阪大学 医学系研究科 環境・生体機能学
〒565-0871 大阪府吹田市山田丘2-2
tel:06(6879)3262(直通) fax:06(6879)3266
E-mail: takeda-lab[at]mr-envi[dot]med[dot]osaka-u[dot]ac[dot]jp

本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2012/09/03 オリジナルサイトのURLを更新
2010/03/16 データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2005/09/22 Transposon insertion site database - germline (http://transposon.abcc.ncifcrf.gov/cgi-bin/germline/list_all.cgi)で公開開始
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5. 参考文献

Keng VW, Yae K, Hayakawa T, Mizuno S, Uno Y, Yusa K, Kokubu C, Kinoshita T, Akagi K, Jenkins NA, Copeland NG, Horie K, Takeda J.
Region-specific saturation germline mutagenesis in mice using the Sleeping Beauty transposon system.
Nat Methods. 2005 Oct;2(10):763-9.
PMID: 16179923
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6.連絡先

「Transposon insertion site database - germline 」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

堀江 恭二 准教授
大阪大学 医学系研究科 環境・生体機能学
〒565-0871 大阪府吹田市山田丘2-2
tel:06(6879)3262(直通) fax:06(6879)3266
E-mail: takeda-lab[at]mr-envi[dot]med[dot]osaka-u[dot]ac[dot]jp

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