Sleeping Beautyトランスポゾンを用いて作製した変異マウスに関するデータベース。 トランスポゾンの挿入部位と近傍遺伝子を、UCSC等のゲノムデータベースとリンクを貼って示している。
データ名 | README |
データ内容 | 「Transposon insertion site database - germline 」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
ダウンロードファイル名 | README.html(日本語) |
データ名 | マウス生殖系列のSBトランスポゾン挿入部位データ |
データ内容の説明 | マウス生殖系列のSBトランスポゾン挿入部位データ。 トランスポゾン挿入マウス系統に関する実験関連情報(挿入位置に隣接する配列情報等)、挿入位置近傍の遺伝子に関する情報、 及びトランスポゾン挿入位置に関する情報をリストしている。 |
データファイル | germline_sb_transposon.zip (28KB) |
項目名 | 項目の説明 |
---|---|
実験関連情報 | |
Mouse_ID | トランスポゾン挿入マウスのID |
Seq_ID | 染色体上のトランスポゾン挿入位置に隣接するDNA配列ID |
Donor | 系統の由来するドナーマウス |
Flanking Sequence | LM-PCRによって決定されたトランスポゾン挿入位置に隣接するDNA配列 |
遺伝子関連情報 | |
Mouse_Symbol |
遺伝子の名称 (トランスポゾンが挿入された遺伝子、または挿入位置から±50kb内の最近接遺伝子の名称) ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「No_gene(<50kb)」と記載 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「ND」と記載 |
Link to Entrez (Mammalia) |
・アーカイブファイルでは、空欄 ・TogoDBでは、NCBIのEntrez Geneで同じ遺伝子名で哺乳類の範囲で検索したページへのリンク |
Product |
遺伝子産物名 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「ND」と記載 |
MGI |
遺伝子に対応するMGIエントリのID ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「ND」と記載 |
Link to MGI | ・アーカイブファイルでは、空欄 ・TogoDBではMGIへのリンク |
EntrezGene |
遺伝子に対応するEntrezGeneエントリのID ・TogoDBではEntrezGene Full Repoprtへのリンクを付加 |
Accession# |
遺伝子に対応するNCBI Accession番号 ・TogoDBではNCBIへのリンクを付加 |
Human Map |
遺伝子に対応するヒトのオーソログ遺伝子の、ヒト染色体マップ上の位置 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載 ・遺伝子が存在しても、対応するヒトのオーソログ遺伝子がない場合も、「N/D」と記載 |
トランスポゾン挿入位置関連情報 | |
UCSC Viewer |
染色体上のトランスポゾン挿入位置の両側100kbの領域の境界座標 ・TogoDBではUCSCブラウザへのリンクを付加 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「:0」と記載 |
Chromosome |
染色体上のトランスポゾン挿入位置の染色体番号 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「:0」と記載 |
Position |
染色体上のトランスポゾン挿入位置の座標 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「:0」と記載 |
Location |
トランスポゾン挿入位置の遺伝子構造との関係 ・5 prime : 遺伝子の1番目のエクソンの5’側の領域 ・3 prime : 遺伝子の最後のエクソンの3’側の領域 ・intron n : 遺伝子のn番目のイントロン領域 ・exon n : 遺伝子のn番目のエクソン領域 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載 |
Distance(Base) |
トランスポゾン挿入位置から、遺伝子末端位置までの塩基数 ・disrupt CDS : Locationがintron又はexonの場合、挿入位置が翻訳配列内にある場合 ・not disrupt CDS : Locationがintron又はexonの場合、挿入位置が翻訳配列外にある場合 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載 |
Mutagen Direction |
トランスポゾン挿入の向き ・Same :挿入位置から±50kb内の最近接遺伝子の向きとトランスポゾンの向きが同じ場合 ・Inv :挿入位置から±50kb内の最近接遺伝子の向きとトランスポゾンの向きが反対の場合 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載 |
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堀江 恭二 准教授
大阪大学 医学系研究科 環境・生体機能学
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更新日 | 更新内容 |
2012/09/03 | オリジナルサイトのURLを更新 |
2010/03/16 | データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
2005/09/22 | Transposon insertion site database - germline (http://transposon.abcc.ncifcrf.gov/cgi-bin/germline/list_all.cgi)で公開開始 |
堀江 恭二 准教授
大阪大学 医学系研究科 環境・生体機能学
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