GENIUS II

2017/10/11

Web Site: （運用終了）http://genius.cbrc.jp
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/genius/

多重媒介配列検索法（MISS法）を用いて 各生物種ゲノムの全ORFを構造既知の タンパク質の立体構造に帰属したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. HTMLソース
  3. PDBアライメント
  4. ORFリスト
  5. ORFアライメント
  6. ORF配列
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「GENIUS II」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 HTMLソース

データ名 HTMLソース
データ内容の説明

オリジナルサイト（運用終了）のHTMLソースです。CGIへのリンクは動作しません。
データファイル HTML_Source.tar.gz (41MB)
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2.3 PDBアライメント

データ名 PDBアライメント
データ内容の説明

PDB配列と中間配列との間のPSI-BLAST検索結果（アライメント）へのリンク情報です。
データファイル genius_pdb_alignment.zip (23 KB)
PDB_Alignment.tar.gz (4.3 GB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Query PSI-BLAST検索クエリ(PDB ID)
Alignment アライメント結果ファイルへのリンク
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2.4 ORFリスト

データ名 ORFリスト
データ内容の説明

234生物種ゲノムのORF一覧です。ここからORF配列情報、アライメント情報へリンクすることができます。
データファイル genius_orf_list.zip (15 MB)
Analysis_Result.tar.gz (28 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ORF Name ORF名
ORF ID ORFのID
Superkingdom ORFが含まれるゲノムの生物種のドメイン
Species ORFが含まれるゲノムの生物種
Chromosome ORFが含まれるゲノム上の染色体（Refseq ID）
Alignment (PDB & Intermediate Sequence) 対応するPDB IDと中間配列のID
クリックするとアライメント情報にリンクします
Alignment (ORF & Intermediate Sequence) 対応するORF名と中間配列のID
クリックするとアライメント情報にリンクします
Region in PDB (3D) ORFに対応するPDBタンパク質立体構造における位置情報
Prosite Motifs (in ORF)(in PDB) ORFに対応するPROSITEタンパク質モチーフ情報
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2.5 ORFアライメント

データ名 ORFアライメント
データ内容の説明

ORF配列と中間配列との間のBLAST検索結果（アライメント）へのリンク情報です。
データファイル genius_orf_alignment.zip (170 MB)
ORF_Alignment.tar.gz (168 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Chromosome ORFが含まれるゲノム上の染色体（RefSeq ID）
Query BLAST検索クエリ(ORF ID)
Alignment アライメント結果
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2.6 ORF配列

データ名 ORF配列
データ内容の説明

ORF配列（アミノ酸）です
データファイル genius_orf_sequence.zip (164 MB)
ORF_Sequence.tar.gz (182 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Chromosome ORFが含まれるゲノム上の染色体（Refseq ID）
ORF ID ORFのID
Header 配列のFASTAヘッダ
Sequence 配列
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2017/10/11

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”GENIUS II c 諏訪 牧子 (青山学院大学) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
〒252-5258 神奈川県相模原市中央区淵野辺　5-10-1　Ｊ607号室
青山学院大学 理工学部化学・生命科学科　諏訪牧子
TEL: 042-759-6284
E-mail: suwa[at]chem[dot]aoyama[dot]ac[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2017/10/11 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
- genius II(http://genius.cbrc.jp)で公開開始
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5. 参考文献

Yabuki, Y., Mukai, Y., Swindells, M. B. and Suwa M.
GENIUS II: a high-throughput database system for linking ORFs in complete genomes to known protein three-dimensional structures
Bioinformatics (2004), 20 :596-598.
PMID: 14751990

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6. 連絡先

「GENIUS II」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒252-5258 神奈川県相模原市中央区淵野辺　5-10-1　Ｊ607号室
青山学院大学 理工学部化学・生命科学科　諏訪牧子
TEL: 042-759-6284
E-mail:suwa[at]chem[dot]aoyama[dot]ac[dot]jp

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