GDBS
2015/01/22
HTTPS Site:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/gdbs/
多因子性疾患（関節リウマチ、尋常性乾癬、摂食障害）に関する遺伝子多型情報をタイピングにより解析したデータベース
README 目次
- ダウンロードデータの構成
- ダウンロードデータの説明
- 本データベースの利用許諾
- 更新履歴
- 参考文献
- 連絡先
1. ダウンロードデータの構成
- README
- Disease List
- Pooled DNA Typing: Marker Information
- Pooled DNA Typing: Typing Result
- Pooled DNA Typing: Statistics
- Individual Typing: Marker Information
- Individual Typing: Allele Normalize Information
- Individual Typing: Hardy Weinberg Test
- Individual Typing: Statistics
- SNPs Typing: SNP Information
- SNPs Typing: Hardy Weinberg Test
- SNPs Typing: Statistics
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 |
README |
| データ内容 |
「GDBS」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 |
README.html（日本語） |
2.2 Disease List
| データ名 |
Disease List |
| データ内容の説明 |
約30,000個のマイクロサテライトマーカーについて、自己免疫疾患（関節リウマチ・尋常性乾癬）及び摂食障害との関連性を調べるため、pooled DNAタイピング法による実験を行った結果のデータ。 |
| データファイル |
hgold_main.zip (1KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| Experiment Type |
実験の種別 |
| Disease |
疾患名 |
| Group |
実験グループ |
| Description |
実験グループについての説明 |
| Link to Marker/SNP Information |
マーカー情報またはSNP情報へのリンク(簡易検索サイトのみ) |
2.3 Pooled DNA Typing: Marker Information
| データ名 |
Pooled DNA Typing: Marker Information |
| データ内容の説明 |
自己免疫疾患（関節リウマチ・尋常性乾癬）及び摂食障害との関連性を調べるため、pooled DNAタイピング法による実験が行われた、ヒトの全ゲノムに分布する約30,000個のマイクロサテライトマーカーに関する情報。
|
| データファイル |
hgold_pooled_dna_marker.zip (1.4 MB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| Group |
マーカーのグループ |
| Marker ID |
マーカーのID |
| Chromosome |
マーカーの存在する染色体の番号 |
| Start Position |
マーカーの染色体上の開始位置 |
| End Position |
マーカーの染色体上の終了位置 |
| Cytoband |
マーカーの存在する染色体上の位置 |
| Forward Primer |
フォワードプライマー配列 |
| Reverse Primer |
リバースプライマー配列 |
| Amplicon Size |
アンプリコンサイズ |
| Repeat Unit |
繰り返し単位配列 |
| Repeat Number |
繰り返し数 |
| Link to Typing Result |
TypingResultページへのリンク |
| Link to Statistics |
Statisticsページへのリンク |
2.4 Pooled DNA Typing: Typing Result
| データ名 |
Pooled DNA Typing: Typing Result |
| データ内容の説明 |
約30,000個のマイクロサテライトマーカーについて、自己免疫疾患（関節リウマチ・尋常性乾癬）及び摂食障害との関連性を調べるため、pooled DNAタイピング法による実験を行った結果のデータ。
|
| データファイル |
hgold_pooled_dna_typing.zip (19.5 MB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| Group |
マーカーのグループ |
| Marker ID |
マーカーのID |
| Condition |
サンプルの状態。Pは患者、Nは健常者です。 |
| Number of Allele |
マーカーとなる配列に対する対立遺伝子の数 |
| Heterozygosity |
ヘテロ接合性のピーク値 |
| Peakpick type |
ヘテロ接合性のピーク値の取得方法。Mは手動で、Aはソフトウェアにより自動的に取得したことを表します。 |
| Size |
アリルサイズ |
| Height |
ピーク高 |
2.5 Pooled DNA Typing: Statistics
| データ名 |
Pooled DNA Typing: Statistics |
| データ内容の説明 |
約30,000個のマイクロサテライトマーカーについて、自己免疫疾患（関節リウマチ・尋常性乾癬）及び摂食障害との関連性を調べるため、pooled DNAタイピング法による実験を行い、統計処理を行ったデータ。
|
| データファイル |
hgold_pooled_dna_stat.zip (5.4 MB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| Group |
マーカーのグループ |
| Marker ID |
マーカーのID |
| Allele Size (Case) |
患者側アリル |
| Allele Number (Case) |
患者側アリル度数 |
| Allele Size (Control) |
健常者側アリル |
| Allele Number (Control) |
健常者側アリル度数 |
| Exact Test 2x2 P Value |
2 X 2分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値 |
| Exact Test 2xm P Value |
2 X m分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値 |
| Exact Test 2xm Standard Error |
2 X m分割表を使った正確確率検定の標準誤差 |
| Exact Test 2xm Estimate Upper |
2 X m分割表を使った正確確率検定で推定された、P値が取りうる上限 |
| Exact Test 2xm Estimate Under |
2 X m分割表を使った正確確率検定で推定された、P値が取りうる下限 |
2.6 Individual Typing: Marker Information
| データ名 |
Individual Typing: Marker Information |
| データ内容の説明 |
pooled DNAタイピング法による実験により絞り込まれたマイクロサテライトマーカーのデータ。
|
| データファイル |
hgold_individual_marker.zip (18.5 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| Group |
マーカーのグループ |
| Marker ID |
マーカーのID |
| Chromosome |
マーカーの存在する染色体の番号 |
| Start Position |
マーカーの染色体上の開始位置 |
| End Position |
マーカーの染色体上の終了位置 |
| Cytoband |
マーカーの存在する染色体上の位置 |
| Forward Primer |
フォワードプライマー配列 |
| Reverse Primer |
リバースプライマー配列 |
| Amplicon Sze |
アンプリコンサイズ |
| Repeat Unit |
繰り返し単位配列 |
| Repeat Number |
繰り返し回数 |
| Link to Normalize Information |
NormalizeInformationへのリンク |
| Link to Hardy Weinberg Test |
WeinbergTestへのリンク |
| Link to Statistics |
Statisticsへのリンク |
2.7 Individual Typing: Allele Normalize Information
| データ名 |
Individual Typing: Allele Normalize Information |
| データ内容の説明 |
pooled DNAタイピング法による実験により絞り込まれたマイクロサテライトマーカーのアリルに関するデータ。
|
| データファイル |
hgold_individual_round.zip (39.5 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| Group |
マーカーのグループ |
| Marker ID |
マーカーのID |
| Allele Space |
アリル間隔（パラメータ） |
| Group Space |
グループ間隔（パラメータ） |
| Allele Size |
アリルサイズ |
| Allele Frequency |
アリル頻度 |
| Group Average |
アリルの平均値（整数化後） |
2.8 Individual Typing: Hardy Weinberg Test
| データ名 |
Individual Typing: Hardy Weinberg Test |
| データ内容の説明 |
pooled DNAタイピング法による実験により絞り込まれたマイクロサテライトマーカーについて、個別のサンプルをタイピングし、ハーディ・ワインベルク平衡の検定を行ったデータ。
|
| データファイル |
hgold_individual_hwt.zip (45.7 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| Group |
マーカーのグループ |
| Marker ID |
マーカーのID |
| Screening |
スクリーニング番号 |
| Condition |
サンプルの状態。Pは患者、Nは健常者を表します。 |
| Probability Test P Value |
正確確率検定によって算出されたP値 |
| Probability Test Standard Error |
正確確率検定の標準誤差 |
| Heterozygote Excess P Value |
ヘテロ接合性があるとした場合のP値 |
| Heterozygote Excess Standard Error |
ヘテロ接合性があるとした場合の標準誤差 |
| Heterozygote Defiency P Value |
ヘテロ接合性がないとした場合のP値 |
| Heterozygote Defiency Standard Error |
ヘテロ接合性がないとした場合の標準誤差 |
2.9 Individual Typing: Statistics
| データ名 |
Individual Typing: Statistics |
| データ内容の説明 |
pooled DNAタイピング法による実験により絞り込まれたマイクロサテライトマーカーについて、個別のサンプルをタイピングし、統計処理を行ったデータ。
|
| データファイル |
hgold_individual_stat.zip (78.7 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| Group |
マーカーのグループ |
| Marker ID |
マーカーのID |
| Status |
実行ステータス |
| Allele Size (Case) |
患者側アリルサイズ |
| Allele Number (Case) |
患者側アリル度数 |
| Allele Size (Control) |
健常者側アリルサイズ |
| Allele Number (Control) |
健常者側アリル度数 |
| Exact Test 2x2 P Value |
2 X 2分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値 |
| Exact Test 2xm P Value |
2 X m分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値 |
2.10 SNPs Typing: SNP Information
| データ名 |
SNPs Typing: SNP Information |
| データ内容の説明 |
個別タイピングによる実験により絞り込まれた領域に存在するSNPのデータ。
|
| データファイル |
hgold_snp_info.zip (76.7 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| Group |
SNPのグループ |
| SNP ID |
SNPのID |
| Chromosome |
SNPの存在する染色体の番号 |
| Strand |
SNPの向き |
| Start Position |
SNPの染色体上の開始位置 |
| End Position |
SNPの染色体上の終了位置 |
| Cytoband |
SNPの存在する染色体上の位置 |
| Gene |
SNPの存在する遺伝子名 |
| Gene Strand |
遺伝子の向き |
| Allele |
対立するSNP配列の組み合わせ |
| Sequence |
SNPの周辺配列 |
| Validation Status |
dbSNPのValidation Status番号 |
| SNP Class |
dbSNPのSNP Class番号 |
| Polymorphism |
対立するSNP配列の組み合わせ（Alleleと同じ） |
| Molecule Type |
dbSNPのMolecule Type |
| Link to Hardy Weinberg Test |
HWTへのリンク |
| Link to Statistics |
Statisticsへのリンク |
2.11 SNPs Typing: Hardy Weinberg Test
| データ名 |
SNPs Typing: Hardy Weinberg Test |
| データ内容の説明 |
個別タイピングによる実験により絞り込まれた領域に存在するSNPについて、タイピングを実施し、ハーディ・ワインベルク平衡の検定を行ったデータ。
|
| データファイル |
hgold_snp_hwt.zip (21.5 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| Group |
SNPのグループ |
| SNP ID |
SNPのID |
| Screening |
スクリーニング番号 |
| Condition |
サンプルの状態。Pは患者、Nは健常者を表します。 |
| Probability Test P Value |
正確確率検定によって算出されたP値 |
| Probability Test Standard Error |
正確確率検定の標準誤差 |
| Heterozygote Excess P Value |
ヘテロ接合性があるとした場合のP値 |
| Heterozygote Excess Standard Error |
ヘテロ接合性があるとした場合の標準誤差 |
| Heterozygote Defiency P Value |
ヘテロ接合性がないとした場合のP値 |
| Heterozygote Defiency Standard Error |
ヘテロ接合性がないとした場合の標準誤差 |
2.12 SNPs Typing: Statistics
| データ名 |
SNPs Typing: Statistics |
| データ内容の説明 |
個別タイピングによる実験により絞り込まれた領域に存在するSNPについて、タイピングを実施し、統計処理を行ったデータ。
|
| データファイル |
hgold_snp_stat.zip (33.4 KB)
|
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
| 項目名 |
項目の説明 |
| Group |
SNPのグループ |
| SNP ID |
SNPのID |
| Status |
実行ステータス |
| Genotype |
タイプ |
| Allele (Case) |
患者側アリル |
| Allele Number (Case) |
患者側アリル度数 |
| Allele (Control) |
健常者側アリル |
| Allele Number (Control) |
健常者側アリル度数 |
| Exact Test 2x2 P Value |
対立するSNPに挿入・欠損がない場合に2 X 2分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値 |
| Exact Test 2xm P Value |
対立するSNPに挿入・欠損がない場合に2 X m分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値 |
3. 本データベースの利用許諾
利用許諾更新日: 2012/06/22
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。
本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、
”GDBS © 五條堀 孝 (国立遺伝学研究所) licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、
利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は
こちらです。
具体的な許諾条項は
こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下の連絡先に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
連絡先：
（独）産業技術総合研究所
バイオメディシナル情報研究センター
今西 規（Imanishi Tadashi）
E-mail: t.imanishi[at]aist[dot]go[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 |
更新内容 |
| 2015/01/22 |
データベースの説明の以下の情報を変更
- データベース運用場所
- オリジナルサイト
- 統括サイト
- 一括ダウンロードサイト
|
| 2012/06/22 |
生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2005 |
GDBS(http://www.h-invitational.jp/gdbs/top.jsp)で公開開始 |
5. 参考文献
Tamiya G, Shinya M, Imanishi T, Ikuta T, Makino S, Okamoto K, Furugaki K, Matsumoto T, Mano S, Ando S, Nozaki Y, Yukawa W, Nakashige R, Yamaguchi D, Ishibashi H, Yonekura M, Nakami Y, Takayama S, Endo T, Saruwatari T, Yagura M, Yoshikawa Y, Fujimoto K, Oka A, Chiku S, Linsen SEV, Giphart MJ, Kulski JK, Fukazawa T, Hashimoto H, M Kimura, Hoshina Y, Suzuki Y, Hotta T, Mochida J, Minezaki T, Komai K, Shiozawa S, Taniguchi A, Yamanaka H, Kamatani N, Gojobori T, Bahram S, Inoko H.
Whole genome association study of rheumatoid arthritis using 27,039 microsatellites.
PMID:
16000323
6. 連絡先
「GDBS」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
（独）産業技術総合研究所
バイオメディシナル情報研究センター
今西 規（Imanishi Tadashi）
E-mail: t.imanishi[at]aist[dot]go[dot]jp