fRNAdb

2016/03/29

HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/frnadb/

文献で報告された非コードRNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. fRNAdbサマリ
  3. データベースダンプ
  4. 配列データ
  5. マッピング情報
  6. RNA二次構造イメージ
  7. 補足データ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「fRNAdb」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 fRNAdbサマリ

データ名 fRNAdbサマリ
データ内容の説明 機能性RNAデータベースは、文献で報告された機能性RNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したものである。
データファイル frnadb_summary.zip (46.5 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ID エントリのID
Accession アクセション番号
Description 説明
SO name 配列オントロジーによる分類
Organism 生物種
Xref クロスリファレンス情報
Length 配列長
Sequence 配列
Second Structure Thumbnail RNA二次構造画像のサムネイル
Second Structure (PNG) RNA二次構造画像(PNG形式)
Second Structure (PDF) RNA二次構造画像(PDF形式)
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2.3 データベースダンプ

データ名 データベースダンプ
データ内容の説明

オリジナルサイトで公開されていたデータベースをダンプしたデータ
fRNAdb.pdf:データベースのスキーマ図
fRNAdb_schema.sql:データベースのスキーマファイル
fRNAdb_table.7z:データベースのダンプファイル
fRNAdbtsv.zip:ダンプファイルをタブ区切りテキストに変換したファイル

データファイル Database_Dump (673 MB)
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2.4 配列データ

データ名 配列データ
データ内容の説明

機能性RNAの配列ファイル(FASTA形式)
・sequence.zip:以下の各ファイルの配列をすべてまとめたもの
・mirna.zip:miRNAの配列
・ncrna.zip:ncRNAの配列
・shortread.zip:ショートリードシーケンサーから得られた配列
・上記以外:各生物種の配列

データファイル Sequence_Data (102 MB)
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2.5 マッピング情報

データ名 マッピング情報
データ内容の説明

4生物種ゲノムに対するマッピング結果
・dm3_*.zip:ショウジョウバエ
・hg18_*.zip:ヒト
・mm9_*.zip:マウス
・rn3_*.zip:ラット

データファイル Mapping_Information (120 MB)
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2.6 RNA二次構造イメージ

データ名 RNA二次構造イメージ
データ内容の説明

各エントリのRNA二次構造の画像データ
・png.zip:RNA二次構造の画像データ(PNG形式)
・pdf.zip:RNA二次構造の画像データ(PDF形式)
・thumbnail.zip:RNA二次構造画像のサムネイル(JPG形式)

データファイル RNA_secondary_structure_image (9.6 GB)
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2.7 補足データ

データ名 補足データ
データ内容の説明

・xref.zip:エントリのID、アクセション番号、マッピングされたゲノム上の位置(ヒトのみ)
・count_taxon.tsv:fRNAdbに収録された全生物種のリストと収録数

データファイル Supplementary_Data (3.8 MB)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2016/03/29

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”fRNAdb © 光山 統泰 (産業技術総合研究所) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0(もしくは、それ以降のバージョン)、またはCC表示-継承互換ライセンス(リストはこちら)の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先:
光山 統泰
E-mail: mituyama-toutai[at]aist[dot]go[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2016/03/29 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2006/12 fRNAdb (http://www.ncrna.org/)で公開開始
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5. 参考文献

Kin T, Yamada K, Terai G, Okida H, Yoshinari Y, Ono Y, Kojima A, Kimura Y, Komori T, Asai K.
fRNAdb: a platform for mining/annotating functional RNA candidates from non-coding RNA sequences
Nucleic Acids Research/2007/D145-8
PMID: 17099231

Mituyama T, Yamada K, Hattori E, Okida H, Ono Y, Terai G, Yoshizawa A, Komori T, Asai K.
The Functional RNA Database 3.0: databases to support mining and annotation of functional RNAs.
Nucleic Acids Research/2009/D89-92
PMID: 18948287

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6. 連絡先

「fRNAdb」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

光山 統泰
E-mail: mituyama-toutai[at]aist[dot]go[dot]jp

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