FANTOM5

2015/12/07

Web Site: http://fantom.gsc.riken.jp/5/
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/fantom5/

ヒトやマウスの様々な細胞種における転写産物や転写因子の活性に関するデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. HeliscopeCAGE sequencing, Delve mapping and CAGE TSS aggregation
  3. CAGE peaks expression and annotation tables
  4. Pathway enrichment and co-expression cluster analysis
  5. Enhancers
  6. Results of de-novo and Motif activity analyses
  7. Sample ontology, GOstat and ontology term enrichment
  8. CAGE peaks identified as true TSS by TSS classifier
トップに戻る

2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「FANTOM5」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
トップに戻る

2.2 HeliscopeCAGE sequencing, Delve mapping and CAGE TSS aggregation

データ名 HeliscopeCAGE sequencing, Delve mapping and CAGE TSS aggregation
データ内容の説明 FANTOM5プロジェクトにおいて、HeliScopeCAGE法を使って得られた、 経時変化のデータおよびある時点のスナップショットのデータ。 「basic」ディレクトリに含まれる各ファイルの内容は、下記の通りである。
00_.assay_sdrf.txt:各サンプルについての実験情報をタブ区切り形式で記載したもの。*.bam:リード配列を参照配列にマッピングした結果をバイナリ形式で表現したファイル (BAM形式)。*.bam.bai:BAM形式のファイルに対するインデックスファイル。*.ctss.bed.gz:CAGEタグの解析で同定した転写開始点の情報をBED形式で記載したファイル。*.rdna.fa.gz:リボソームDNAの配列データファイル (FASTA形式)。
データファイル fantom5_experimental_details.zip (235 KB)
basic (1.3 TB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Extract name 実験の内部ID
FF ontology FANTOMで定義されたオントロジーのID
Description 実験の説明
Catalog ID RNAのカタログID
Category 実験のカテゴリ
Species 生物種 (ヒトまたはマウス)
Sex 性別
Age 年齢
Developmental stage 発達段階
Tissue 組織
Cell lot 細胞のロット番号
Cell type 細胞の種別
Catalogue ID 細胞のカタログ番号
Collaboration 共同研究先
Provider 細胞の提供元
Extraction protocol RNA抽出の実験手法
Material type RNAサンプルの種別
RNA tube RNAチューブの内部ID。Extract nameと同じ。
Sample name サンプル名
RNA extraction RNA抽出の実験手法
RNA ID RNAの内部ID
Comment on RNA RNAに関するコメント
lsid サンプルグループのID
Library protocol ライブラリ化の実験手法
Library ID ライブラリID
Sequence protocol 配列決定の手法
Machine name マシン名
Run name ラン名
Flowcell channel フローセルのチャネル
Alignment protocol 配列マッピングの手法
BAM file リード配列の参照配列へのマッピング結果 (BAM形式)
BAI file BAMファイルのインデックスファイル
CAGE TSS file CAGEタグの解析で同定した転写開始点 (BED形式)
Ribosomal DNA sequence file リボソームDNAリピートユニットにヒットした配列のデータファイル（FASTA形式）
トップに戻る

2.3 CAGE peaks expression and annotation tables

データ名 CAGE peaks expression and annotation tables
データ内容の説明 CAGE法で計測したRNA転写開始活性に関するピーク領域のデータ。
データファイル CAGE_peaks (4.1 GB)
トップに戻る

2.4 Pathway enrichment and co-expression cluster analysis

データ名 Pathway enrichment and co-expression cluster analysis
データ内容の説明 発現データに対して共発現クラスタ解析を行い、各クラスタについてGene OntologyやPathwayでエンリッチメント解析を行った。
データファイル Co-expression_clusters (86 MB)
トップに戻る

2.5 Enhancers

データ名 Enhancers
データ内容の説明 Phase1およびPhase2において、CAGE法を用いてRNAの転写量を計測し、同定したヒトおよびマウスのエンハンサーのデータ。
データファイル Enhancers (160 MB)
トップに戻る

2.6 Results of de-novo and Motif activity analyses

データ名 Results of de-novo and Motif activity analyses
データ内容の説明 転写開始点領域近傍における転写因子結合部位モチーフの解析結果。
HOMER等による de novoモチーフ解析
de novo モチーフや既知転写因子結合モチーフ(JASPARに登録されているもの)と、CAGEで測定された転写開始活性との相関に関する有意性
データファイル Motifs (6.2 GB)
トップに戻る

2.7 Sample ontology, GOstat and ontology term enrichment

データ名 Sample ontology, GOstat and ontology term enrichment
データ内容の説明 Phase 2.0で作製したサンプルを表現するためのオントロジー。このオントロジーは、Cell Ontology、Disease Ontology およびPan-vertebrate Uberon Ontology の上に構築したものであり、ファイルはOBO形式で提供している。
データファイル Ontology (1.8 MB)
トップに戻る

2.8 CAGE peaks identified as true TSS by TSS classifier

データ名 CAGE peaks identified as true TSS by TSS classifier
データ内容の説明 CAGE法で測定した転写開始点の各ピークについて、近傍配列が既知TSSの特徴を持つ(TSS-like)かどうかを評価したもの。ファイル「TSS_human.bed.gz」と「TSS_mouse.bed.gz」は、同定した転写開始点のデータを含む。
データファイル TSS_classifier (32 MB)
トップに戻る

3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2015/12/07

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”FANTOM5 © 理化学研究所 licensed under CC表示4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
E-mail: fantom-help[at]gsc[dot]riken[dot]jp

トップに戻る

4. 更新履歴

更新日 更新内容
2015/12/07 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2014/03/27 FANTOM5 (http://fantom.gsc.riken.jp/5/) で公開開始
トップに戻る

5. 参考文献

FANTOM Consortium and the RIKEN PMI and CLST (DGT), Forrest AR, Kawaji H, Rehli M, Baillie JK, de Hoon MJ, Lassmann T, Itoh M, Summers KM, Suzuki H, Daub CO, Kawai J, Heutink P, Hide W, Freeman TC, Lenhard B, Bajic VB, Taylor MS, Makeev VJ, Sandelin A, Hume DA, Carninci P, Hayashizaki Y.
A promoter-level mammalian expression atlas.
Nature. 2014 Mar 27;507(7493):462-70. doi: 10.1038/nature13182.
PMID: 24670764

Andersson R, Gebhard C, Miguel-Escalada I, Hoof I, Bornholdt J, Boyd M, Chen Y, Zhao X, Schmidl C, Suzuki T, Ntini E, Arner E, Valen E, Li K, Schwarzfischer L, Glatz D, Raithel J, Lilje B, Rapin N, Bagger FO, Jørgensen M, Andersen PR, Bertin N, Rackham O, Burroughs AM, Baillie JK, Ishizu Y, Shimizu Y, Furuhata E, Maeda S, Negishi Y, Mungall CJ, Meehan TF, Lassmann T, Itoh M, Kawaji H, Kondo N, Kawai J, Lennartsson A, Daub CO, Heutink P, Hume DA, Jensen TH, Suzuki H, Hayashizaki Y, Müller F; FANTOM Consortium, Forrest AR, Carninci P, Rehli M, Sandelin A.
An atlas of active enhancers across human cell types and tissues.
Nature. 2014 Mar 27;507(7493):455-61. doi: 10.1038/nature12787.
PMID: 24670763

Arner E, Daub CO, Vitting-Seerup K, Andersson R, Lilje B, Drabløs F, Lennartsson A, Rönnerblad M, Hrydziuszko O, Vitezic M, Freeman TC, Alhendi AM, Arner P, Axton R, Baillie JK, Beckhouse A, Bodega B, Briggs J, Brombacher F, Davis M, Detmar M, Ehrlund A, Endoh M, Eslami A, Fagiolini M, Fairbairn L, Faulkner GJ, Ferrai C, Fisher ME, Forrester L, Goldowitz D, Guler R, Ha T, Hara M, Herlyn M, Ikawa T, Kai C, Kawamoto H, Khachigian LM, Klinken SP, Kojima S, Koseki H, Klein S, Mejhert N, Miyaguchi K, Mizuno Y, Morimoto M, Morris KJ, Mummery C, Nakachi Y, Ogishima S, Okada-Hatakeyama M, Okazaki Y, Orlando V, Ovchinnikov D, Passier R, Patrikakis M, Pombo A, Qin XY, Roy S, Sato H, Savvi S, Saxena A, Schwegmann A, Sugiyama D, Swoboda R, Tanaka H, Tomoiu A, Winteringham LN, Wolvetang E, Yanagi-Mizuochi C, Yoneda M, Zabierowski S, Zhang P, Abugessaisa I, Bertin N, Diehl AD, Fukuda S, Furuno M, Harshbarger J, Hasegawa A, Hori F, Ishikawa-Kato S, Ishizu Y, Itoh M, Kawashima T, Kojima M, Kondo N, Lizio M, Meehan TF, Mungall CJ, Murata M, Nishiyori-Sueki H, Sahin S, Nagao-Sato S, Severin J, de Hoon MJ, Kawai J, Kasukawa T, Lassmann T, Suzuki H, Kawaji H, Summers KM, Wells C; FANTOM Consortium, Hume DA, Forrest AR, Sandelin A, Carninci P, Hayashizaki Y.
Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells.
Science. 2015 Feb 27;347(6225):1010-4. doi: 10.1126/science.1259418. Epub 2015 Feb 12.
PMID: 25678556
トップに戻る

6. 連絡先

「FANTOM5」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

E-mail: fantom-help[at]gsc[dot]riken[dot]jp

トップに戻る