FANTOM web resource

2011/10/17

Web Site: FANTOM web resource
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/fantom4/

CAGE法を使って得られたゲノムワイドな転写開始点等のデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. THP-1分化の時系列データ(CAGE)
  3. THP-1分化の時系列データ（マイクロアレイ）
  4. THP-1分化の時系列データ(qRT-PCR)
  5. ChIP-chipデータ
  6. 遺伝子ノックダウンデータ
  7. ヒトサンプルデータ(qRT-PCR)
  8. マウスサンプルデータ(qRT-PCR)
  9. タンパク質-タンパク質相互作用データ
  10. EdgeExpressDBエクスポートデータ
  11. ヒトRNAサンプルデータ(CAGE)
  12. マウスRNAサンプルデータ(CAGE)
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「FANTOM web resource」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 THP-1分化の時系列データ(CAGE)

データ名 THP-1分化の時系列データ(CAGE)
データ内容の説明 ヒト白血病由来細胞株（THP-1）が単芽球様から単球様に変化する際の転写開始点（TSS）の動態を、deepCAGE法（deep sequencing with CAGE）により経時的に測定し、それぞれの時点において活性なプロモーターと、その発現量をモニタしたプロファイリングデータ。
HTTPSサイト データディレクトリ fantom4/LATEST/THP-1_TimeSeries_CAGE (33MB)

2.3 THP-1分化の時系列データ（マイクロアレイ）

データ名 THP-1分化の時系列データ（マイクロアレイ）
データ内容の説明 ヒト白血病由来細胞株（THP-1）が単芽球様から単球様に変化する際の転写開始点（TSS）の動態を、マイクロアレイにより経時的に測定し、それぞれの時点において活性なプロモーターと、その発現量をモニタしたプロファイリングデータ。
HTTPSサイト データディレクトリ fantom4/LATEST/THP-1_TimeSeries_Microarray (10MB)

2.4 THP-1分化の時系列データ(qRT-PCR)

データ名 THP-1分化の時系列データ(qRT-PCR)
データ内容の説明 ヒト白血病由来細胞株（THP-1）が単芽球様から単球様に変化する際の転写開始点（TSS）の動態を、定量リアルタイムPCR法により経時的に測定し、それぞれの時点において活性なプロモーターと、その発現量をモニタしたプロファイリングデータ。
HTTPSサイト データディレクトリ fantom4/LATEST/THP-1_TimeSeries_qRT-PCR (288KB)

2.5 ChIP-chipデータ

データ名 ChIP-chipデータ
データ内容の説明 予測された転写制御ネットワークを確認するために、少数の転写因子に対して行われたChIP-chip法（クロマチン免疫沈降法によりえられたDNAフラグメントをマイクロアレイを用いて検出する手法）による実験データ。
HTTPSサイト データディレクトリ fantom4/LATEST/ChIP-chip (1.81GB)

2.6 遺伝子ノックダウンデータ

データ名 遺伝子ノックダウンデータ
データ内容の説明 予測された転写制御ネットワークを確認するために、少数の転写因子に対して行われたsiRNAによる遺伝子ノックダウン実験のデータ。
HTTPSサイト データディレクトリ fantom4/LATEST/siRNA_Knockdown (48MB)

2.7 ヒトサンプルデータ(qRT-PCR)

データ名 ヒトサンプルデータ(qRT-PCR)
データ内容の説明 定量リアルタイムPCR法によって得られたヒトのサンプルデータ。
HTTPSサイト データディレクトリ fantom4/LATEST/Human_Sample_qRT-PCR (367KB)

2.8 マウスサンプルデータ(qRT-PCR)

データ名 マウスサンプルデータ(qRT-PCR)
データ内容の説明 定量リアルタイムPCR法によって得られたマウスのサンプルデータ。
HTTPSサイト データディレクトリ fantom4/LATEST/Human_Sample_qRT-PCR (93KB)

2.9 タンパク質-タンパク質相互作用データ

データ名 タンパク質-タンパク質相互作用データ
データ内容の説明 当データベースに収めた転写因子に関わるタンパク質-タンパク質相互作用のデータ。
HTTPSサイト データディレクトリ fantom4/LATEST/PPI (90KB)

2.10 EdgeExpressDBエクスポートデータ

データ名 EdgeExpressDBエクスポートデータ
データ内容の説明 予測を含む遺伝子間の関係、もしくは遺伝子-プロモータの関係を表示したFANTOM4 EdgeExpressDBをエクスポートしたデータ。
HTTPSサイト データディレクトリ fantom4/LATEST/eeDB_export (17.4MB)

2.11 ヒトRNAサンプルデータ (CAGE)

データ名 ヒトRNAサンプルデータ (CAGE)
データ内容の説明 CAGE法によって得られたヒトRNAのサンプルデータ。
HTTPSサイト データディレクトリ fantom4/cage/Human_RNA_Sample (13.2GB)

2.12 マウスRNAサンプルデータ(CAGE)

データ名 マウスRNAサンプルデータ(CAGE)
データ内容の説明 CAGE法によって得られたマウスRNAのサンプルデータ。
HTTPSサイト データディレクトリ fantom4/cage/Mouse_RNA_Sample (407MB)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2011/10/17

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”FANTOM web resource © 理化学研究所　オミックス基盤研究領域 licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
E-mail : fantom-help[at]gsc[dot]riken[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2011/10/17 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2008/06/30 理化学研究所　ゲノム科学総合研究センターにて公開開始 ( http://fantom.gsc.riken.jp/4/ )で公開開始
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5. 参考文献

6.連絡先

「FANTOM web resource」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

E-mail : fantom-help[at]gsc[dot]riken[dot]jp

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